miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Sly-MIR156a PmiREN019013 MIR156 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch12 3275361 3275510 - ATGGCCATGGAAGAGAGGGACTGGCAGAAGAGAGTGAGCATACACATATAATTATATAAACATGTTTACATAATTCTTTTGATATATATATATATAATTTTGCGTGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAATCTCTCTTAGAAGAATCAATTC ............((((((((.((((((((((((((((((((((.((...(((((((((...((((.((((.........)).)).)))).))))))))).)).)))))))))).)))).)))))))).)))))))).............. 3275381 3275490 CTGGCAGAAGAGAGTGAGCATACACATATAATTATATAAACATGTTTACATAATTCTTTTGATATATATATATATAATTTTGCGTGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAATC .((((((((((((((((((((((.((...(((((((((...((((.((((.........)).)).)))).))))))))).)).)))))))))).)))).))))))))... 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Sly-miR169j 5337562 5337581 TAGCCAAGGATGACTTGCCT Sly-miR169j* 5337659 5337679 CAGGCAGTCTCCTTGGCTACT 3 Sly-MIR169k PmiREN019062 MIR169 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch07 2180796 2180948 + AGAGTTATATTATTGTTTAGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGCTCCAATATTACTTATAAGGTTTTTAATTTTATCATTATTAATATAATGGTGACCTTTTATTGGTTGGTTTCAGGCAGTCTCCTTGGCTACCTTGACATGCTCTCCTCTTTC (((((........((((..(((((((((((.((((.(((((..(((((......((.((((((.........((((((((....)))))))))))))).))...)))))...))))))))))))))))))))...)))).)))))........ 2180816 2180928 TAGCCAAGGATGACTTGCCTGCTCCAATATTACTTATAAGGTTTTTAATTTTATCATTATTAATATAATGGTGACCTTTTATTGGTTGGTTTCAGGCAGTCTCCTTGGCTACC ((((((((((.((((.(((((..(((((......((.((((((.........((((((((....)))))))))))))).))...)))))...))))))))))))))))))).. 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Sly-miR319e 63049744 63049764 TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT Sly-miR319e* 63049900 63049920 AGAGCTTTCTTTAGTCCACAT 3 Sly-MIR319f PmiREN019097 MIR319 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch03 69596726 69596939 - GAATGTTTAGATGTAAGTAGGAGCTCCTTTCAAGCCAAGACCGAGGGACGAGGAGCGGCAAGAGCTGCCTAGTCATGCATATTGGTTAACCTTAACAAACAAATTATGTATAGTGTTAAGATTAACCAGTTGCATGGCAAGGGAGCAACTACTTCCGCTAACTTGTCTCACTTATTGGACTGAAGGGAGCTCCTATCCATTTATATATAGTTAA .......((((((...((((((((((((((((..((((......((((((((.(((((.(((.(((.(((.((((((((.(((((((((.(((((((.(((.....)))....))))))).))))))))))))))))).))).))).....))))))))..)))))))).....))))..)))))))))))))))).))))))........... 69596746 69596919 GAGCTCCTTTCAAGCCAAGACCGAGGGACGAGGAGCGGCAAGAGCTGCCTAGTCATGCATATTGGTTAACCTTAACAAACAAATTATGTATAGTGTTAAGATTAACCAGTTGCATGGCAAGGGAGCAACTACTTCCGCTAACTTGTCTCACTTATTGGACTGAAGGGAGCTCCT ((((((((((((..((((......((((((((.(((((.(((.(((.(((.((((((((.(((((((((.(((((((.(((.....)))....))))))).))))))))))))))))).))).))).....))))))))..)))))))).....))))..)))))))))))).. 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Sly-miR5302 4229385 4229406 TTTTCAACTATAGCATTATTTT Sly-miR5302* 4229228 4229248 TGAAATGCTATAGTTGGAAAG 3 Sly-MIR5303a PmiREN019155 MIR5303 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch04 11976778 11976881 + GTTGCTCGGACTCTCCAAAAATGTTGCCAAACCCGTGTCTGATCCTTCAAAAATACATTATTTTTGTAGGACACCTATGGACCTTTTTGAAGAGTTCGAGCAAC ((((((((((((((.((((((.((........(((((..((.((((.((((((((...)))))))).))))))..))))))).)))))).)))))))))))))) 11976780 11976881 TGCTCGGACTCTCCAAAAATGTTGCCAAACCCGTGTCTGATCCTTCAAAAATACATTATTTTTGTAGGACACCTATGGACCTTTTTGAAGAGTTCGAGCAAC ((((((((((((.((((((.((........(((((..((.((((.((((((((...)))))))).))))))..))))))).)))))).)))))))))))))) Sly-miR5303a 11976861 11976883 TTTTTGAAGAGTTCGAGCAAC Sly-miR5303a* 11976780 11976800 TGCTCGGACTCTCCAAAAATG 2 Sly-MIR5303b PmiREN019156 MIR5303 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch08 59994040 59994192 - ATGTTGATATTTCTTCTAAGTTGCTCGGACTCTACAAAAATGTCGCCACACCCGTGTCAGATCCTTTAAAAGTACACTATTTTTGCAGGATCTGACAAGCGCTCGTCGGCATTGTTGAAGAATCTGAGCAACATAGATTTCTTTACCATCTAG ..............((((.((((((((((.(((.(((.(((((((.........(((((((((((.((((((((...)))))))).))))))))))).........))))))).))).))).)))))))))).))))................ 59994060 59994172 TTGCTCGGACTCTACAAAAATGTCGCCACACCCGTGTCAGATCCTTTAAAAGTACACTATTTTTGCAGGATCTGACAAGCGCTCGTCGGCATTGTTGAAGAATCTGAGCAACA (((((((((.(((.(((.(((((((.........(((((((((((.((((((((...)))))))).))))))))))).........))))))).))).))).))))))))).. Sly-miR5303b 59994152 59994172 TTGCTCGGACTCTACAAAAAT Sly-miR5303b* 59994060 59994080 TGTTGAAGAATCTGAGCAACA 3 Sly-MIR5304 PmiREN019157 MIR5304 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch01 97117738 97117859 + TCCATGGTGCAGTTGCTCATTCAATGCTACATACTCATCCCCACAACTTTCATCTCACGTTCAAAAGATGAAAGTTATAGAGATGAGTATGGTGCATTGGATGTGTGGCCATACCATGGGTG (((((((((..(((((.((((((((((..((((((((((.(...(((((((((((..........)))))))))))...).))))))))))..)))))))))).)))))..))))))))).. 97117758 97117839 TCAATGCTACATACTCATCCCCACAACTTTCATCTCACGTTCAAAAGATGAAAGTTATAGAGATGAGTATGGTGCATTGGAT (((((((..((((((((((.(...(((((((((((..........)))))))))))...).))))))))))..))))))).. 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Sly-miR6020 62919224 62919245 TAAATGTTTTCCGAGTATCTTT Sly-miR6020* 62919149 62919169 AATACTCGTAAAACATTTACG 3 Sly-MIR6022 PmiREN019159 MIR6022 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch11 3158810 3159058 + CTGAACGGAACAATACGATCCTGGATATTATCCTTTCCATCACTAACTTATTTCGGCTCAAAGTTTTAAGTTGCAAGGTACTCTTCCTAAGTCAATTCAAAACTTCATGAACCTAACGCGACTTGATCTTAAGTTACATTTTACGAAACCTCAATCTTGGGTAGAGGACCGTGCAATTGGTTAAAACTCGGTCTAAATAACTTAGTGATGGAAGGGAGAATATCCAGGATGGTATTGTTCCGTTCAGGG ((((((((((((((((.((((((((((((.((((((((((((((((.((((((.((((...((((((((((((((.(((.((((.((((((....((((........))))......(..(((((....)))))..)..................)))))).)))).))).))))))...)))))))).)))).)))))).)))))))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))))))) 3158830 3159038 CTGGATATTATCCTTTCCATCACTAACTTATTTCGGCTCAAAGTTTTAAGTTGCAAGGTACTCTTCCTAAGTCAATTCAAAACTTCATGAACCTAACGCGACTTGATCTTAAGTTACATTTTACGAAACCTCAATCTTGGGTAGAGGACCGTGCAATTGGTTAAAACTCGGTCTAAATAACTTAGTGATGGAAGGGAGAATATCCAGGA (((((((((.((((((((((((((((.((((((.((((...((((((((((((((.(((.((((.((((((....((((........))))......(..(((((....)))))..)..................)))))).)))).))).))))))...)))))))).)))).)))))).)))))))))))))))).))))))))))) 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Sly-miR6023 67450579 67450602 TTACTACGGTCAGGAATCTTAT Sly-miR6023* 67450709 67450729 AAGATCTTTTACCGTAGTAAT 3 Sly-MIR6024 PmiREN019161 MIR6024 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch01 83111025 83111141 - AACTGGAAATGGGGAAGTGGAGAAACAACACTTGCTAAAGGAAGTTCACCAGTCATCTCTTTTCTTTTGGAGTTTTTTTAGCAAGAGTTGTTTTACCTCTTCTCAATTCCGTCTCTC ...(((((...((((((.((.((((((((.(((((((((((((.((((..((...........))..)))).))))))))))))).)))))))).)).))))))..)))))...... 83111045 83111121 AGAAACAACACTTGCTAAAGGAAGTTCACCAGTCATCTCTTTTCTTTTGGAGTTTTTTTAGCAAGAGTTGTTTTACC .((((((((.(((((((((((((.((((..((...........))..)))).))))))))))))).))))))))... Sly-miR6024 83111045 83111065 TTTAGCAAGAGTTGTTTTACC Sly-miR6024* 83111101 83111121 AGAAACAACACTTGCTAAAGG 3 Sly-MIR6026 PmiREN019162 MIR6026 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch01 831920 832167 + ATTGACCACTTTGATTTGGTAATACAACTATAGCCAAGACAATGCTTCATTATAAGTGCATAACTTTTCACTTTATTGTTTGAGCATTGTGTTGATTTCTCTAAACTTGTTTTTCGTTGAACAAGATTGTTTTTTCATATACTCATGGAAAGCAACACCGTGCTCAGAAGTTAGAGTGAAATGTTATGCATTTGTGATTATATATTTTCTTGGCTAGAGTTGTATTGCCAAGTGAAGTGTTTTAATTG (((((.((((((.((((((((((((((((.(((((((((.((((....((((((((((((((((.((((((((((...(((((((((.((((((...........(((((((......))))))).....((((((((......)))))))))))))).)))))))))...)))))))))).))))))))))))))))....)))).))))))))).))))))))))))))))))))))..))))).. 831940 832147 AATACAACTATAGCCAAGACAATGCTTCATTATAAGTGCATAACTTTTCACTTTATTGTTTGAGCATTGTGTTGATTTCTCTAAACTTGTTTTTCGTTGAACAAGATTGTTTTTTCATATACTCATGGAAAGCAACACCGTGCTCAGAAGTTAGAGTGAAATGTTATGCATTTGTGATTATATATTTTCTTGGCTAGAGTTGTATTGC (((((((((.(((((((((.((((....((((((((((((((((.((((((((((...(((((((((.((((((...........(((((((......))))))).....((((((((......)))))))))))))).)))))))))...)))))))))).))))))))))))))))....)))).))))))))).))))))))).. 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Sly-miR6027 62982562 62982583 TGAATCCTTCGGCTATCCATAA Sly-miR6027* 62982461 62982481 ATGGGTAGCACAAGGATTAAT 3 Sly-MIR6149 PmiREN019164 MIR6149 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch11 4024808 4024982 + TAGCCTTTGTATGTCAAAGTTTCGATACGCACCTGAATCGACAAATACATATATTATTCAGACTTTTTAAGAATATCACGCGTTTATTATTTTTATAAGTCTGAATAACATAAATCATATATAACATATATGTCGATTCGGGTTCGTATGAAAACTATGGCATACCTCAAAGGGT ........((((((((.(((((..(((((.(((((((((((((.(((.(((((((((((((((((..((((((((............)))))))).))))))))))).........))))))....))).))))))))))))).)))))..))))).)))))))).......... 4024828 4024962 TTCGATACGCACCTGAATCGACAAATACATATATTATTCAGACTTTTTAAGAATATCACGCGTTTATTATTTTTATAAGTCTGAATAACATAAATCATATATAACATATATGTCGATTCGGGTTCGTATGAAAAC ((..(((((.(((((((((((((.(((.(((((((((((((((((..((((((((............)))))))).))))))))))).........))))))....))).))))))))))))).)))))..)).. Sly-miR6149 4024828 4024848 TTCGATACGCACCTGAATCGA Sly-miR6149* 4024942 4024962 GATTCGGGTTCGTATGAAAAC 3 Sly-MIR7981 PmiREN019165 MIR7981 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch10 59849350 59849599 + CTAGCTCGAAATTTCAGAGACACACTTATATTATACTAAGGTCCTGTTACCCCTGAACTTATTTTATAAGTAACTTTCTACCTCTTTTCGATCTACGTGACATTAACTTGGAAAAGAAAAGTCAACCAGCGTTGGATCCACAAGATAGTGTCACGTAGATCGAAATGAGATAGAAAATTATTAATAAAATAAGTTCAGAGGTAATAAAACCTTAATAGTATAAGTGTGTCTCTGAGATTTCGGATATAGG (((..(((((((((((((((((((((((((((((..((((((..(((((((.(((((((((((((((.(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((.((((.....((....(((((....))))).))..)))).)))))))))))))))))))).))).)))))).))))).))))))))))))))).)))))))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))...))). 59849357 59849592 GAAATTTCAGAGACACACTTATATTATACTAAGGTCCTGTTACCCCTGAACTTATTTTATAAGTAACTTTCTACCTCTTTTCGATCTACGTGACATTAACTTGGAAAAGAAAAGTCAACCAGCGTTGGATCCACAAGATAGTGTCACGTAGATCGAAATGAGATAGAAAATTATTAATAAAATAAGTTCAGAGGTAATAAAACCTTAATAGTATAAGTGTGTCTCTGAGATTTCGG (((((((((((((((((((((((((((..((((((..(((((((.(((((((((((((((.(((((.((((((.(((.((((((((((((((((((((.((((.....((....(((((....))))).))..)))).)))))))))))))))))))).))).)))))).))))).))))))))))))))).)))))))..))))))))))))))))))))))))))))))))))) 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Sly-miR9471b 1979409 1979429 TTGGCTGAGTGAGCATCACTG Sly-miR9471b* 1979496 1979516 GAGGTGCTCACTCAGCTAATA 3 Sly-MIR9472 PmiREN019172 MIR9472 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch08 59087179 59087357 + ATAGATCTACTCGATTTATTTTTCAGTAGACGTTGTGAATAATTGATAAATACAGGTATACAGAGGTCTTAATATAGTCAGAACCTAGAAATATGTGTAACTAGATTCAGACCTTTGTACACTTGTATTCTGTTGCTATTCACAATCTCTGCTGAAAAATGATTGACTAGATCTACGAA .((((((((.((((((.(((((((((((((.((((((((((..((((((((((((((.(((((((((((.(((.((((....((.((....)).))...)))).))).))))))))))).))))))))).))))).)))))))))).))))))))))))))))))).)))))))).... 59087199 59087337 TTTCAGTAGACGTTGTGAATAATTGATAAATACAGGTATACAGAGGTCTTAATATAGTCAGAACCTAGAAATATGTGTAACTAGATTCAGACCTTTGTACACTTGTATTCTGTTGCTATTCACAATCTCTGCTGAAAAA ((((((((((.((((((((((..((((((((((((((.(((((((((((.(((.((((....((.((....)).))...)))).))).))))))))))).))))))))).))))).)))))))))).)))))))))).. 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Sly-miRN3154a 63103578 63103598 TAAGTTATGGACTTAGTATTG Sly-miRN3154a* 63103379 63103399 ATATTAAGTCCATATCTAAGC 3 Sly-MIRN3154b PmiREN019325 MIRN3154 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch08 58668020 58668225 + TTTTTTAATTTTGAACCACAATACTAAGTTCATAACTTAGGCTTATAATTTTTTTGTGTGGATAATATTTGTGGATGAAAAAGAAAAAAAAACTTTCTCCCCTTTCTTTTTTTCCTTTTTGATCCTCTAACCACAAATATTATCCACGTCAAAAAATTATGGGCTTAAGTTATGGACTTAGTATTGTGGCCCAAAATTAAAAAATA (((((((((((((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((.(((((((...............))))))).)))))).)))).......)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))))))))))))).. 58668040 58668205 ATACTAAGTTCATAACTTAGGCTTATAATTTTTTTGTGTGGATAATATTTGTGGATGAAAAAGAAAAAAAAACTTTCTCCCCTTTCTTTTTTTCCTTTTTGATCCTCTAACCACAAATATTATCCACGTCAAAAAATTATGGGCTTAAGTTATGGACTTAGTATTG ((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((.(((((((...............))))))).)))))).)))).......)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))).. 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Sly-miRN3162 25020286 25020306 AAGGGTGTGATGAGATTCGGC Sly-miRN3162* 25020327 25020347 GAGATACGTTGGGCCTTATCA 3 Sly-MIRN3163 PmiREN019330 MIRN3163 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch11 5516217 5516457 + ACACACACATATATATATATAGTTTTTGGACGACAGGGGCATCATGTCCCAAAAATATGACAGATGGTATTTGCATACCATTTACGATTGTTTGAAGGTATATTTTTCCTTTAATAAATGATGAGTCGATGAATAAGATTACGACAAGTGTATATTCTTTAGTATAAAGGTTATATATGATCCAGTTTTTGAATGATAGGGCACTTGCGTCCCAAAATTATGTCGGATGATATCTGCATAC ................((((((((((.(((((.((((.((.((.((((.(((((((..((.(((((((((....)))))))))...(((..(((((((.........)))))))..))).....((((.(((......)))))))..(((((((.((((((...)))))).)))))))..))..)))))))...)))))))).))))))))).)))))))))).......(((....))). 5516237 5516437 AGTTTTTGGACGACAGGGGCATCATGTCCCAAAAATATGACAGATGGTATTTGCATACCATTTACGATTGTTTGAAGGTATATTTTTCCTTTAATAAATGATGAGTCGATGAATAAGATTACGACAAGTGTATATTCTTTAGTATAAAGGTTATATATGATCCAGTTTTTGAATGATAGGGCACTTGCGTCCCAAAATTAT ((((((.(((((.((((.((.((.((((.(((((((..((.(((((((((....)))))))))...(((..(((((((.........)))))))..))).....((((.(((......)))))))..(((((((.((((((...)))))).)))))))..))..)))))))...)))))))).))))))))).)))))).. 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Sly-miRN3172 4211061 4211082 ACTTGCCGAGATGTTGTAGCCT Sly-miRN3172* 4211087 4211107 CAATGACATATCGGCAGGTCA 3 Sly-MIRN3173 PmiREN019353 MIRN3173 Solanum lycopersicum Sly-SL3.0ch02 31177872 31177979 + AATTTTCTACCCCTTTTTGGCCTACGTGGCACTAGCTTGAAAAAAAAGTCAACCAGCGTGGGGCTCACAAGATACTGTCACGTAGGCTGAAAAGGAGTAGAAAATTAT ((((((((((.((((((((((((((((((((.((.((((.......((((..(((...)))))))..)))).)).)))))))))))))))))))).)))))))))).. 31177892 31177959 CCTACGTGGCACTAGCTTGAAAAAAAAGTCAACCAGCGTGGGGCTCACAAGATACTGTCACGTAGGCT (((((((((((.((.((((.......((((..(((...)))))))..)))).)).))))))))))).. 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