miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Sha-MIR156a PmiREN018895 MIR156 Solanum habrochaites Sha-CBYS010002399.1 26143 26270 - GGAACACAGAGAATCAAGACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCTGTCGAATTGTATAAATATATATACAATTGTTATTTGCGTGTGCTCACTTCTCATTCTGTCAGCTCTCTCAGAATTTAAGTTTC ........((((....((.(((((((((((((((((((((((((.....(((((((((......))))))))).......)))))))))))).)))).))))))))))).)))).............. 26163 26250 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACGCTGTCGAATTGTATAAATATATATACAATTGTTATTTGCGTGTGCTCACTTCTCATTCTGTCAGC ((((((((((((((((((((((((.....(((((((((......))))))))).......)))))))))))).)))).)))))))).. Sha-miR156a 26231 26250 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Sha-miR156a* 26163 26183 CTCACTTCTCATTCTGTCAGC 3 Sha-MIR156b PmiREN018896 MIR156 Solanum habrochaites Sha-CBYS010006226.1 21726 21852 - CAAGGTAAATTAAGGATGGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTTCTTTCATGGATTATTCCCCATGTTTAAAAGCTCTGCGTGCTCACGCTCTATCTGTCACACACCAAAACTCTATATCTTT ...........((((((((((((((((((((.((((((((.((.((((....(((((........)))))......)))).)).)))))))).)))).))))))))...)))..........))))) 21746 21832 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTTCTTTCATGGATTATTCCCCATGTTTAAAAGCTCTGCGTGCTCACGCTCTATCTGTCACA (((((((((((.((((((((.((.((((....(((((........)))))......)))).)).)))))))).)))).))))))).. 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Sha-miR156c 13718 13737 CTGACAGAAGAGAGTGAGCA Sha-miR156c* 13628 13648 TCACTTCTCGTTCTGTCAATC 3 Sha-MIR156d PmiREN018898 MIR156 Solanum habrochaites Sha-CBYS010023333.1 3380 3507 - AGGTAAAATAAAAGGGGCGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGTTTTCTAGCATGATGTTTACATGCTTGAAACTATGTGTGCTCACTGCTCTATCTGTCACCCCCCATCGCTTTCTATATCT ((((((((.....((((.(((((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((.......)))))).))))))))))))))))))).)))).))))))))))))).....)))...))))) 3400 3487 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGTTTTCTAGCATGATGTTTACATGCTTGAAACTATGTGTGCTCACTGCTCTATCTGTCACC (((((((((((((((((((((((((((...(((.((((((.......)))))).))))))))))))))))))).)))).))))))).. 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Sha-miR156e 16502 16521 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Sha-miR156e* 16573 16593 CTCACTGCTCTATCTGTCACC 3 Sha-MIR156f PmiREN018900 MIR156 Solanum habrochaites Sha-CBYS010031569.1 2510 2642 + AAAAGGGTAATAAATGGTGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGTTTTCTTGCATGATGTTTACATATATATGCTTGAAACTATGTGTGCTTACTCTCTATCTGTCACCCCCACCACACAAACTCTCTA ....((((......(((((((((((((((((((((((((((((((((...(((..(((((((((....)))).)))))..))))))))))))))))))))))).)))))))))...)))).....)))).... 2530 2622 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTGTTTTCTTGCATGATGTTTACATATATATGCTTGAAACTATGTGTGCTTACTCTCTATCTGTCACC (((((((((((((((((((((((((((...(((..(((((((((....)))).)))))..))))))))))))))))))))))).))))))).. 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Sha-miR156g 2841 2861 GTGACGTAAGAGAGTGAGCAC Sha-miR156g* 3008 3029 GCTCACTGCTCTATCTGTCACC 3 Sha-MIR156h PmiREN018902 MIR156 Solanum habrochaites Sha-CBYS010033651.1 92 351 - ACATGCTTGAAGCTATGCGTGCTCACTTCTCTATCTGTCACCCCCCACGCCACCCCCATCCCCCACTGCTTTCTCTTTGTCTGTTTATATTTTGATTTTATGTTTATTCATGATGTTTGATCATATTAATTGGATTAATTCATGAGCTTATGCTAAGATTTTGACTTTTTGTCTTTATTTTTGTGTCAATCATTGAGTGGGATGTAAAACCAAAGGGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGATG ....(((...)))((((.(((((((((.((((.(((((((((.(((..........((((((................(((((.(((.....(((((..(((((.......)))))..)))))...))).)))))..((((((((....((((.(((((...(((.....)))...))))).))))...))).)))))))))))..........))).)))))))))))))))))))))).))))... 112 331 GCTCACTTCTCTATCTGTCACCCCCCACGCCACCCCCATCCCCCACTGCTTTCTCTTTGTCTGTTTATATTTTGATTTTATGTTTATTCATGATGTTTGATCATATTAATTGGATTAATTCATGAGCTTATGCTAAGATTTTGACTTTTTGTCTTTATTTTTGTGTCAATCATTGAGTGGGATGTAAAACCAAAGGGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCAC (((((((.((((.(((((((((.(((..........((((((................(((((.(((.....(((((..(((((.......)))))..)))))...))).)))))..((((((((....((((.(((((...(((.....)))...))))).))))...))).)))))))))))..........))).)))))))))))))))))))).. 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Sha-miR157a 57764 57784 TTGACAGAAGATAGAGAGCAC Sha-miR157a* 57854 57874 CTCTCTATGCTTCCGTCATCC 3 Sha-MIR157b PmiREN018904 MIR157 Solanum habrochaites Sha-CBYS010001522.1 7808 7949 + GGAAGAAAGAGTGATTATTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCACCTTCACCTCTTTCGTAAAA ....((((((((((....((.((((((((((((((((((((.((((((((.(((((............((((.....))))))))).)))..))))).))))))))))).))))))))).))...))).)))))))...... 7828 7929 TTGACAGAAGATAGAGAGCACTAATGATGATATGCTAATTTCATTCAATTTGGGCAGCAAAAGCATCTCAATTCATTTGTGCTCTCTATGCTTCTGTCATCA .((((((((((((((((((((.((((((((.(((((............((((.....))))))))).)))..))))).))))))))))).)))))))))... Sha-miR157b 7828 7848 TTGACAGAAGATAGAGAGCAC Sha-miR157b* 7909 7929 CTCTCTATGCTTCTGTCATCA 3 Sha-MIR157c PmiREN018905 MIR157 Solanum habrochaites Sha-CBYS010013296.1 7603 7728 - AAGTATTGGGTGAGATATTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACGAATAATGAGGTGCTAATTGGAAGCTGCACCTTAATTCTTTGTGCTCTCTATTCTTCTGTCATCATCTTCAGTCCCTCCCCGACC .....(((((.(((..((((.(((((((((((((((((((((((.((((((((((............))))))).))).))))))))))))).)))))))))).......))))..)))))))).. 7623 7708 TTGACAGAAGATAGAGAGCACGAATAATGAGGTGCTAATTGGAAGCTGCACCTTAATTCTTTGTGCTCTCTATTCTTCTGTCATCA .(((((((((((((((((((((((.((((((((((............))))))).))).))))))))))))).))))))))))... 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Sha-miR157d 4471 4491 TTGACAGAAGATAGAGAGCAC Sha-miR157d* 4537 4557 CTCTTTATTCTTCTGTCATCA 3 Sha-MIR157e PmiREN018907 MIR157 Solanum habrochaites Sha-CBYS010028171.1 5021 5140 + TGAGGCTGTGAAATATGTTGTTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATTAAGTGAATGAATGCACGTTACTCCTTTGTGCTCTTTATTCTTCTGTCACCATCTTCATATCCTACATTTTT (((((.((((((....(.((.(((((((((((((((((((((((.((.((((((........))).))).)).))))))))))))).)))))))))).)).))))))).))).))..... 5041 5120 TTGACAGAAGATAGAGAGCACAGATGATTAAGTGAATGAATGCACGTTACTCCTTTGTGCTCTTTATTCTTCTGTCACCA .(((((((((((((((((((((((.((.((((((........))).))).)).))))))))))))).))))))))))... Sha-miR157e 5041 5061 TTGACAGAAGATAGAGAGCAC Sha-miR157e* 5100 5120 CTCTTTATTCTTCTGTCACCA 3 Sha-MIR160a PmiREN018908 MIR160 Solanum habrochaites Sha-CBYS010000651.1 112988 113112 - ACAAGTCGTGTACACGTATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAAAGCTCACCGTAATATATCGATGGGCCTTGTTGAATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATATTCCGATATCGTGTATATGA .....(((((((((((.((((((.(((((((.((((((((((((((((.(((((.((........)).))))).))).))))))))))))).))))))).))))))........))))))))))) 113008 113092 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCATTTGCAAAGCTCACCGTAATATATCGATGGGCCTTGTTGAATGGCGTATGAGGAGCCAAGCATA (((.(((((((.((((((((((((((((.(((((.((........)).))))).))).))))))))))))).))))))).))).. 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Sha-miR162a 20873 20893 TCGATAAACCTCTGCATCCAG Sha-miR162a* 20802 20822 GGAGGCAGCGGTTCATCGATC 3 Sha-MIR162b PmiREN018911 MIR162 Solanum habrochaites Sha-CBYS010015768.1 9095 9215 - TTTTGTTGGGTGAGAACACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTGAAAAGCGATAAATACAGCAACAGGAAGCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGCTTAACCCGCCTCACATT ......((((((((..(((((((.((((.((((.(((((((.(((.((((....((..........))..)))).)))))))))).)))).)))).)))))))))).)))))......... 9115 9195 GGAGGCAGCGGTTCATCGATCTGTTCCCTGAAAAGCGATAAATACAGCAACAGGAAGCGATCGATAAACCTCTGCATCCAG (((.((((.((((.(((((((.(((.((((....((..........))..)))).)))))))))).)))).)))).))).. 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Sha-miR164a 37391 37411 TGGAGAAGCAGGGCACATGCT Sha-miR164a* 37447 37467 CATGTGCTTTAGCTCTCCAGC 3 Sha-MIR164b PmiREN018913 MIR164 Solanum habrochaites Sha-CBYS010004851.1 38486 38607 + AATGGGTGGGTAACTCATGTTGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATTTTTGTATTCGACGATATTGGTAATGCATGAATTTTGCACGTGTTCTCCTTCTCCAACCCGAATTTCCTACCTCCTCT ...(((((((.((.((..((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((.(......).).)))))).))).)))))))))))))).))))))))))..)).)).)))))))..... 38506 38587 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCAAATTTTTGTATTCGACGATATTGGTAATGCATGAATTTTGCACGTGTTCTCCTTCTCCAAC ((((((((.(((((((((((((((((.(((((((.(......).).)))))).))).)))))))))))))).)))))))).. Sha-miR164b 38506 38526 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Sha-miR164b* 38567 38587 CACGTGTTCTCCTTCTCCAAC 3 Sha-MIR164c PmiREN018914 MIR164 Solanum habrochaites Sha-CBYS010023203.1 11549 11751 - TAGGTGAGTGATGATCGAGATGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTATTAACTCATACGTCAAGATTTATCGATGTTTCGAAAATTCTGCTATCATAGTACTGTATTTTACAGCAAATAGTGTTTGTACTTTACATGTATGTGGTAAAATGATGAGTTAGTTATTCATGTGCCTGTTTTCCCCATCATGACCACTCAACCTTATTA .(((((((((..(.(((.(((((.((((..(((((((((.((.((((((((((.(((..(((.((.((((....)))).)).)))..(((((((.(((((((...(((((((.....)).)))))...)))).))))))))))..))))))))))))).)).)))))))))..)))).))))).))))))))).))))..... 11569 11731 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTATTAACTCATACGTCAAGATTTATCGATGTTTCGAAAATTCTGCTATCATAGTACTGTATTTTACAGCAAATAGTGTTTGTACTTTACATGTATGTGGTAAAATGATGAGTTAGTTATTCATGTGCCTGTTTTCCCCATC (((.((((..(((((((((.((.((((((((((.(((..(((.((.((((....)))).)).)))..(((((((.(((((((...(((((((.....)).)))))...)))).))))))))))..))))))))))))).)).)))))))))..)))).))).. Sha-miR164c 11711 11731 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Sha-miR164c* 11569 11589 CATGTGCCTGTTTTCCCCATC 3 Sha-MIR166a PmiREN018915 MIR166 Solanum habrochaites Sha-CBYS010001304.1 15900 16076 + GAGGAAGTTCTCTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTCACCAATTAGATCCATAATCCCTATATATACCATGCTTTTAAAAAAAAAAGTTTAGTAATATGAAAAGGGGTTATGAATCATGTGTTAGTGTTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAATTGTTACTCCTCTA (((((.((.....((((((.((((((((..((((((.((((.(.(((.(((..(((.((((((((((.(((((((...((((((......))))))...)).)))))...)))))))))).)))....))).))).).)))).))))))..)))))))).))))))..))))))).. 15920 16056 GGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTCACCAATTAGATCCATAATCCCTATATATACCATGCTTTTAAAAAAAAAAGTTTAGTAATATGAAAAGGGGTTATGAATCATGTGTTAGTGTTGTCGGACCAGGCTTCATTCCCC ((((((..((((((.((((.(.(((.(((..(((.((((((((((.(((((((...((((((......))))))...)).)))))...)))))))))).)))....))).))).).)))).))))))..)))))))) Sha-miR166a 16036 16056 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Sha-miR166a* 15920 15940 GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG 3 Sha-MIR166b PmiREN018916 MIR166 Solanum habrochaites Sha-CBYS010001886.1 21265 21433 + TGTGTGTGGTGAGTTTGAGGGGGATGTTGTCTGGCTCGACACAATTACTCTCTTGTATGTATTTAGTTATTCGTTATCAAGATTGATGTTGATAACGAATAAATTGATGTAAAAAGGGAGTAAAGGCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTCTCAAATAATATTCTACTTCT ............((((((((((((((..((((((.(((((.(..((((((((((...((((((...((((((((((((((........))))))))))))))...))))))..))))))))))..).))))).))))))..)))))))))))))).............. 21285 21413 GGGATGTTGTCTGGCTCGACACAATTACTCTCTTGTATGTATTTAGTTATTCGTTATCAAGATTGATGTTGATAACGAATAAATTGATGTAAAAAGGGAGTAAAGGCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTC ((((((..((((((.(((((.(..((((((((((...((((((...((((((((((((((........))))))))))))))...))))))..))))))))))..).))))).))))))..)))))).. Sha-miR166b 21393 21413 TCGGACCAGGCTTCATTCCTC Sha-miR166b* 21285 21305 GGGATGTTGTCTGGCTCGACA 3 Sha-MIR166c PmiREN018917 MIR166 Solanum habrochaites Sha-CBYS010002173.1 3672 3823 + AGAGAGAGCTTTTGTATTGCGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGAATCAAAAAATTGTATCTTATAGATAGATCTGTATATTTTGTTTATAGATCTATAATGTTTTTGATGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCCACAATGAATATTGCTCTC ...((((((.....(((((.((((((((..((((((.((((.((((((((((..............(((((((((((.........)))))))))))....)))))))).)).)))).))))))..)))))))).)))))......)))))) 3692 3803 GGAATGTTGTCTGGCTCGAGGAATCAAAAAATTGTATCTTATAGATAGATCTGTATATTTTGTTTATAGATCTATAATGTTTTTGATGTCGTCGGACCAGGCTTCATTCCCC ((((((..((((((.((((.((((((((((..............(((((((((((.........)))))))))))....)))))))).)).)))).))))))..)))))))) Sha-miR166c 3783 3803 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Sha-miR166c* 3692 3712 GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG 3 Sha-MIR166d PmiREN018918 MIR166 Solanum habrochaites Sha-CBYS010005440.1 4729 4864 - AAAGAAAACATTTGTTGAGGGGAACGTTGTTTGGTTCGAAATCATTCAAACAAATTAAAATCCATGCATCTCGATGATCGATGAATTGAATAATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAACTCAAGTTTTTGTTTT ...((((((....((((.((((((.(..((((((((((((((.((((((.............(((..(((.....)))..)))..)))))).))))))))))))))..).)))))).))))....))))))..... 4749 4844 GGAACGTTGTTTGGTTCGAAATCATTCAAACAAATTAAAATCCATGCATCTCGATGATCGATGAATTGAATAATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCC ((((.(..((((((((((((((.((((((.............(((..(((.....)))..)))..)))))).))))))))))))))..).)))).. 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Sha-miR166e 28779 28799 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Sha-miR166e* 28828 28848 AGAATGTTGTCTGGTTCGTGA 3 Sha-MIR166f PmiREN018920 MIR166 Solanum habrochaites Sha-CBYS010009634.1 7707 7958 - AAACAAAGATATTGTTGGGGAGAATGTTGTCTGGTTCGAAATCTTTCAATAGAAAAATCAGTGGCGGATTCAGTTATGAATTTCAGGATCGTTAAATCTTATAGATGTACAAAAACAAGTACAATATATATTTTTAGACCCTAAAATGTCGAAATATATTCTGAATCCGTCATAGATTAGATCGTTTGATCAATCAATTTATTGAGTGATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAACTCTACGAGTTT .............(((((((.(((((..(((((((((((((((.(((((((((.......(((((((((((((..(((.((((((((.((...((((..((((..(((((........))))).)))).))))...)).)))........))))).))).))))))))))))).((((.((((....))))))))..))))))))).)))))))))))))))..))))).)))))))........... .-8 7727 7938 AGAATGTTGTCTGGTTCGAAATCTTTCAATAGAAAAATCAGTGGCGGATTCAGTTATGAATTTCAGGATCGTTAAATCTTATAGATGTACAAAAACAAGTACAATATATATTTTTAGACCCTAAAATGTCGAAATATATTCTGAATCCGTCATAGATTAGATCGTTTGATCAATCAATTTATTGAGTGATTTCGGACCAGGCTTCATTCCCC .(((((..(((((((((((((((.(((((((((.......(((((((((((((..(((.((((((((.((...((((..((((..(((((........))))).)))).))))...)).)))........))))).))).))))))))))))).((((.((((....))))))))..))))))))).)))))))))))))))..)))))... 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Sha-miR166j 3435 3455 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Sha-miR166j* 3572 3592 GGAATGTTGTCTGGCTCGAGG 3 Sha-MIR167a PmiREN018925 MIR167 Solanum habrochaites Sha-CBYS010000693.1 19487 19607 - CATCGTGCAGCACTAGCAGTTGAAGCTGCCAGCATGATCTAAACTTTCCTTTTAGTTCAAACATAATATGAGGAAAGATCAGATCATGTGGCAGCCTCACCTGTCAATGCCATCACAAATT ....(((..(((...((((.(((.(((((((.((((((((...((((((((.((............)).))))))))...))))))))))))))).))).))))...)))...)))..... 19507 19587 TGAAGCTGCCAGCATGATCTAAACTTTCCTTTTAGTTCAAACATAATATGAGGAAAGATCAGATCATGTGGCAGCCTCACC (((.(((((((.((((((((...((((((((.((............)).))))))))...))))))))))))))).))).. 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Sha-miR168a 8317 8337 TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAC Sha-miR168a* 8203 8223 CCCGCCTTGCATCAACTGAAT 3 Sha-MIR168b PmiREN018930 MIR168 Solanum habrochaites Sha-CBYS010015316.1 13357 13543 - TTTTTGCGGCCGCCTCTTATTCGCTTGGTGCAGGTCGGGACCTAATTCGCCGGCGCCGGAAGTAATGGCGGACGAACGACGGCGGTGTTCATTCTACTAAAGCTGTCACGGACGAATATATGTTTGATTTGCGGCGAAATTTGGGTCCTGCCTTGCATCAACTGAATTGGAGACAGCTGTGAATCGA ...(((((((.(.((((.(((((.((((((((((.(((((((((((((((((.(((((.......))))).......((((((...((.......))....)))))).(((((........))))).....)))))))..)))))))))).)))))))))).))))).)))).).)))))))..... 13377 13523 TCGCTTGGTGCAGGTCGGGACCTAATTCGCCGGCGCCGGAAGTAATGGCGGACGAACGACGGCGGTGTTCATTCTACTAAAGCTGTCACGGACGAATATATGTTTGATTTGCGGCGAAATTTGGGTCCTGCCTTGCATCAACTGAAT (((.((((((((((.(((((((((((((((((.(((((.......))))).......((((((...((.......))....)))))).(((((........))))).....)))))))..)))))))))).)))))))))).))).. Sha-miR168b 13503 13523 TCGCTTGGTGCAGGTCGGGAC Sha-miR168b* 13377 13397 CCTGCCTTGCATCAACTGAAT 3 Sha-MIR170 PmiREN018931 MIR170 Solanum habrochaites Sha-CBYS010027365.1 5020 5144 + ATAAGTTTAGGAAGATATATATAGATATTGATGCGGTTCAATCTGAAGACATGGCTAGATATGTAATTAGTCCTGTAATTTTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCTCTTCCTATTTTCAATTAG .......((((((((.......(((((((((((((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))...)))))))))))))))))))))))))).))))))))........... 5040 5124 AGATATTGATGCGGTTCAATCTGAAGACATGGCTAGATATGTAATTAGTCCTGTAATTTTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCT (((((((((((((((((((((((((((((.((((((........)))))).)))...)))))))))))))))))))))))))).) 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Sha-miR172f 24400 24419 GAATCTTGATGATGCTGCAT Sha-miR172f* 24290 24310 GCAACATCATCAAGATTCACA 3 Sha-MIR319a PmiREN018949 MIR319 Solanum habrochaites Sha-CBYS010000096.1 4541 4754 - GAATGTGTAGATGTAAGTAGGAGCTCCTTTCAGGCCAAGTCCGAGGGACGAGGAGCGGCAAGAGCTGCCTAGTCATGCATATTGGTTAACCTTAACAAACAAATTACGTATAGTGTTAAGATTAACCAGTTGCATGGCAAGGGAGCAACTACTTCCGCTAACTTGTCTCACTTATTGGACTGAAGGGAGCTCCTATCCATTTATATATAGTTAA .......((((((...(((((((((((((((((.((((......((((((((.(((((.(((.(((.(((.((((((((.(((((((((.(((((((................))))))).))))))))))))))))).))).))).....))))))))..)))))))).....)))).))))))))))))))))).))))))........... 4561 4734 GAGCTCCTTTCAGGCCAAGTCCGAGGGACGAGGAGCGGCAAGAGCTGCCTAGTCATGCATATTGGTTAACCTTAACAAACAAATTACGTATAGTGTTAAGATTAACCAGTTGCATGGCAAGGGAGCAACTACTTCCGCTAACTTGTCTCACTTATTGGACTGAAGGGAGCTCCT (((((((((((((.((((......((((((((.(((((.(((.(((.(((.((((((((.(((((((((.(((((((................))))))).))))))))))))))))).))).))).....))))))))..)))))))).....)))).))))))))))))).. 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Sha-miR319b 31147 31167 CTTGGACTGAAGGGAGCTCCC Sha-miR319b* 30998 31018 GAGCTTTCTTTAGTCCACACA 3 Sha-MIR319c PmiREN018951 MIR319 Solanum habrochaites Sha-CBYS010013978.1 305 519 + TTTGTTATAATATATGTAGAGAGCTTTCTTTAGTCCACATAAAGGGGGCAGTATGGTTCAATTAGCTGCTGACTCATTCACACAAATGCTAAGGTTTTGAGAATTATTAGGAGGAAAAACCTTAGTAACTGAGTGAATGATGCGGTAGACTGACTGAATCTTAAGCTTTTTTTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTCTTCGTAATTACTTGATAA .((((((((((.((((.((((((((((((((((((((..((((((((((.....((((((.((((((((((..((((((((.((..((((((((((((.................))))))))))))..)).))))))))..)))))).)))).))))))....))))))))))..)))))))))))))))))..))).))))))))..)))))) 325 499 GAGCTTTCTTTAGTCCACATAAAGGGGGCAGTATGGTTCAATTAGCTGCTGACTCATTCACACAAATGCTAAGGTTTTGAGAATTATTAGGAGGAAAAACCTTAGTAACTGAGTGAATGATGCGGTAGACTGACTGAATCTTAAGCTTTTTTTGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCC (((((((((((((((((..((((((((((.....((((((.((((((((((..((((((((.((..((((((((((((.................))))))))))))..)).))))))))..)))))).)))).))))))....))))))))))..))))))))))))))))).. 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Sha-miR319d 2594 2614 CTTGGACTGAAGGGAGCTCCC Sha-miR319d* 2741 2761 GAGCTTCCTTTAGTCCACTCA 3 Sha-MIR390a PmiREN018954 MIR390 Solanum habrochaites Sha-CBYS010008124.1 2353 2471 - ATATGCATGGAGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGATGACTCAATTCGATTTTTTTACACATCTCTAGCGCTATCCATCCTGAGTTTTACGGCTTTTCATGCTTTTTTT ....(((((((((..(((((((((((((((.(((((((((...(((((.....................)))))...))))))))).))))))))))))))).)))))))))....... 2373 2451 AAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGGATGACTCAATTCGATTTTTTTACACATCTCTAGCGCTATCCATCCTGAGTTTTA ((((((((((.(((((((((...(((((.....................)))))...))))))))).)))))))))).. 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Sha-miR394a 75270 75289 TTGGCATTCTGTCCACCTCC Sha-miR394a* 75362 75382 GAGGTGGGCATACTGTCAACA 3 Sha-MIR394b PmiREN018959 MIR394 Solanum habrochaites Sha-CBYS010017654.1 11031 11130 + AGTATCAGTGTAGAGCCATTTTGGCATTCTGTCCACCTCCCAGCTTGCTGAGGACTGAGGAGGGGGCCAAAGTGCCAAACTAGCTCTGCAGCTCTCTCTC ((....((((((((((...(((((((((..((((.(((((((((((....))).))).)))))))))...)))))))))...)))))))).))....)). 11051 11110 TTGGCATTCTGTCCACCTCCCAGCTTGCTGAGGACTGAGGAGGGGGCCAAAGTGCCAAAC ((((((((..((((.(((((((((((....))).))).)))))))))...)))))))).. 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Sha-miR396b 2217 2237 TTCCACAGCTTTCTTGAACTG Sha-miR396b* 2138 2158 GTTCAATAAAGCTGTGGGAAG 3 Sha-MIR396c PmiREN018962 MIR396 Solanum habrochaites Sha-CBYS010008052.1 21732 21904 + GTGTAATGATTCTTTGTGTACTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATACATATAACAAAAAAATCTAATCTTTTTTTTGTTTTTTTTTTACTTTTTTGAAGAAAAAATTTAGATGAAAAGAATTAAATTGTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAGATACATACAGGATCAAG ......(((((((.((((((.((((((((((((((.((((((((((.(((...((((((((((........))))))))))((((((((((((((((.....)))))...)).)))))))))......))))))))))))).)))))))))))))).)))))).))))))).. 21752 21884 TTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATACATATAACAAAAAAATCTAATCTTTTTTTTGTTTTTTTTTTACTTTTTTGAAGAAAAAATTTAGATGAAAAGAATTAAATTGTTGCGGTTCAATAAAGCTGTGGGAAG ((((((((((((.((((((((((.(((...((((((((((........))))))))))((((((((((((((((.....)))))...)).)))))))))......))))))))))))).)))))))))))))) 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Sha-miR399k 5960 5980 CGCCAAAGGAGAGCTGCCCTG Sha-miR399k* 6035 6055 GGGCTACTCTCTATTGGCATG 3 Sha-MIR399l PmiREN018977 MIR399 Solanum habrochaites Sha-CBYS010010808.1 42128 42370 + ATTTATAAGCGAAACAATGATAGGGCTACTCTCTATTGGCATGCAGTTGTGTAGTTTAGCTGATACACCAAAGGAGTGCTGCCCTGATACCATCTCTTATTAATATCCTAACAAAAAGAAAGAAGAGTAGGTGGATTATAATAAGGGGAACAGTGGTAGGACTACTGAACTCTATTGGTATGCAATTATATATTTAAGCTGATATGCCAAAGGAGAGTTGCTCTGGTACTGTCTCTGCTTAGT .....(((((((.(((....((((((.(((((((.(((((((((((((((((((((..(((((((......((.(((.((((((((......((((((((((..((((........................))))..))))))))))..))).))))).))).))......)))))))....))))))))).....)))).)))))))).))))))).))))))....))).)).))))).. 42148 42350 GGGCTACTCTCTATTGGCATGCAGTTGTGTAGTTTAGCTGATACACCAAAGGAGTGCTGCCCTGATACCATCTCTTATTAATATCCTAACAAAAAGAAAGAAGAGTAGGTGGATTATAATAAGGGGAACAGTGGTAGGACTACTGAACTCTATTGGTATGCAATTATATATTTAAGCTGATATGCCAAAGGAGAGTTGCTCTG ((((.(((((((.(((((((((((((((((((((..(((((((......((.(((.((((((((......((((((((((..((((........................))))..))))))))))..))).))))).))).))......)))))))....))))))))).....)))).)))))))).))))))).)))))) Sha-miR399l 42330 42350 TGCCAAAGGAGAGTTGCTCTG Sha-miR399l* 42148 42168 GGGCTACTCTCTATTGGCATG 3 Sha-MIR403 PmiREN018978 MIR403 Solanum habrochaites Sha-CBYS010032742.1 14771 14884 - TCGGGAAGAGGCATATTTCACGTTTGTGCGTGAATCTAACAACTCTTTTCATCAGAAAAACTGTTAGTGTTTGCTAGATTCACGCACAAGCTCGTAATATGGCTTTTCCAATCT ...(((((((.((((((....(((((((((((((((((.((((.((......(((.....)))..)).).))).)))))))))))))))))....)))))).)))))))..... 14791 14864 CGTTTGTGCGTGAATCTAACAACTCTTTTCATCAGAAAAACTGTTAGTGTTTGCTAGATTCACGCACAAGCTCG .(((((((((((((((((.((((.((......(((.....)))..)).).))).)))))))))))))))))... 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Sha-miR408a 1966 1986 TGCACAGCCTCTTCCCTGGCT Sha-miR408a* 2018 2038 ACAGGGACGAGGCAGCGCATG 3 Sha-MIR408b PmiREN018980 MIR408 Solanum habrochaites Sha-CBYS010029199.1 7075 7186 - AATTGGTGTGGTATGGATAGACGGGGACGAGCCAGAGCATGAGATGTGCAATTTTTGCCTTGCCTATTCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCTCCTCTCCCCACAATCCTT ....(((((((...(((.((.((((((.(((.(((.(((((.((((.((((........)))).)))).))))).))).))).)))))).)).))).....)))))..)).. 7095 7166 ACGGGGACGAGCCAGAGCATGAGATGTGCAATTTTTGCCTTGCCTATTCCATGCACTGCCTCTTCCCTGGCT .((((((.(((.(((.(((((.((((.((((........)))).)))).))))).))).))).))))))... Sha-miR408b 7095 7115 TGCACTGCCTCTTCCCTGGCT Sha-miR408b* 7146 7166 ACGGGGACGAGCCAGAGCATG 3 Sha-MIR472 PmiREN018981 MIR472 Solanum habrochaites Sha-CBYS010021227.1 15417 15545 - GAGTATTGGGAAGTTGTTGGTTGTGGGTGGGGTGGAAAGATTTGATAAATCTAATTTCTTTTTTCTAATTGAAAAAAAGAGATTAAATCTTTCCTACTCCTCCCATACCCATGACTTCCACTAGCTTCT ((((....(((((((((.(((.(((((.((((((((((((((.........((((((((((((((.....).)))))))))))))))))))))).))))).)))))))).)))))))))....)))).. 15437 15525 TTGTGGGTGGGGTGGAAAGATTTGATAAATCTAATTTCTTTTTTCTAATTGAAAAAAAGAGATTAAATCTTTCCTACTCCTCCCATACC (.(((((.((((((((((((((.........((((((((((((((.....).)))))))))))))))))))))).))))).)))))).. Sha-miR472 15437 15458 TCTTTCCTACTCCTCCCATACC Sha-miR472* 15505 15525 TTGTGGGTGGGGTGGAAAGAT 3 Sha-MIR482a PmiREN018982 MIR482 Solanum habrochaites Sha-CBYS010016095.1 11195 11326 + AGGAGGGATTTGGGAATCTTTTGGAGTGGGTGGGATGGAAAAATGTTGTTTTTATTTTTTTTTCTGAAAGGAAAAAGATAAGAAATGAGATTTTTCCTATTCCACCCATGCCAATGGCTTCCAATCGTTTAC ....(((((...((((.((.((((.(((((((((((((((((((.((((((((..((((((((((...))))))))))..)))))))).)))))))).))))))))))).)))).)).))))....)))).) 11215 11306 GGAGTGGGTGGGATGGAAAAATGTTGTTTTTATTTTTTTTTCTGAAAGGAAAAAGATAAGAAATGAGATTTTTCCTATTCCACCCATGCCAA ((.(((((((((((((((((((.((((((((..((((((((((...))))))))))..)))))))).)))))))).))))))))))).)))) Sha-miR482a 11285 11306 TTTCCTATTCCACCCATGCCAA Sha-miR482a* 11215 11235 GGAGTGGGTGGGATGGAAAAA 3 Sha-MIR482b PmiREN018983 MIR482 Solanum habrochaites Sha-CBYS010016095.1 6109 6233 + ATGGATTTTTCAGGAAGCTTTTGGAGTGGGTGGCATGGTAAGATATCATATTTTGTTTTTTCATAAAGAAAATGAAATTCAAATCTTACCGATTCCCCCCATTCCAATGGCTTCCAGTTATTTCT ..(((..(..(.(((((((.((((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((.....))))))))))))....)))))))).)).)).)))))))))).))))))).)..)..))) 6129 6213 GGAGTGGGTGGCATGGTAAGATATCATATTTTGTTTTTTCATAAAGAAAATGAAATTCAAATCTTACCGATTCCCCCCATTCCAA ((((((((.((.((((((((((.....((((((((((((.....))))))))))))....)))))))).)).)).)))))))))) Sha-miR482b 6192 6213 TTACCGATTCCCCCCATTCCAA Sha-miR482b* 6129 6149 GGAGTGGGTGGCATGGTAAGA 3 Sha-MIR482c PmiREN018984 MIR482 Solanum habrochaites Sha-CBYS010016095.1 10892 11003 + AAGATATTTTGGAAGGTTTTGGCGTGAGCGGTGGGGAAAGATAGATCTATCATATTTGTATGATGGGATAAATCTTGCCTACACCGCCCATGCCCATGGCTTCCAATTATTT .(((((..(((((((.(...((((((.(((((((((.(((((..((((((((((....)))))).))))..))))).))).)))))).))))))...).))))))).))))) 10912 10983 CGTGAGCGGTGGGGAAAGATAGATCTATCATATTTGTATGATGGGATAAATCTTGCCTACACCGCCCATGCC ((((.(((((((((.(((((..((((((((((....)))))).))))..))))).))).)))))).)))))) 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Sha-miR827 2847 2867 TTAGATGAACATCAACAAACA Sha-miR827* 2902 2922 TTTGTTGATGGTCATCTATTC 3 Sha-MIR828 PmiREN018991 MIR828 Solanum habrochaites Sha-CBYS010014587.1 3330 3439 + TTCACTTCTTTGGGAAAGCCTCTTGCTCAAATGAGTATTCCAACAAATGTCTAATTGACATACTTTTGAGATACTCATTTGGGTAAGAAGTTTTACCAGGAAGGTTGTAC ....((((((.((..((((.(((((((((((((((((((.(((...(((((.....)))))....))).))))))))))))))))))).))))..))))))))....... 3350 3419 TCTTGCTCAAATGAGTATTCCAACAAATGTCTAATTGACATACTTTTGAGATACTCATTTGGGTAAGAAG (((((((((((((((((((.(((...(((((.....)))))....))).))))))))))))))))))).. 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Sha-miR1919a 10724 10744 TGTCGCAGATGACTTTCGCCC Sha-miR1919a* 10648 10668 ACGAGAGTCATCTGTGACAGG 3 Sha-MIR1919b PmiREN018944 MIR1919 Solanum habrochaites Sha-CBYS010024292.1 1396 1541 - TTCACATCTTCCGGTAGTCCTGTCGCAGATGACTTTCGCCCTTTTATGGAACAATCCTTCAGGTCTTTTCTCTAAATCTAATTAATTTGAATTCAATGTGGTAGGACGAGAGTCATCTGTGACAGGATAATGGAAGATCGAGTTAT .....((((((((...((((((((((((((((((((((.(((.(((((((....)))(((((((....................)))))))......)))).))).))))))))))))))))))))))..))))))))........ 1416 1521 TGTCGCAGATGACTTTCGCCCTTTTATGGAACAATCCTTCAGGTCTTTTCTCTAAATCTAATTAATTTGAATTCAATGTGGTAGGACGAGAGTCATCTGTGACAGG ((((((((((((((((((.(((.(((((((....)))(((((((....................)))))))......)))).))).)))))))))))))))))).. Sha-miR1919b 1501 1521 TGTCGCAGATGACTTTCGCCC Sha-miR1919b* 1416 1436 ACGAGAGTCATCTGTGACAGG 3 Sha-MIR1919c PmiREN018945 MIR1919 Solanum habrochaites Sha-CBYS010026830.1 5753 5896 + TTCACATCTTCCGGTAGTCCTGTCGCAGATGACTTTCGCCCTTTTATGGAACAATCCTGCAGGTCTTTTCTCTAAATCTAATTAATTCAATGTGGTACGTAGGACGAGAGTCATCTGCGACCGGACAATGGAAGATCGAGTTAT .....((((((((...((((.(((((((((((((((((.((......)).....((((((.(..((...........................))..)))))))))))))))))))))))).))))..))))))))........ 5773 5876 TGTCGCAGATGACTTTCGCCCTTTTATGGAACAATCCTGCAGGTCTTTTCTCTAAATCTAATTAATTCAATGTGGTACGTAGGACGAGAGTCATCTGCGACCGG .(((((((((((((((((.((......)).....((((((.(..((...........................))..))))))))))))))))))))))))... 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Sha-miR6027 25980 26001 ATGGGTAGCACAAGGATTAATG Sha-miR6027* 25879 25899 GAATCCTTCGGCTATCCATAA 3 Sha-MIR9470a PmiREN018992 MIR9470 Solanum habrochaites Sha-CBYS010000988.1 4304 4536 - ACATTGGTGAATTGGGGGGCTGAAATCCATGAGCTTAAACTATAGCCCTCGCCTTTGGAATGGTTGCATACAAATATTGTGGTGATAAGGTCCAACTCAATTTTCTATTTTCCCAATCACGTGCACACAAAAATCGAGCTGGCTCTAGTTATTTAATGACACACAGTGAGTGGAGTTCAAGAGAGGGCTACAGTTTGGCTCATGGATTTTAGCAACCCATTTCTCCATGTTTG ((((.((.(((.((((..(((((((((((((((((.(((((.((((((((....(((((...(((((.(((((...))))))))))....)))))........(((...((((...(((((((............(((....)))..(((((...))))).))).))))..))))....))))))))))).))))))))))))))))))))))..)))).))).))))))... 4324 4516 TGAAATCCATGAGCTTAAACTATAGCCCTCGCCTTTGGAATGGTTGCATACAAATATTGTGGTGATAAGGTCCAACTCAATTTTCTATTTTCCCAATCACGTGCACACAAAAATCGAGCTGGCTCTAGTTATTTAATGACACACAGTGAGTGGAGTTCAAGAGAGGGCTACAGTTTGGCTCATGGATTTTAGC (((((((((((((((.(((((.((((((((....(((((...(((((.(((((...))))))))))....)))))........(((...((((...(((((((............(((....)))..(((((...))))).))).))))..))))....))))))))))).)))))))))))))))))))).. 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Sha-miR9470b 1626 1645 TTTGGCTCATGGATTTTAGC Sha-miR9470b* 1453 1473 TGAAATCCATGAGCCTAAACT 3 Sha-MIR9471 PmiREN018994 MIR9471 Solanum habrochaites Sha-CBYS010002908.1 1803 1950 + TTGAGATTCAGTTGATTTCTGAGGTGCTCACTCAGCTAATAGTTATTGTTTAAGAAACTCAATAATATTGGCAGCAAGGAGAATGGTGACTTTCAGGATGATAACTATTGGCTGAGTGAGCATCACTGAAATCGACATGATTCTGAGA ...(((.((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((((((..((((.(((......(((....))).........))).)))).))))))))))))))))))))))))))))).).))))))))).))).))).... 1823 1930 GAGGTGCTCACTCAGCTAATAGTTATTGTTTAAGAAACTCAATAATATTGGCAGCAAGGAGAATGGTGACTTTCAGGATGATAACTATTGGCTGAGTGAGCATCACTG (.(((((((((((((((((((((((((((((..((((.(((......(((....))).........))).)))).))))))))))))))))))))))))))))).).. Sha-miR9471 1910 1930 TTGGCTGAGTGAGCATCACTG Sha-miR9471* 1823 1843 GAGGTGCTCACTCAGCTAATA 3 Sha-MIR10534 PmiREN018893 MIR10534 Solanum habrochaites Sha-CBYS010009313.1 44201 44335 - TTTCATTCACCTATTGGCTCCAAAATACCCTTGTCATCCAACTTTGGATTCAAAATTGACCACTTATTTAACGGTCCATTTTGAACCAAAAGGTGGATGACAAGCGCATTTTGGACCCAATCGGTGGGTGAAAAG (((((((((((.(((((.((((((((.(.(((((((((((.((((((.((((((((.((((...........)))).)))))))))).)))).))))))))))).).)))))))).))))).))))))))))).. 44221 44315 CAAAATACCCTTGTCATCCAACTTTGGATTCAAAATTGACCACTTATTTAACGGTCCATTTTGAACCAAAAGGTGGATGACAAGCGCATTTTGGA ((((((.(.(((((((((((.((((((.((((((((.((((...........)))).)))))))))).)))).))))))))))).).)))))).. Sha-miR10534 44295 44315 CAAAATACCCTTGTCATCCAA Sha-miR10534* 44221 44241 GGATGACAAGCGCATTTTGGA 3 Sha-MIR10539 PmiREN018894 MIR10539 Solanum habrochaites Sha-CBYS010018123.1 12871 13099 + GAAGAAGAAAATGGTAGTTTGTTGGTGATTGTGGTTCCAAAATTGATGTTGATTATCCTTTTATATTAGTTTGATATTTCCTCTGTTTCAATTTATTTGTTCTATTTATTTTTATAATCTATTTTAAATTATAATATATTTAAATTCTGAACTCAGTAACATACAAAATGTATAGACACAACATTACAATCTTGGAACCACAGTTACCACCATACTATCAAATTTCTCA .....(((((.(((((((.((.((((((((((((((((((.((((((((((........(((((((...((((.(((.....(((.(((((((((..(((..(((..((((..(........)..)))).)))..)))..)))))..))))..)))....)))))))..)))))))..))))))..)))).)))))))))))))))))).)).)))))))..))))).. 12891 13079 TGGTGATTGTGGTTCCAAAATTGATGTTGATTATCCTTTTATATTAGTTTGATATTTCCTCTGTTTCAATTTATTTGTTCTATTTATTTTTATAATCTATTTTAAATTATAATATATTTAAATTCTGAACTCAGTAACATACAAAATGTATAGACACAACATTACAATCTTGGAACCACAGTTACCACC ((((((((((((((((((.((((((((((........(((((((...((((.(((.....(((.(((((((((..(((..(((..((((..(........)..)))).)))..)))..)))))..))))..)))....)))))))..)))))))..))))))..)))).)))))))))))))))))).) Sha-miR10539 13059 13079 CTTGGAACCACAGTTACCACC Sha-miR10539* 12891 12911 TGGTGATTGTGGTTCCAAAAT 3 Sha-MIRN34 PmiREN019000 MIRN34 Solanum habrochaites Sha-CBYS010006583.1 616 707 + AAGTTAAGCGTGTTTGGGCGGGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCCCTTAGGAAGTCCTCGTGTTGCATCCCTTCTTTTTGTCGAAATTTGGT .......((........))(((((((((((.((((((((....))).......))))).))))))).))))..................... 636 687 GGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCCCTTAGGAAGTCCTCGTGTTGCATCCCT ((((((((((.((((((((....))).......))))).))))))).))).. Sha-miRN34 667 687 AAGTCCTCGTGTTGCATCCCT Sha-miRN34* 636 656 GGAGTAGTACTAGGATGGGTG 3 Sha-MIRN272 PmiREN019001 MIRN272 Solanum habrochaites Sha-CBYS010014344.1 14231 14464 + ATTCGTTTATTGGGGGAAAATAGTATACTTCTAATGTCGAATCAGGATCAACTAGGACAGAAATAAAGCATTGGGTCGAACTCTTTTTTGGTGTCAAGGTAATAGCTATGAATAGTCATCGACTTCCGGAAAAGAGTAGAAGAATGGGACCTATTATGGAACATACAATGCATTAAGGACGTATGATCATTACGCTTCAACCGGGTTATTCTATTCCACCTCTTAGAAAGAAAA ....((.(((((........))))).))((((((.((.((((.(((((.((((.((...........((((((..((..((((((((((((.(((..(((....((((....)))).))))))..)))))))))))).))...(((...((......))..))).)))))).....(((((((.......)))).)))..)).))))))))))))).))...))))))...... 14251 14444 AATGTCGAATCAGGATCAACTAGGACAGAAATAAAGCATTGGGTCGAACTCTTTTTTGGTGTCAAGGTAATAGCTATGAATAGTCATCGACTTCCGGAAAAGAGTAGAAGAATGGGACCTATTATGGAACATACAATGCATTAAGGACGTATGATCATTACGCTTCAACCGGGTTATTCTATTCCACCTCTTAG ((.((.((((.(((((.((((.((...........((((((..((..((((((((((((.(((..(((....((((....)))).))))))..)))))))))))).))...(((...((......))..))).)))))).....(((((((.......)))).)))..)).))))))))))))).))...)))) Sha-miRN272 14423 14444 GTTATTCTATTCCACCTCTTAG Sha-miRN272* 14251 14271 AATGTCGAATCAGGATCAACT 3 Sha-MIRN2114 PmiREN018998 MIRN2114 Solanum habrochaites Sha-CBYS010002618.1 23831 23959 + TTCTTAGTGAAAGTATTCAACAGGGGCAACTTGAGATCACATGTTGTCACTTTTTTTTTTGGTTTGATTTGATGAATCAGTATCTCAACATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGTTGAATTAGTTTCACTTA .....(((((((.((((((((((((((.((((((((.(((((((((............(((((((........))))))).....))))))))).)))))))).)))))))))))).)).))))))).. 23851 23939 GGGGCAACTTGAGATCACATGTTGTCACTTTTTTTTTTGGTTTGATTTGATGAATCAGTATCTCAACATGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG (((((.((((((((.(((((((((............(((((((........))))))).....))))))))).)))))))).))))))) 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Sha-miRN3062 134545 134565 TAAAGTTACCCTTGCTCTTCT Sha-miRN3062* 134694 134714 AGGAGCAAGTGTGACCACACC 3 Sha-MIRN3063 PmiREN018996 MIRN3063 Solanum habrochaites Sha-CBYS010001446.1 14719 14834 - GTAAGATAAATACAAAAAAGAGACTTGATTTCACTCTTCTTTTTTGTATTTATCAAAAAAGATATATAAAAAAAAGAAGAGTGAGATCAAGTCTCTAACAACAGTTTCTCTTGATA ..................(((((((((((((((((((((((((((.(((.((((......)))).))).))))))))))))))))))))))))))).................... 14739 14814 AGACTTGATTTCACTCTTCTTTTTTGTATTTATCAAAAAAGATATATAAAAAAAAGAAGAGTGAGATCAAGTCTCT (((((((((((((((((((((((((.(((.((((......)))).))).))))))))))))))))))))))))).. Sha-miRN3063 14794 14814 AGACTTGATTTCACTCTTCTT Sha-miRN3063* 14739 14759 GAAGAGTGAGATCAAGTCTCT 3 Sha-MIRN3064 PmiREN018997 MIRN3064 Solanum habrochaites Sha-CBYS010002065.1 2780 2863 - GTCTTGTTGGGTCTATAATGTTTGGTGTTATTCTGATGTGGCAACTGGATTTGAACACCGGAGAATGGATGTAACAGACTGATT (((((((((.((((((..(.(((((((((..(((...((....)).)))....))))))))).))))))).))))))...))). 2800 2843 TTTGGTGTTATTCTGATGTGGCAACTGGATTTGAACACCGGAGA (((((((((..(((...((....)).)))....))))))))).. Sha-miRN3064 2823 2843 TTTGGTGTTATTCTGATGTGG Sha-miRN3064* 2800 2820 ACTGGATTTGAACACCGGAGA 3 Sha-MIRN3065a PmiREN018999 MIRN3065 Solanum habrochaites Sha-CBYS010016645.1 103 249 + GAGCGAATGGCCGCCCATGGCAGAGACAATACCTGAGTATGTGGATCCCAAGGGGGTTGTCACAAAAAAAGGCGCCTTTTTTGTGACAACCCCCTCGGGATCCACATATTCAGGTATTGTCTCTGCCATGGGCGGCCATTCGCTCTT (((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).. 123 229 CAGAGACAATACCTGAGTATGTGGATCCCAAGGGGGTTGTCACAAAAAAAGGCGCCTTTTTTGTGACAACCCCCTCGGGATCCACATATTCAGGTATTGTCTCTGCC (((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((.......))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))).. Sha-miRN3065a 209 229 TATTCAGGTATTGTCTCTGCC Sha-miRN3065a* 123 143 CAGAGACAATACCTGAGTATG 3 Sha-MIRN3065b PmiREN019926 MIRN3065 Solanum habrochaites Sha-CBYS010031975.1 10205 10399 + AACAGAGAAGAGTATAGAAGCAAGAAAGATAAGACTGGAATGAGTTTGGGCAGTAGAAGGGTGGTTTCAAACGGATACAATTTCATAAACAAAAGGGGTTTGCACCATCATCTGCTGGTGCTCATGCACCCAGTAACAGAGTTGAGGATCCACATATTCAGGTATTGTCTCTGCCATGGGCGGCCATTCGCTCTC ..........................((((((.(((.(((((.((..((((((((((..((((((..(((((.........................))))).)))))).)))))))((((....))))((..((((...)))).)).))))).))))).))).))))))......................... 10225 10379 CAAGAAAGATAAGACTGGAATGAGTTTGGGCAGTAGAAGGGTGGTTTCAAACGGATACAATTTCATAAACAAAAGGGGTTTGCACCATCATCTGCTGGTGCTCATGCACCCAGTAACAGAGTTGAGGATCCACATATTCAGGTATTGTCTCTGCC ......((((((.(((.(((((.((..((((((((((..((((((..(((((.........................))))).)))))).)))))))((((....))))((..((((...)))).)).))))).))))).))).))))))..... Sha-miRN3065b 10359 10379 TATTCAGGTATTGTCTCTGCC Sha-miRN3065b* 10225 10245 CAAGAAAGATAAGACTGGAAT 3