miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Sit-MIR156a PmiREN018611 MIR156 Setaria italica Sit-scaffold_4 31435211 31435338 + ATTAAGAGGCCCTGAAGAGATTGACAGAAGAGAGCGAGCACCCGGCGCGGCGGCCGGCATGGAGCGCATGCCGTCCCCGCCGCGTGCTCGCTCCTCTTTCTGTCAGCCTCTCTCTCGTCCTGACCGGG (...((((((...........((((((((((((((((((((.(((((.((.(((.((((((.....)))))))))))))))).))))))))).))).)))))))))))))).)............... 31435231 31435318 TTGACAGAAGAGAGCGAGCACCCGGCGCGGCGGCCGGCATGGAGCGCATGCCGTCCCCGCCGCGTGCTCGCTCCTCTTTCTGTCAGCC .((((((((((((((((((((.(((((.((.(((.((((((.....)))))))))))))))).))))))))).))).))))))))... 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Sit-miR156j 24139286 24139305 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Sit-miR156j* 24139216 24139236 CTCACTACTCTTTCTGTCATC 3 Sit-MIR156k PmiREN018621 MIR156 Setaria italica Sit-scaffold_8 10204668 10204833 + CAGTGGTGTCCATGGCTTCCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGGCAGACTGCATCGATCCAAACCTTTACAATCGAGAAGACGAAACACATACGAATGAATGATGCAGCTGCTGTTGTGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGGCATCTCCGGCCTGTCCCTGC ..((((.(..((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((((.((.............(((......))).............)).)))))))))))))))))))))))))).))))).))))))))).......))))))..))))) 10204688 10204813 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGGCAGACTGCATCGATCCAAACCTTTACAATCGAGAAGACGAAACACATACGAATGAATGATGCAGCTGCTGTTGTGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGG (((((((((((((((((((((((((((.(((.((((((((.((.............(((......))).............)).)))))))))))))))))))))))))).))))).))))))).. 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Sit-miR160b 2422558 2422578 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA Sit-miR160b* 2422473 2422493 GCGTGCGAGGTGCCAAGCATG 3 Sit-MIR160c PmiREN018624 MIR160 Setaria italica Sit-scaffold_4 38135875 38135998 - GACCACGATCGGCTCGTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTATCCCAACCCGTGGCGTGATTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCAGAACAGGCCATGATCATC ((......))......(((((((.(((((((.((((((((((.(((((((((.((.(((...)).).)))))))).))).)))))))))).))))))).))))))).................. 38135895 38135978 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTATCCCAACCCGTGGCGTGATTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATG (((.(((((((.((((((((((.(((((((((.((.(((...)).).)))))))).))).)))))))))).))))))).))).. 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Sit-miR164a 48083947 48083967 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Sit-miR164a* 48083873 48083893 CACGTGTTCTCCTTCTCCATC 3 Sit-MIR164b PmiREN018629 MIR164 Setaria italica Sit-scaffold_3 26497811 26497997 + TAGACGGTGGCTGTGCATGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACCATCCAATGCCGCCATGCCCGGCCGCTCCATGCTCCTCCCCCTCCTCTGATGAGCTGAGCTCACCAACCTTTGTGGATCCATGGATGGATGGATGGTTCTTCATGTGCCCATCTTCTCCACCGAGCACAAACTGTCTCAGCA .(((((((...(((((.(((((((((((..(((((((((....((((((((..((.(((......))).))((((((....(((........((.(((((...))))).))........)))..))))))....))))))))....)))))))))..))))))))))).))))).)))))))..... 26497831 26497977 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACCATCCAATGCCGCCATGCCCGGCCGCTCCATGCTCCTCCCCCTCCTCTGATGAGCTGAGCTCACCAACCTTTGTGGATCCATGGATGGATGGATGGTTCTTCATGTGCCCATCTTCTCCACC ((((((((..(((((((((....((((((((..((.(((......))).))((((((....(((........((.(((((...))))).))........)))..))))))....))))))))....)))))))))..)))))))).. 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Sit-miR164c 24447554 24447574 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Sit-miR164c* 24447423 24447443 CACGTGCTCCCCTTCTCCACC 3 Sit-MIR164d PmiREN018631 MIR164 Setaria italica Sit-scaffold_3 16060081 16060271 - GGGTGGCGAGGTGCGCGAGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATTCTTTCCTCTCGCCGGCTTGGCATTCCGGCAGCGCCGCTGCGGGCCGGTTGCCGCTGGCCGGCCGGCTAGCCCAGCTTGCTAGCTAGCTCCTGAAGCGCTGATGCATGTGCCCTTCTCCTCCACCGTGCGCGCCTCGCCTGAGCA ....(((((((((((((.(((((((.((.(((((((((((((((.............((((((((((((..(((((..(((....))).))))).)))))..))))))).(((((((.......))))))).(((.....)))))..))))))))))))).)).))))))).)))))))))))))...... 16060101 16060251 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCATGCATTCTTTCCTCTCGCCGGCTTGGCATTCCGGCAGCGCCGCTGCGGGCCGGTTGCCGCTGGCCGGCCGGCTAGCCCAGCTTGCTAGCTAGCTCCTGAAGCGCTGATGCATGTGCCCTTCTCCTCCACC (((((.((.(((((((((((((((.............((((((((((((..(((((..(((....))).))))).)))))..))))))).(((((((.......))))))).(((.....)))))..))))))))))))).)).))))).. 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Sit-miR166b 39203088 39203108 TCGGACCAGGCTTCAATCCCT Sit-miR166b* 39203167 39203187 GGGTTGTTGTCTGGCTCGGTG 3 Sit-MIR166c PmiREN018636 MIR166 Setaria italica Sit-scaffold_2 32841463 32841611 + GGTTGAAGGTTAGGTTAAGGGGGTTGTTGTCTGGTTCAAGGTCACCACAAGTAGGCAAGCCCATTTTGCTTAACATGCAGTATGGGTGTATTCGATCTATTGGTGATCTCGGACCAGGCTTCAATCCCTTTAACCAGCATCTGCATATA ............((((((((((((((..(((((((((.(((((((((..((..((...((((((.((((.......)))).))))))....))...))..))))))))).)))))))))..)))))))))))))).((....))..... 32841483 32841591 GGGTTGTTGTCTGGTTCAAGGTCACCACAAGTAGGCAAGCCCATTTTGCTTAACATGCAGTATGGGTGTATTCGATCTATTGGTGATCTCGGACCAGGCTTCAATCCCT ((((((..(((((((((.(((((((((..((..((...((((((.((((.......)))).))))))....))...))..))))))))).)))))))))..)))))).. 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Sit-miR166e 46534337 46534357 TCTCGGACCAGGCTTCATTCC Sit-miR166e* 46534415 46534435 AATGGAGGCTGATCCAAGATC 3 Sit-MIR166f PmiREN018639 MIR166 Setaria italica Sit-scaffold_4 39474337 39474536 - GAGCCTTTTCGTCTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGGGGGCGCCGCTCTTTCTCTGACCTGCTCCTTTCTCCTCCGATCCATCTCGCTCTTCCTCTCTCCTGGAGGTAGAGAGGAGATCGATCGATGGGCAGGAGTGAGAGGAGATGGGTGTAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCCCAAAAGGAAGGGCTCCCCA ((((((((((...((((.((((((((..((((((.((((((((...))).....(((((((((((((((((..((((..(((((((((.(((.(((((((((....)).)))))))))).)))..))))))..)))).)))))))).))))).)))).))))).))))))..)))))))).)))).)))))))))).... 39474357 39474516 GGAATGTTGTCTGGCTCGGGGGCGCCGCTCTTTCTCTGACCTGCTCCTTTCTCCTCCGATCCATCTCGCTCTTCCTCTCTCCTGGAGGTAGAGAGGAGATCGATCGATGGGCAGGAGTGAGAGGAGATGGGTGTAGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCC ((((((..((((((.((((((((...))).....(((((((((((((((((..((((..(((((((((.(((.(((((((((....)).)))))))))).)))..))))))..)))).)))))))).))))).)))).))))).))))))..)))))).. 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Sit-miR166j 21644132 21644152 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Sit-miR166j* 21644199 21644219 GGAATGTCGTCTGGCGCGAGA 3 Sit-MIR166k PmiREN018644 MIR166 Setaria italica Sit-scaffold_9 13545167 13545310 - GAAGCTATTTGCTTCTGAGTGGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCCTGTGATTTGAGGATGAATCTCTTGTGTAGTTTTCATTCCTCGGATCTGCGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAGAGATAGCTTCAAATGA (((((((((....((((((.((((((..(((((((((.(((((((((....((((((((((((((.(((....).))..)))).)))))))))).))))))))).)))))))))..)))))).)))))))))))))))...... 13545187 13545290 GGAATGTTGTCTGGTTCAAGGTCTTGCCTGTGATTTGAGGATGAATCTCTTGTGTAGTTTTCATTCCTCGGATCTGCGGGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCC ((((((..(((((((((.(((((((((....((((((((((((((.(((....).))..)))).)))))))))).))))))))).)))))))))..)))))).. 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Sit-miR169e 29380993 29381013 CAGCCAAGGATGACTTGCCGG Sit-miR169e* 29380923 29380943 GCAAGTCTGTCCTTGGCTACA 3 Sit-MIR169f PmiREN018661 MIR169 Setaria italica Sit-scaffold_1 37871079 37871206 - GGAGGTTGTGTTTTGTTGTGTAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCACTGTCTCTCGCCGTGAAACGTTAACCGTGAGACACCGACCGGCAGGTTTTTCTCGCTGGCTACATGATAGCCTCGTTTTCTCAT .(((((.......(((((((((((((((((.((((((((((.(..((((((.((..((.........)))).))))))..).)))))))))).))))...)))))))))))))))))).......... 37871099 37871186 TAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCACTGTCTCTCGCCGTGAAACGTTAACCGTGAGACACCGACCGGCAGGTTTTTCTCGCTGGCTACA ((((((((((.((((((((((.(..((((((.((..((.........)))).))))))..).)))))))))).))))...)))))).. 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Sit-miR393b 8391289 8391309 TCCAAAGGGATCGCATTGATC Sit-miR393b* 8391208 8391228 ATCATGCGATCCTTTTGGAGG 3 Sit-MIR394 PmiREN018685 MIR394 Setaria italica Sit-scaffold_1 33992667 33992790 + GGGTGCTTACTGAGAGTTCCTTGGCATTCTGTCCACCTCCTTGCTGATCTTGCAGAAAGTCTCTCAAATCTGTTGTTTTTTTGGAGGTGGGCATACTGCCAATGGAGCTGTGTAGGCCTCCCTT (((.((((((....((((((((((((...(((((((((((.....(((...(((((............))))).))).....)))))))))))...)))))).))))))..)))))).)))... 33992687 33992770 TTGGCATTCTGTCCACCTCCTTGCTGATCTTGCAGAAAGTCTCTCAAATCTGTTGTTTTTTTGGAGGTGGGCATACTGCCAATG ((((((...(((((((((((.....(((...(((((............))))).))).....)))))))))))...)))))).. 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Sit-miR399c 28918620 28918640 TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG Sit-miR399c* 28918551 28918571 GTGCGGTTCTCCTCTGGCATG 3 Sit-MIR408 PmiREN018707 MIR408 Setaria italica Sit-scaffold_5 13900827 13901033 + AAGGTGGTTTGGATTGGAGGCAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAGACAAAACTCCGTTTCTTCCACTGCAAAAACATGTTTGTGAGAGGTTTTGAGGCAAAAAAAAAAAAAAGGTTGAGAGCTCCGCCCCCACCGGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCTGCCGCCGCCGGCCCA ..((((((..((...((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((.......(((.....(((((((.(((......)))..))).))))....)))................(((.((....)).)))((....)))))))..))))).)))).))).))))))).)))))).))))...))))))))...... 13900847 13901013 CAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAGACAAAACTCCGTTTCTTCCACTGCAAAAACATGTTTGTGAGAGGTTTTGAGGCAAAAAAAAAAAAAAGGTTGAGAGCTCCGCCCCCACCGGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGC ((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((.......(((.....(((((((.(((......)))..))).))))....)))................(((.((....)).)))((....)))))))..))))).)))).))).))))))).)))))).. 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Sit-miR529a 14763167 14763187 AGAAGAGAGAGAGTACAGCTT Sit-miR529a* 14763240 14763260 GCTGTACCCTCTCTCTTCGTC 3 Sit-MIR529b PmiREN018711 MIR529 Setaria italica Sit-scaffold_1 22493749 22493894 + CATTCATCAAGGCTAAAGGGAGAAGAGAGAGAGTACAGCCTTAACATGCACGCACTTTAGATTTCATCAGTCTCTTGTGCGGTTATGTGTGTGAGAGTGATGAAGGCTGTACCCTCTCTCTTCTTCTCTTAGCGTTTTTGTTGCAA ....((..((.(((((.((((((((((((((.((((((((((.((((((((((((...(((((.....)))))...)))))....)))))))..........)))))))))).)))))))))))))).))))).))..))...... 22493769 22493874 AGAAGAGAGAGAGTACAGCCTTAACATGCACGCACTTTAGATTTCATCAGTCTCTTGTGCGGTTATGTGTGTGAGAGTGATGAAGGCTGTACCCTCTCTCTTCTTC (((((((((((.((((((((((.((((((((((((...(((((.....)))))...)))))....)))))))..........)))))))))).))))))))))).. Sit-miR529b 22493769 22493789 AGAAGAGAGAGAGTACAGCCT Sit-miR529b* 22493854 22493874 GCTGTACCCTCTCTCTTCTTC 3 Sit-MIR535 PmiREN018712 MIR535 Setaria italica Sit-scaffold_8 21627019 21627144 + AGCTTGGTCCTGGCCGGCGGTGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGTGCGGCCGTCACGGTGAGGTGGCCCGTGGCGGCGTACTTGCGTGCTCCCTCCCGTTGTCACCGACTCACTGTCACACATTAC ...............(((((((((((((.(((.((((((((.((((((.(((((((((.(......)))))))))))))))).)))))))).))).))))))))))).))....((........)) 21627039 21627124 TGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGTGCGGCCGTCACGGTGAGGTGGCCCGTGGCGGCGTACTTGCGTGCTCCCTCCCGTTGTCACC ((((((((.(((.((((((((.((((((.(((((((((.(......)))))))))))))))).)))))))).))).)))))))).. Sit-miR535 21627039 21627059 TGACAACGAGAGAGAGCACGC Sit-miR535* 21627104 21627124 GTGCTCCCTCCCGTTGTCACC 3 Sit-MIR1432 PmiREN018610 MIR1432 Setaria italica Sit-scaffold_2 44178204 44178334 - TGTGGGTGTGCGTCCTACGCTCAGGAGAGATGACACCGACGTCGGACGGGTCGATCGAGATGTGCATCTGCTGTGTCGATCCGTCTGAAGCCGGTGTCATTTCCCCTGAACTTAGGACCCATTAGCCCTGA ...........((((((.(.(((((.((((((((((((.(.((((((((((((((..((((....)))).....)))))))))))))).).)))))))))))).))))).).))))))............. 44178224 44178314 TCAGGAGAGATGACACCGACGTCGGACGGGTCGATCGAGATGTGCATCTGCTGTGTCGATCCGTCTGAAGCCGGTGTCATTTCCCCTGAAC (((((.((((((((((((.(.((((((((((((((..((((....)))).....)))))))))))))).).)))))))))))).))))).. Sit-miR1432 44178295 44178314 TCAGGAGAGATGACACCGAC Sit-miR1432* 44178224 44178244 CCGGTGTCATTTCCCCTGAAC 3 Sit-MIR3979 PmiREN018702 MIR3979 Setaria italica Sit-scaffold_8 27440216 27440353 + AATTGGCATGGCTCTCTTGGTCCCTCTCTCCCTTGAAGGCTTTCTCTGGTAAATCTTGTTGGCTTCGCAGCACATATCCAGTGCTTTCTTGAGAAAGCCTTCAGGGGGGAGGGAACCCAAGCAAGCCACAGTGCCTGT ....(((((((((..(((((...((((((((((((((((((((((((((.......(((((......))))).....)))..........)))))))))))))))))))))))...)))))..)))))...))))... 27440236 27440333 TCCCTCTCTCCCTTGAAGGCTTTCTCTGGTAAATCTTGTTGGCTTCGCAGCACATATCCAGTGCTTTCTTGAGAAAGCCTTCAGGGGGGAGGGAACCC ...((((((((((((((((((((((((((.......(((((......))))).....)))..........)))))))))))))))))))))))..... Sit-miR3979 27440236 27440256 TCCCTCTCTCCCTTGAAGGCT Sit-miR3979* 27440313 27440333 CCTTCAGGGGGGAGGGAACCC 3 Sit-MIR5179 PmiREN018708 MIR5179 Setaria italica Sit-scaffold_1 15037118 15037328 + ATCTGCATCAGGAGAGGGTGTTTTGCTCAAGACCGCGCAACCAATCCATATGACACCGCATCGCTGTCCTTGCCTATCATTATCTCGTCCAAATCCCAAGGTAGAAGGAGAAGAAGATGCATGTGGTTATGGATAGGTCTCGACGGCGATGCGCTGGTTATGGTCAGGCTGTGTGGTCTTGCGCAATAACGCCCGGCTCGCATTTCCCTCC ...............(((((((((((.((((((((((((.((...(((((...((.((((((((((((...((((((((((.(((..(((....((...)).....)))..))).))).((((....)))))))))))...)))))))))))).))..)))))...)).)))))))))))).)))).)))))))((..........))... 15037138 15037308 TTTTGCTCAAGACCGCGCAACCAATCCATATGACACCGCATCGCTGTCCTTGCCTATCATTATCTCGTCCAAATCCCAAGGTAGAAGGAGAAGAAGATGCATGTGGTTATGGATAGGTCTCGACGGCGATGCGCTGGTTATGGTCAGGCTGTGTGGTCTTGCGCAATAACG ((((((.((((((((((((.((...(((((...((.((((((((((((...((((((((((.(((..(((....((...)).....)))..))).))).((((....)))))))))))...)))))))))))).))..)))))...)).)))))))))))).)))).)).. Sit-miR5179 15037138 15037158 TTTTGCTCAAGACCGCGCAAC Sit-miR5179* 15037288 15037308 GTGTGGTCTTGCGCAATAACG 3 Sit-MIR5568a PmiREN018713 MIR5568 Setaria italica Sit-scaffold_1 32391225 32391357 - GTTCCAAATTGTAGGTCGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGCTTTTGCTATGCACCTAGATATATATTATGTCTAGATACACAATAAAAGTTATGAATCTAGAAATCCTAAAACAACCTACAATTTGGGACAG ((((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((...((...(((((((((...)))))))))...))...)))))))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))))).. 32391245 32391337 TTGGCATTTCTAGATTCATAGCTTTTGCTATGCACCTAGATATATATTATGTCTAGATACACAATAAAAGTTATGAATCTAGAAATCCTAAAA ((((.((((((((((((((((((((((...((...(((((((((...)))))))))...))...)))))))))))))))))))))).)))).. Sit-miR5568a 32391317 32391337 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miR5568a* 32391245 32391265 ATGAATCTAGAAATCCTAAAA 3 Sit-MIR5568b PmiREN018714 MIR5568 Setaria italica Sit-scaffold_5 8743441 8743566 + GTTCCAAATTGTAGGTCGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGCTTTTAATATGTTTTAATATGTATCTAGATGCATAGCAAAAACTATGAACCTAGAAATGCCAATTTGGAATGGAGGGAGTATGGA ....................(((((((((((((.(((((((.((((..(((((((((.........)))).)))))..)))).))))))).)))))))))))))...................... 8743461 8743546 TTGGCATTTCTAGATTCATAGCTTTTAATATGTTTTAATATGTATCTAGATGCATAGCAAAAACTATGAACCTAGAAATGCCAATT (((((((((((((.(((((((.((((..(((((((((.........)))).)))))..)))).))))))).))))))))))))).. 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Sit-miR5568c 24237755 24237775 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miR5568c* 24237687 24237707 ATGAACCGAGAAATGCCAAAA 3 Sit-MIRN2005 PmiREN018758 MIRN2005 Setaria italica Sit-scaffold_3 10560997 10561100 + CTCGGTACGGACGAAATACTTCTTGACCTTGCAAGACCTTTTGGAATCTTTGAGACTCCCCAAAGCCTGAGCAATGGTAGGAAAACCCAGGGCTTCCTAGTGGT ...................((((((.((((((.((..((((.(((.(((...))).)))..)))).))..)))).))))))))..................... 10561017 10561080 TCTTGACCTTGCAAGACCTTTTGGAATCTTTGAGACTCCCCAAAGCCTGAGCAATGGTAGGAAA (((((.((((((.((..((((.(((.(((...))).)))..)))).))..)))).))))))).. 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Sit-miRN2225 2004133 2004153 AGCTGCCGGTTCATGGATACC Sit-miRN2225* 2004062 2004082 TGTGCATGACCCGGGAGATGA 3 Sit-MIRN2553 PmiREN018752 MIRN2553 Setaria italica Sit-scaffold_1 30572809 30572920 + CGCCTCTCTTTGCTCCGGTGGGTATTTCTCATCCAGCTAAAAGCCAAGTCTTCTTGACCTTGCAAGACTTTTCGCTTGAAGATGAATTCCTACCTCGCAATATTCTTTCCTT .........((((...((((((.((((.((.((.(((.((((((((((((.....)).))))...).))))).))).)).)).)))).))))))..))))............ 30572829 30572900 GGTATTTCTCATCCAGCTAAAAGCCAAGTCTTCTTGACCTTGCAAGACTTTTCGCTTGAAGATGAATTCCTA ((.((((.((.((.(((.((((((((((((.....)).))))...).))))).))).)).)).)))).)).. 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Sit-miRN3000 11233 11253 TATCTGTGGTTGCATATTATT Sit-miRN3000* 11363 11383 TAACATGCAACCACAGATAAA 3 Sit-MIRN3001a PmiREN018717 MIRN3001 Setaria italica Sit-scaffold_3 20485764 20485924 + TTACTCCCTCCGTCTCAAATTATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAACTTAGATACATCACTTTTGCTATGTATCTAAATATAAGTATATATCTATGTGCATATCAAAAGATATGTATCTAGAAAAGTCAAAATGAATTGTAATTTGGGATGGAGAAAGTATAT .((((..((((((((((((((((.((((((((((((((((((.....((((((((..((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).))))))).))))))..)))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))..))))... 20485784 20485904 TATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAACTTAGATACATCACTTTTGCTATGTATCTAAATATAAGTATATATCTATGTGCATATCAAAAGATATGTATCTAGAAAAGTCAAAATGAATTGTAAT (((.((((((((((((((((((.....((((((((..((((((.(((((((.((.(((((....))))).)).))))))).))))))..)))))))))))))))))))))))))).))).. Sit-miRN3001a 20485784 20485804 TATTATTCGTTTTGGCTTTTC Sit-miRN3001a* 20485884 20485904 AAAGTCAAAATGAATTGTAAT 3 Sit-MIRN3001b PmiREN018722 MIRN3001 Setaria italica Sit-scaffold_7 16805176 16805329 - GTACTCCCTCCGTCCCAAATTATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGATACATCACTTTTGCTATGTATCTACATAAGTATATATCTTGGTGCATATCAAAATGTTTGTATCTAGAAAAGGCAAAACGAATAGTAATTTGGGACGGAGGGAGTATGA ((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((..(((((((.((((((((...(((......)))...)))))))).))))).)).)))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).. 16805196 16805309 TATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGATACATCACTTTTGCTATGTATCTACATAAGTATATATCTTGGTGCATATCAAAATGTTTGTATCTAGAAAAGGCAAAACGAATAGTAAT ((((((((((((((.((((((((((((((..(((((((.((((((((...(((......)))...)))))))).))))).)).)))))))))))))).)))))))))))))).. Sit-miRN3001b 16805289 16805309 TATTATTCGTTTTGGCTTTTC Sit-miRN3001b* 16805196 16805216 AAAGGCAAAACGAATAGTAAT 3 Sit-MIRN3001c PmiREN018749 MIRN3001 Setaria italica Sit-scaffold_1 1766011 1766164 + GTACTCCCTCCGTCCCAAATTATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGATACATAGATTTTGCTACGTATCTAGACATACATACATCTAGATCTATATCAAAAGTTTTGTATCTGGAAAAGCCAAAACGAATAGTAATTTGGGCTGGAGGGAGTAGGT .(((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((....(((((.((...(((((((..........)))))))...)).)))))....)))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))... 1766031 1766144 TATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGATACATAGATTTTGCTACGTATCTAGACATACATACATCTAGATCTATATCAAAAGTTTTGTATCTGGAAAAGCCAAAACGAATAGTAAT (((((((((((((((((((((((((((((....(((((.((...(((((((..........)))))))...)).)))))....))))))))))))))))))))))))))))).. Sit-miRN3001c 1766031 1766051 TATTATTCGTTTTGGCTTTTC Sit-miRN3001c* 1766124 1766144 AAAGCCAAAACGAATAGTAAT 3 Sit-MIRN3001d PmiREN018771 MIRN3001 Setaria italica Sit-scaffold_2 20354990 20355132 + ATACTCCCTCTGTCCCAAGTTATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGGCACATATCTCTTGATATGCACCTAGATATATAGTAAGTCTTTTGCCATATATCTAGAAAAGTCAAAACGAATAGTAGTTTGGGACAGAGGGAGTATAG (((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((....))))))..)))((((((((.((((.....)))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).. 20355010 20355112 TATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGGCACATATCTCTTGATATGCACCTAGATATATAGTAAGTCTTTTGCCATATATCTAGAAAAGTCAAAACGAATAGTAGT (((((((((((((((((((((((((..((((((....))))))..)))((((((((.((((.....)))).)))))))))))))))))))))))))))))).. 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Sit-miRN3001e 40551899 40551919 TATTATTCGTTTTGGCTTTTC Sit-miRN3001e* 40551805 40551825 AAAGCCAAAACGAATAGTAAT 3 Sit-MIRN3001f PmiREN018800 MIRN3001 Setaria italica Sit-scaffold_2 14705078 14705232 + GTACTCCCTACGTCCCAAATTATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGGTACATAGCTTTACATATGCACCTAGATATATACTATGTCTAGATACATAGCAAAAGTTATGTATCTAGAAAAGCCACAATGAATTGTAATTTGGGATGGGAGGGAGTACT (((((((((.(((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((...((((...(((((((((...)))))))))...))))...)))))))))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))..))))))))). 14705098 14705212 TATTATTCGTTTTGGCTTTTCTAGGTACATAGCTTTACATATGCACCTAGATATATACTATGTCTAGATACATAGCAAAAGTTATGTATCTAGAAAAGCCACAATGAATTGTAAT (((.(((((((.((((((((((((((((((((((((...((((...(((((((((...)))))))))...))))...)))))))))))))))))))))))).))))))).))).. 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Sit-miRN3002b 19096103 19096123 TAAATATACGACGTTTAGGAC Sit-miRN3002b* 19096161 19096181 CTTAAATGTCATATATTTAAA 3 Sit-MIRN3003 PmiREN018719 MIRN3003 Setaria italica Sit-scaffold_4 15650220 15650342 + GGCCTACTATTCCTATTGCATGATGACACAGCTTGATTGGGAAGGTAGTAAAGCACTGAAATAATCATTGCATCTGCTCTCCCAATTGAGTTGTGTCATCTTGCAGGAGAAGGCATTATTCTG ................((((.(((((((((((((((((((((.(((((....(((.(((.....))).)))..))))).))))))))))))))))))))).))))...........((...)) 15650240 15650322 TGATGACACAGCTTGATTGGGAAGGTAGTAAAGCACTGAAATAATCATTGCATCTGCTCTCCCAATTGAGTTGTGTCATCTTG .(((((((((((((((((((((.(((((....(((.(((.....))).)))..))))).)))))))))))))))))))))... 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Sit-miRN3007 29411662 29411682 CCAGGCTGATTGTAGAGATGG Sit-miRN3007* 29411620 29411640 GCAGTATATCATTTCCTGGAC 3 Sit-MIRN3008 PmiREN018730 MIRN3008 Setaria italica Sit-scaffold_2 40082047 40082291 - CCAAGTTTCCAAGGACACGCAGGAACATGCTGACTGTCGACAATGTTGGTCTTGTGCACTGTCATGGTATAAGCCAAGCATGAGGATAATGTATTTGAATCTCTCAGCAGCTTTCTTTTTCTCATTCGTCCAAATTTGGCCACACAATGGCATGTGGGAGACAAGCGTGCAACCGCACGGCATATCTACATCATGTTTCTGATGGTTGATCTTCAGCTTTCTTGATGCCACCCATTCTCAAACTA ............((.((..((((((...(((((..((((((....((((.(((((((.(......))))))))))))((.(((((((...........))).))))))......(((((((((((..(.(((...(((......)))))))..)))))))).)))(((((....))))).........(((((......)))))))))))..))))).)))))).))))................ 40082067 40082271 AGGAACATGCTGACTGTCGACAATGTTGGTCTTGTGCACTGTCATGGTATAAGCCAAGCATGAGGATAATGTATTTGAATCTCTCAGCAGCTTTCTTTTTCTCATTCGTCCAAATTTGGCCACACAATGGCATGTGGGAGACAAGCGTGCAACCGCACGGCATATCTACATCATGTTTCTGATGGTTGATCTTCAGCTTTCTTGA (((((...(((((..((((((....((((.(((((((.(......))))))))))))((.(((((((...........))).))))))......(((((((((((..(.(((...(((......)))))))..)))))))).)))(((((....))))).........(((((......)))))))))))..))))).))))).. 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Sit-miRN3009 3064525 3064545 GCATGGGATGTAGATGGTTTA Sit-miRN3009* 3064570 3064590 AGCCAGACTTGCATTGTATGA 3 Sit-MIRN3010 PmiREN018732 MIRN3010 Setaria italica Sit-scaffold_2 3741344 3741530 + TCCATGCAGCAGCTAGCAATGAGATGCGTGCGTGACTCTCATCCTCCCATTGCTTTCCTCAGAAAGAAAAAAAAAAGATGCGTGAGCTTGACTATAGTTTAGTATAAAATGTTTGGGATTGGGAAGCATCGAGGGAACTTGTATTCAGGGTCTGACGAGCAGCACATGCTAGCACGAGCACAATGGC ...........(((((((.((...(((.((((.((((((((...((((..(((((((((((((..............((((.((((((.......))))))))))......)))))....))))))))....))))...)).....)))))))).)).)))...)))))))))....((......)) 3741364 3741510 GAGATGCGTGCGTGACTCTCATCCTCCCATTGCTTTCCTCAGAAAGAAAAAAAAAAGATGCGTGAGCTTGACTATAGTTTAGTATAAAATGTTTGGGATTGGGAAGCATCGAGGGAACTTGTATTCAGGGTCTGACGAGCAGCACAT (...(((.((((.((((((((...((((..(((((((((((((..............((((.((((((.......))))))))))......)))))....))))))))....))))...)).....)))))))).)).)))...).. 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Sit-miRN3019 3873213 3873233 AGAAGCAGCTGTAGTGGATAT Sit-miRN3019* 3873040 3873060 GGTGCCATTATAGTCTTCTCT 3 Sit-MIRN3020 PmiREN018743 MIRN3020 Setaria italica Sit-scaffold_8 3854411 3854514 - TTTGAAGTGACCAATAAGTAGGTGCATAGTTGGATGCGGCTGGACTCAATTTGCTATAAGGCCAGTTTATGCTTCGACTCCCTCTATTCCATGTGGCCATCACT ................((.(((.(...(((((((.((((((((.((..((.....))..)))))))...))))))))))))))))................... 3854431 3854494 GGTGCATAGTTGGATGCGGCTGGACTCAATTTGCTATAAGGCCAGTTTATGCTTCGACTCCCTC ((.(...(((((((.((((((((.((..((.....))..)))))))...))))))))))))).. Sit-miRN3020 3854474 3854494 GGTGCATAGTTGGATGCGGCT Sit-miRN3020* 3854431 3854451 AGTTTATGCTTCGACTCCCTC 3 Sit-MIRN3021a PmiREN018744 MIRN3021 Setaria italica Sit-scaffold_10 270783 270915 - ATCCCAAATTGTAGGCCGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTTGCTATGCATCTAGACTTAGTGTATATCTAGATGAATAGTAGAATCTATGAACCTAAAAGTACCAAAACGACCTACAATTTGGGACGG .((((((((((((((.((((((((.((((.(((.(((((((.(((((((((.((((((((..((...))..)))))))).))))))))).))))))).))).)))).)))))))).))))))))))))))... 270803 270895 TTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTTGCTATGCATCTAGACTTAGTGTATATCTAGATGAATAGTAGAATCTATGAACCTAAAAGTACCAAAA ((((.((((.(((.(((((((.(((((((((.((((((((..((...))..)))))))).))))))))).))))))).))).)))).)))).. Sit-miRN3021a 270875 270895 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miRN3021a* 270803 270823 ATGAACCTAAAAGTACCAAAA 3 Sit-MIRN3021b PmiREN018746 MIRN3021 Setaria italica Sit-scaffold_1 4274482 4274621 + ATCCCAAATTGTAAGTCGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTTAGTTTTTACTATGTATGTAGACATGGTGTATATCCAGATGCATAGCAAAAGCTATGAACCAAGAAATGCCAAAACGACCAATTTGGGACGGAGG .((((((((((...(((((((((((((((((.(.((((((((((((.(((...(((((((......)))))))((((......))))..))))))))))))))).).)))))))))))))))))))))))))))...... 4274502 4274601 TTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTTAGTTTTTACTATGTATGTAGACATGGTGTATATCCAGATGCATAGCAAAAGCTATGAACCAAGAAATGCCAAAA (((((((((((.(.((((((((((((.(((...(((((((......)))))))((((......))))..))))))))))))))).).))))))))))).. Sit-miRN3021b 4274502 4274522 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miRN3021b* 4274581 4274601 ATGAACCAAGAAATGCCAAAA 3 Sit-MIRN3021c PmiREN018747 MIRN3021 Setaria italica Sit-scaffold_1 28040283 28040414 - GTCCTAAATTGTAAGTTGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGATTTTGCTATTATCTATATATACACTATGTATAGATATATAGTAAAAGTTATGAGTCTAAGTATGCCAAAATGGTCGACAATTTGGGACGG ((((((((((((...((((((((((((...(((((((((((.(((((((((((((((((((((...)))))))))))).))))))))).)))))))))))...))))))))))))...)))))))))))).. 28040303 28040394 TTGGCATTTCTAGATTCATAGATTTTGCTATTATCTATATATACACTATGTATAGATATATAGTAAAAGTTATGAGTCTAAGTATGCCAAAA (((((((...(((((((((((.(((((((((((((((((((((...)))))))))))).))))))))).)))))))))))...))))))).. Sit-miRN3021c 28040374 28040394 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miRN3021c* 28040303 28040323 ATGAGTCTAAGTATGCCAAAA 3 Sit-MIRN3021d PmiREN018763 MIRN3021 Setaria italica Sit-scaffold_3 43711385 43711517 - GTTCCAAATTGTAGGTCGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTCACTATGTATCTAGACATAGGGTATATCTAGATGAATAGCAAAAGTTATGAACCTTGATATGCCAAAACGACCTACAATTTGGGACGG (((((((((((((((((((((((((((.((.((.(((((((((((..((((.((((((((.(((...))).)))))))).))))..))))))))))).)).)).))))))))))))))))))))))))))).. 43711405 43711497 TTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTCACTATGTATCTAGACATAGGGTATATCTAGATGAATAGCAAAAGTTATGAACCTTGATATGCCAAAA (((((((.((.((.(((((((((((..((((.((((((((.(((...))).)))))))).))))..))))))))))).)).)).))))))).. Sit-miRN3021d 43711477 43711497 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miRN3021d* 43711405 43711425 ATGAACCTTGATATGCCAAAA 3 Sit-MIRN3021e PmiREN018774 MIRN3021 Setaria italica Sit-scaffold_5 32666934 32667057 - GTTCCAAATTGTAGGTCGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGATTTTGCTATGCACCTAGATATATAGGTGGATAGTAAAATCTATGAATCTAGAAATGCCAAAACGACCTACAATTTGGGACGG (((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((......)))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).. 32666954 32667037 TTGGCATTTCTAGATTCATAGATTTTGCTATGCACCTAGATATATAGGTGGATAGTAAAATCTATGAATCTAGAAATGCCAAAA (((((((((((((((((((((((((((((((.((((((......)))))).))))))))))))))))))))))))))))))).. Sit-miRN3021e 32667017 32667037 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miRN3021e* 32666954 32666974 ATGAATCTAGAAATGCCAAAA 3 Sit-MIRN3021f PmiREN018783 MIRN3021 Setaria italica Sit-scaffold_6 4803153 4803285 - ATCCCAAACTGTATGTTGTTTTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTTACTATGTATCTAAACATGGTGTATATCTAGATTAATAGCAAAAGCTATGAACCTAGAAATGTGAAAACGACCTAACTTGGGACGGAG ..............((((((((.((((((((((.((((((((((((.((((..(((((...(((.....))).)))))..)))).)))))))))))).)))))))))).))))))))................ 4803173 4803265 TTGGCATTTCTAGATTCATAGTTTTTACTATGTATCTAAACATGGTGTATATCTAGATTAATAGCAAAAGCTATGAACCTAGAAATGTGAAAA ((.((((((((((.((((((((((((.((((..(((((...(((.....))).)))))..)))).)))))))))))).)))))))))).)).. Sit-miRN3021f 4803245 4803265 TTGGCATTTCTAGATTCATAG Sit-miRN3021f* 4803173 4803193 ATGAACCTAGAAATGTGAAAA 3 Sit-MIRN3022a PmiREN018745 MIRN3022 Setaria italica Sit-scaffold_1 3479347 3479465 + TAGTTACTCTCTCCACTCTTAAATATATGATGTTTAGGACAAGCAAATTGGTTCATTTTAAATGAACTATTTTGCTTGTCCTAAATGTCATATGTTTAAAGACGGAAGTAGTAAGTGCT ((.(((((...(((..(((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((...))))))))).))))))))))))))))))))))))))).)))).))))))))))...... 3479367 3479445 AAATATATGATGTTTAGGACAAGCAAATTGGTTCATTTTAAATGAACTATTTTGCTTGTCCTAAATGTCATATGTTTAA (((((((((((((((((((((((((((.(((((((((...))))))))).))))))))))))))))))))))))))).. Sit-miRN3022a 3479425 3479445 TCCTAAATGTCATATGTTTAA Sit-miRN3022a* 3479367 3479387 AAATATATGATGTTTAGGACA 3 Sit-MIRN3022b PmiREN018789 MIRN3022 Setaria italica Sit-scaffold_9 53228838 53228951 + AAACAAATGGTTACTAATCCCTCCATATGACATTTAGGACAAAGTAGAAATCATTTTTTAACTAATTAGCTTGTCCTAAATGTCATATGTTTAAAAATGGAGGGAGTACAAAGT ........((........))...(((((((((((((((((((((((((((....))))).))).......)))))))))))))))))))......................... 53228858 53228931 CTCCATATGACATTTAGGACAAAGTAGAAATCATTTTTTAACTAATTAGCTTGTCCTAAATGTCATATGTTTAA ...(((((((((((((((((((((((((((....))))).))).......)))))))))))))))))))..... Sit-miRN3022b 53228911 53228931 TCCTAAATGTCATATGTTTAA Sit-miRN3022b* 53228858 53228878 CTCCATATGACATTTAGGACA 3 Sit-MIRN3023a PmiREN018748 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_1 1695558 1695720 - TGATTTACTCCCTCCGTCCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGGTGCATAGTTTTTGCTATACACCTAAATATAGTGTACGTCTAGATGCATACAAACATCTATGAACCTAGAAAAGCCAAAACGACCTACAATTTGAAACAGAGGGAGTATGTGTTA ((((.(((((((((.((..((((((((((.((((((((((.((((((((((((.......)))..(((((.........)))))..((((((((........)))))).))))))))))).)))))))))).))))))))))..)).)))))))))...)))) 1695578 1695700 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGGTGCATAGTTTTTGCTATACACCTAAATATAGTGTACGTCTAGATGCATACAAACATCTATGAACCTAGAAAAGCCAAAACGACCTACAATTTGA (((((((((.((((((((((.((((((((((((.......)))..(((((.........)))))..((((((((........)))))).))))))))))).)))))))))).))))))))).. Sit-miRN3023a 1695680 1695700 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023a* 1695578 1695598 CCAAAACGACCTACAATTTGA 3 Sit-MIRN3023b PmiREN018750 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_1 6752030 6752192 + ATCATATACCCCTCCGTCCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATATCTAGATTCATAGGTTTTGCTATGTATCTAGATATAGTGTATATCTAGACGAATAGTAAAAGCTATGAACCTAGAAATGCTAAAACGACCTACAATTTGGGACGGAGAGAGTATTAGTAA .....(((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.(((((.(((((((.(((((((((...((((((((((...))))))))))...))))))))).))))))).))))).)))))))))))).)))))))))))))))))).).))))...... 6752050 6752172 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATATCTAGATTCATAGGTTTTGCTATGTATCTAGATATAGTGTATATCTAGACGAATAGTAAAAGCTATGAACCTAGAAATGCTAAAACGACCTACAATTTGG (((((((((.((((((((((((.(((((.(((((((.(((((((((...((((((((((...))))))))))...))))))))).))))))).))))).)))))))))))).))))))))).. Sit-miRN3023b 6752050 6752070 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023b* 6752152 6752172 CTAAAACGACCTACAATTTGG 3 Sit-MIRN3023c PmiREN018756 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_2 36422669 36422831 - TCAACTACCGTCTCCGTCCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTATAGATTCATAGCTTTTACTATGTATCTAGACATAGTGTATATCCAAGTGCATAGCAAAAGTTATGAACTTAGAAATGCCAAAACGACCTACAATTTCAGACAGAGGGAGTATGTTGCT ...(((.((.(((..(((..(((((((((.((((((((((((((.(((.((((((((((((.((((((((...((.(((...))).))...)))))))).)))))))))))).))).)))))))))))))).)))))))))..)))))).)))))........ 36422689 36422811 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTATAGATTCATAGCTTTTACTATGTATCTAGACATAGTGTATATCCAAGTGCATAGCAAAAGTTATGAACTTAGAAATGCCAAAACGACCTACAATTTCA (((((((((.((((((((((((((.(((.((((((((((((.((((((((...((.(((...))).))...)))))))).)))))))))))).))).)))))))))))))).))))))))).. Sit-miRN3023c 36422791 36422811 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023c* 36422689 36422709 CCAAAACGACCTACAATTTCA 3 Sit-MIRN3023d PmiREN018757 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_2 30590062 30590224 - GATACTACGCCCTCCGTTCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGGTGCATAATATTTGCTATACACCTACCTATACTCTATATCTATATGCATAATTATATCTACGAACCTAGAAAAGTTAAAACGATCTACAATTTGGAACGGGTGGAGTACTACTCT ((((.(((.((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((....((((........))))....))))...)))))................))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).)).))).)).)). 30590082 30590204 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGGTGCATAATATTTGCTATACACCTACCTATACTCTATATCTATATGCATAATTATATCTACGAACCTAGAAAAGTTAAAACGATCTACAATTTGG ((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((....((((........))))....))))...)))))................))))))))).)))))))))))))))))))).. Sit-miRN3023d 30590184 30590204 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023d* 30590082 30590102 TTAAAACGATCTACAATTTGG 3 Sit-MIRN3023e PmiREN018764 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_3 39412425 39412588 - TAGCAATCTATCCCCCTTCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGATTCTTAGATTTGACTATGCACCTAGATATGCACTTATGTCTAGATACATAGTAAAAGTTATAAATCTAGAAATAGAAAAATGACATACAATTTGGAATGGAGGGAGTACATCTTA ..........((((((((((((((((((..(((((((...(((((((((((..(((.(((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).))).)))..)))))))))))...)))))))..)))))))))))).)).)))).......... 39412445 39412568 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGATTCTTAGATTTGACTATGCACCTAGATATGCACTTATGTCTAGATACATAGTAAAAGTTATAAATCTAGAAATAGAAAAATGACATACAATTTGG ((((((((..(((((((...(((((((((((..(((.(((.((((((...(((((((((....)))))))))...)))))).))).)))..)))))))))))...)))))))..)))))))).. Sit-miRN3023e 39412548 39412568 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023e* 39412445 39412465 GAAAAATGACATACAATTTGG 3 Sit-MIRN3023f PmiREN018766 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_4 14681972 14682134 + CTTGGTACTCCCTCCATTCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGGTTCATAATTTTTGCTATGCACCTAGATATATATTATGTCCAGATACATAGTAAAAGCTATGAATATAGAAATGCTAAAACGACCTACAATTTGGGATGGGGGAAGTAAGTAATA ((((.(..((((.((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((...((.((((((...)))))).))...))))))))))).))))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))))))).))))..... 14681992 14682114 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTCTAGGTTCATAATTTTTGCTATGCACCTAGATATATATTATGTCCAGATACATAGTAAAAGCTATGAATATAGAAATGCTAAAACGACCTACAATTTGG (((((((((.(((((((((((((((((.(((((((.(((((((((((...((.((((((...)))))).))...))))))))))).))))))).))))))))))))))))).))))))))).. Sit-miRN3023f 14681992 14682012 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023f* 14682094 14682114 CTAAAACGACCTACAATTTGG 3 Sit-MIRN3023g PmiREN018787 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_8 28618509 28618672 + CTAGCTACTTCCTCCATCCCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTTTAGATTCAAAACTTTTGCTATTCATATAGATATATATTATGTCTAAATATATAGGAAAAACTATGAATCTAGAAATATCAAAACGACCTTACATTTTAGGACTAGCTGTTATAAAAAAA ................(((.(((.(((((.(((((((((.(((((((((((((....((((.((((..((.((((((((...)))))))).))..)))).))))....))))))))))))).))))))))).).)))).))).))).................. 28618529 28618652 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTTTAGATTCAAAACTTTTGCTATTCATATAGATATATATTATGTCTAAATATATAGGAAAAACTATGAATCTAGAAATATCAAAACGACCTTACATTTTAG (((.(((((.(((((((((.(((((((((((((....((((.((((..((.((((((((...)))))))).))..)))).))))....))))))))))))).))))))))).).)))).))).. Sit-miRN3023g 28618529 28618549 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023g* 28618632 28618652 CAAAACGACCTTACATTTTAG 3 Sit-MIRN3023h PmiREN018795 MIRN3023 Setaria italica Sit-scaffold_9 7105525 7105689 - TGGACATCTATGAAAGGTGCAAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTTTCGATTCATATATTTAACTATATGCATCTAGATATAGTATATATCTAGATGAATAGCACAAGCTATGAACTAAGATATACCAAAATGACATGCAATTTGGAACGGAGGGAGTAGTTTCTG ....(((((.....)))))(((((((((..(((((((((............((((((......))))))((((((((((((...)))))))))))).(((((....))))).............)))))))))..)))))))))...((((((......)))))) 7105545 7105669 AAATTGTAGATCGTTTTGGCATTTTTCGATTCATATATTTAACTATATGCATCTAGATATAGTATATATCTAGATGAATAGCACAAGCTATGAACTAAGATATACCAAAATGACATGCAATTTGG ((((((((..(((((((((............((((((......))))))((((((((((((...)))))))))))).(((((....))))).............)))))))))..)))))))).. Sit-miRN3023h 7105649 7105669 AAATTGTAGATCGTTTTGGCA Sit-miRN3023h* 7105545 7105565 CCAAAATGACATGCAATTTGG 3 Sit-MIRN3024a PmiREN018753 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_2 11022299 11022501 - TAGGTTTGTCCCAAATCAAACTTCTCTAAGATTGACCAAGTTTATAGAAAAACACACCAACATCTACAATAATAAATTAGTTTCATTAGATCCACCTTGAAATATGTCTTGATAGTGCATTTATTTGGTATATTGCAGGTGTTAATATATTTTTATATAGACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAAGACAACTAAAAG .......(((..((.((((((((((((((..(((((((((((((((.(((((......(((((((.(((((((((((((.(.(((..((((..............))))))).).)).))))))......))))).)))))))......))))).)))))))))))))))..)))))))))))))).))..)))......... 11022319 11022481 CTTCTCTAAGATTGACCAAGTTTATAGAAAAACACACCAACATCTACAATAATAAATTAGTTTCATTAGATCCACCTTGAAATATGTCTTGATAGTGCATTTATTTGGTATATTGCAGGTGTTAATATATTTTTATATAGACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT (((((((((..(((((((((((((((.(((((......(((((((.(((((((((((((.(.(((..((((..............))))))).).)).))))))......))))).)))))))......))))).)))))))))))))))..))))))))).. 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Sit-miRN3024b 48906591 48906611 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024b* 48906530 48906550 CTTGTCTACCTTTGACTAAGT 3 Sit-MIRN3024c PmiREN018761 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_3 23194353 23194553 + TTTTGTCCTATGTCAAAAAACTTGTCTAACTATGACCAAATTTATACAAAAATATATTAACATCTACAATATCAAATAAATACATAACCAATATATATTATATGGTGTATCTAATGAAAGTAGTTTGATGTTATAAATATTTGTGTATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAGGCCAAAACTAAC (((((.((((.(((((...((((.(((((((.(((((((.((((((.((((((((((..........((((((((((...(((.........(((((((....))))))).........)))))))))))))..........)))))))))).)))))).))))))).))))))).))))))))).)))).)))))..... 23194373 23194533 CTTGTCTAACTATGACCAAATTTATACAAAAATATATTAACATCTACAATATCAAATAAATACATAACCAATATATATTATATGGTGTATCTAATGAAAGTAGTTTGATGTTATAAATATTTGTGTATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT (((.(((((((.(((((((.((((((.((((((((((..........((((((((((...(((.........(((((((....))))))).........)))))))))))))..........)))))))))).)))))).))))))).))))))).))).. Sit-miRN3024c 23194513 23194533 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024c* 23194373 23194393 CTTGTCTAACTATGACCAAAT 3 Sit-MIRN3024d PmiREN018767 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_4 20621456 20621662 + GTTTTCAGTTTTGACATAAACTACTGTAACTTCAACCAAGTTTAAGGAAAAATATATTAACATCTGCAATACTAAATAAATGCACTATCAAGACATGTCATGGTGTTCATGGTGGATTTAATGAAACTAATTTTATGCTGTAGATGTTGGTGCTTTTTTTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTTCCTTACAACAAACATTTT (((....((...((...(((((.((.((((((..((((((((((..((((((..((((((((((((((........(((((.((((((...(((((......))))).)))))).)))))((((((....))))))..))))))))))))))..)))))).))))))))))..)))))).)).)))))))...)))))......... 20621476 20621642 CTACTGTAACTTCAACCAAGTTTAAGGAAAAATATATTAACATCTGCAATACTAAATAAATGCACTATCAAGACATGTCATGGTGTTCATGGTGGATTTAATGAAACTAATTTTATGCTGTAGATGTTGGTGCTTTTTTTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT ((.((.((((((..((((((((((..((((((..((((((((((((((........(((((.((((((...(((((......))))).)))))).)))))((((((....))))))..))))))))))))))..)))))).))))))))))..)))))).)).)).. 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Sit-miRN3024e 4507542 4507562 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024e* 4507401 4507421 CTTCTCTAACTTTGACCAAGT 3 Sit-MIRN3024f PmiREN018773 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_5 33326340 33326542 - TATCTTTGTCCTAAGTCAAACTTGTCTAACATTGACCAAGTTCATAGAAAAAAAATTATTACCTTCTACAATATCAAATAAACACCCTGATAAGATATGTTTCATGATCTATCTAGTGAAACTAGTTTGATGTTGTCGATATTTGTGCATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAGACCAAAGCTAAA ((.(((((..(((((((((((((.((((((.(((((((((((.(((((((((....(((.....((.((((((((((((...(((...((((.((((((...))).)))))))..)))......)))))))))))).)).....)))..))))))))).))))))))))).)))))).)))))))))))))..))))).)).. 33326360 33326522 CTTGTCTAACATTGACCAAGTTCATAGAAAAAAAATTATTACCTTCTACAATATCAAATAAACACCCTGATAAGATATGTTTCATGATCTATCTAGTGAAACTAGTTTGATGTTGTCGATATTTGTGCATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT (((.((((((.(((((((((((.(((((((((....(((.....((.((((((((((((...(((...((((.((((((...))).)))))))..)))......)))))))))))).)).....)))..))))))))).))))))))))).)))))).))).. Sit-miRN3024f 33326360 33326380 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024f* 33326502 33326522 CTTGTCTAACATTGACCAAGT 3 Sit-MIRN3024g PmiREN018786 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_7 28506069 28506266 + TCTAGTTGTCCGAAGTCAAAATTTTCTAACTTTGAGATTTATAGAAAAATATATTAATATCCACAATATCAAATAAATGCATTATCAGGACATATTTTATGATGGTTTTAACTAAATTAATTTGGTGTTGTAGATGTTGATGTGATTTTCAATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAGCACAAAACTAAA ..(((((((.(.((((((((.((((((((((((((..(((((.(((((.((((((((((((.((((((((((((.(((........(((((.((((....)))))))))......))).)))))))))))).)))))))))))).))))).))))).....)))))))))))))).)))))))).).)))..)))).. 28506089 28506246 ATTTTCTAACTTTGAGATTTATAGAAAAATATATTAATATCCACAATATCAAATAAATGCATTATCAGGACATATTTTATGATGGTTTTAACTAAATTAATTTGGTGTTGTAGATGTTGATGTGATTTTCAATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT .((((((((((((((..(((((.(((((.((((((((((((.((((((((((((.(((........(((((.((((....)))))))))......))).)))))))))))).)))))))))))).))))).))))).....))))))))))))))... Sit-miRN3024g 28506226 28506246 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024g* 28506089 28506109 ATTTTCTAACTTTGAGATTTA 3 Sit-MIRN3024h PmiREN018790 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_9 51740499 51740698 - TAGTTTTGTTCTAAGTCAAACTTCTCTGACTTTGACCAAGTTTATAGAAAAAATATATTAACATCTACAATACCAAATAAATACACTAGCAAGAGATTTCATGATGGATTTAAAGAAGGTAATCTGATGTTATAGATGTTGATGTATTTGTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTAGGACAAAAGTAAA ((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((...................(((((..(((((...(..(........)..)...)))))..)))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).. 51740519 51740678 CTTCTCTGACTTTGACCAAGTTTATAGAAAAAATATATTAACATCTACAATACCAAATAAATACACTAGCAAGAGATTTCATGATGGATTTAAAGAAGGTAATCTGATGTTATAGATGTTGATGTATTTGTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT ((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((...................(((((..(((((...(..(........)..)...)))))..)))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).. Sit-miRN3024h 51740519 51740539 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024h* 51740658 51740678 CTTCTCTGACTTTGACCAAGT 3 Sit-MIRN3024i PmiREN018792 MIRN3024 Setaria italica Sit-scaffold_9 29771187 29771385 - AAGTTCTGCTAGAAGTCAAACTTCTCTAACTGTCACCAAGTTTATAGAGAAATGCACCAACATCAATAGTATCAAATTAGTTTTATTAAATCCATGATGAAATGTCTTGTCATTGCATTTATTTGGTATTGTTGATGTTAATATATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTATAAGAAAACTGAAA .((((.(..((..((((((((((((((((((...((((((((((((((((((((....(((((((((((((((((((..(((((((((......))))))))).................)))))))))))))))))))....))))))))))))))))))))...)))))))))))))))))).))..).)))).... 29771207 29771365 CTTCTCTAACTGTCACCAAGTTTATAGAGAAATGCACCAACATCAATAGTATCAAATTAGTTTTATTAAATCCATGATGAAATGTCTTGTCATTGCATTTATTTGGTATTGTTGATGTTAATATATTTTTCTATAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT (((((((((((...((((((((((((((((((((....(((((((((((((((((((..(((((((((......))))))))).................)))))))))))))))))))....))))))))))))))))))))...))))))))))).. 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Sit-miRN3024j 15435691 15435711 TTGGTCAAAGTTAGAGAAGTT Sit-miRN3024j* 15435553 15435573 CTTCTATACCTTTGACCAAGT 3 Sit-MIRN3025a PmiREN018754 MIRN3025 Setaria italica Sit-scaffold_2 25216418 25216597 + TTTATAGGAACTGATTCTCTAAGAGAAGTGATTCTGTGGCTAAAAGTGATTCTCTTTGGTTCTATAGCATAAACTCTTAAAATTAGGATGGAGAATCACTTCATAGAATTGGAGAAGCTATTTTTTTCCAGCTCCCAGCCTCTTGAATCACTTCTCTTAAAAAAACTGTTTGGCAGAACT ...................(((((((((((((((.(.((((..((((((((((((...((((((...................))))))))))))))))))....((.(((((((((.....))))))))).))..)))).)..)))))))))))))))..................... 25216438 25216577 AAGAGAAGTGATTCTGTGGCTAAAAGTGATTCTCTTTGGTTCTATAGCATAAACTCTTAAAATTAGGATGGAGAATCACTTCATAGAATTGGAGAAGCTATTTTTTTCCAGCTCCCAGCCTCTTGAATCACTTCTCTTAA ((((((((((((((.(.((((..((((((((((((...((((((...................))))))))))))))))))....((.(((((((((.....))))))))).))..)))).)..)))))))))))))).. 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Sit-miRN3025b 18877279 18877299 AAGAGAAGTGATTCTGTGGCT Sit-miRN3025b* 18877156 18877176 TCAGAGAATCACTTCACAGAA 3 Sit-MIRN3025c PmiREN018778 MIRN3025 Setaria italica Sit-scaffold_5 24273769 24273985 + TCTATGGGAGCTGATTCTTTAAGAGAAGTGATTCTGTGGCTGAAAGTGATTCTTTTTTATTTTCTAGCATAAATTCTTAAAATCAGGATGGAGAATCACTTCACAGAATCAAGAGAAGCTACTATTTTTAGCTCCCAAACTTTAAGTTTATTTTAGAGAATCACTTCACAGAATTAGTAGAGAATCACTTCTCTCTGGAAAACTGTTTCGCAATACT ..............((((...((((((((((((((.((.(((((((((((((..........(((((.(((((..((((((....((.(((((.....))))).............(((((.......))))).))....))))))))))).)))))))))))))).......)))))).))))))))))))))..))))................. 24273789 24273965 AAGAGAAGTGATTCTGTGGCTGAAAGTGATTCTTTTTTATTTTCTAGCATAAATTCTTAAAATCAGGATGGAGAATCACTTCACAGAATCAAGAGAAGCTACTATTTTTAGCTCCCAAACTTTAAGTTTATTTTAGAGAATCACTTCACAGAATTAGTAGAGAATCACTTCTCTCTG .((((((((((((((.((.(((((((((((((..........(((((.(((((..((((((....((.(((((.....))))).............(((((.......))))).))....))))))))))).)))))))))))))).......)))))).))))))))))))))... 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Sit-miRN3026b 35233029 35233049 ATCGGGAGACGAATCTATTAA Sit-miRN3026b* 35232937 35232957 AATAGATTCGTCTCGTGATTT 3 Sit-MIRN3026c PmiREN018794 MIRN3026 Setaria italica Sit-scaffold_9 6676676 6676828 + ATTACACAGATGGAGGCTAATTCGGAAGATGAATCTATTAAGCCTAATTAATCTATGATTAGCATATGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAAATCATGGACTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTACGAATTAATCTTCATATGTGCAATTG (((.((((.(((((((.(((((((..((((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((.(((((......))))).....)))...))))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))).))))))).)))).))).. 6676696 6676808 TTCGGAAGATGAATCTATTAAGCCTAATTAATCTATGATTAGCATATGTTTACTGTAGCATCACATTGTCAAAATCATGGACTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTACGAATT ((((..((((((((((((((((((((((((.(((((((((.(((.(((((......))))).....)))...))))))))).)))))))))))))))))))))))).)))).. 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Sit-miRN3027c 39041958 39041978 ACGAGACGAATCTGTTAAGCC Sit-miRN3027c* 39042044 39042064 TTTAATAGATTCGTCTCGTAA 3 Sit-MIRN3027d PmiREN018798 MIRN3027 Setaria italica Sit-scaffold_9 13781133 13781279 + GCACAGATGGAGTGTAATTCACGAGACGAATCTGTTAAGCCTAATTAGTCCATGATTTGACAATGTGGGGCTACAGTAACCATTTGCTAATGATGGATTAATTAGGCTTAATAGATTCATCTCGCAAATTAGCATAGGGTTCTGCAA ...........((((((((..(((((.((((((((((((((((((((((((((.(((.(.(((.((((.((....))..)))))))).))).)))))))))))))))))))))))))).)))))..)))).))))............ 13781153 13781259 ACGAGACGAATCTGTTAAGCCTAATTAGTCCATGATTTGACAATGTGGGGCTACAGTAACCATTTGCTAATGATGGATTAATTAGGCTTAATAGATTCATCTCGCAA .(((((.((((((((((((((((((((((((((.(((.(.(((.((((.((....))..)))))))).))).)))))))))))))))))))))))))).)))))... 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