miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Ppe-MIR156a PmiREN017727 MIR156 Prunus persica Ppe-Pp07 18998120 18998246 - AGGTTTGTAAAGAAAGAAGGTGACAGAAGAAAGAGAGCACACATGGTTCTTTTCTTGCATGAACCGTCATGTTGGAAGCTATATGTGCTCTCTCTCTATCTGTCACCCTATCTCTCTCTTTCTCAAC ......((..(((((((.((((((((((((.((((((((((.(((((....((((.((((((....)))))).))))))))).)))))))))).))).))))))))).........)))))))..)) 18998140 18998226 TGACAGAAGAAAGAGAGCACACATGGTTCTTTTCTTGCATGAACCGTCATGTTGGAAGCTATATGTGCTCTCTCTCTATCTGTCACC ((((((((((.((((((((((.(((((....((((.((((((....)))))).))))))))).)))))))))).))).))))))).. 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Ppe-miR172b 24261287 24261307 AGAATCTTGATGATGCTGCAT Ppe-miR172b* 24261199 24261219 GCAGCATCACCAAGATTCACA 3 Ppe-MIR172c PmiREN017777 MIR172 Prunus persica Ppe-Pp06 4926822 4927025 - GTGAGTCGGTATTCGCAGGTGCGGCATCATCAAGATTCACATACTTTAGTGAGGGGTCTACCTTTATCGATCGAGTTAATTGGTACTACTAACACCACCAATTGATTTTTGTACTCGAACTTCCTTTAGTACTCGAAAGGTAGTTCCTTTGAACTTTGAAGTGGGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCAAGTACATGACTATTT ...((((((((((.((.(((((((((((((((((((((.(.(((((((((((((((.(((((((..((((..((((((((((((............))))))))))))..(((((.((......)).)))))))))))))))).)))))))....)))))))))))))))))))))))))))))).)).))))).))))).... 4926842 4927005 GCGGCATCATCAAGATTCACATACTTTAGTGAGGGGTCTACCTTTATCGATCGAGTTAATTGGTACTACTAACACCACCAATTGATTTTTGTACTCGAACTTCCTTTAGTACTCGAAAGGTAGTTCCTTTGAACTTTGAAGTGGGAATCTTGATGATGCTGCAT ((((((((((((((((((.(.(((((((((((((((.(((((((..((((..((((((((((((............))))))))))))..(((((.((......)).)))))))))))))))).)))))))....))))))))))))))))))))))))))).. 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Ppe-miR1511b 9435222 9435244 ACCTGGCTCTGATACCATAAC Ppe-miR1511b* 9435160 9435180 CGTGGTATCAGAGTCATGTTA 3 Ppe-MIR2111a PmiREN017779 MIR2111 Prunus persica Ppe-Pp04 5127324 5127435 - GATATTGGGTAAGGATTGGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAAATCAACTTTATATATATTTGTTGTATCTAGCCCTCGGGGGCCAGATTACCTCATCCTCACAACCAATGTG .(((((((((.(((((.((((((((((..((((((((.(((.((((((.............)))).)).))).))))))))..)))))))))).))))).))..))))))). 5127344 5127415 TAATCTGCATCCTGAGGTTTAAATCAACTTTATATATATTTGTTGTATCTAGCCCTCGGGGGCCAGATTACC (((((((..((((((((.(((.((((((.............)))).)).))).))))))))..))))))).. Ppe-miR2111a 5127395 5127415 TAATCTGCATCCTGAGGTTTA Ppe-miR2111a* 5127344 5127364 GCCCTCGGGGGCCAGATTACC 3 Ppe-MIR2111b PmiREN017780 MIR2111 Prunus persica Ppe-Pp04 5129184 5129290 + CGTATTGGGTAAGGATCGGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCAGCTTTGTTTTGTTGTTTCTAGCCCTCGGGGTGCAGATTACCTCGTCCTCACTGCCAATGCA .(((((((((.(((((.((((((((((((((((((((.(((((.((((........))))..))))).)))))))))))))))))))).))))).))..))))))). 5129204 5129270 TAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCAGCTTTGTTTTGTTGTTTCTAGCCCTCGGGGTGCAGATTACC (((((((((((((((((.(((((.((((........))))..))))).))))))))))))))))).. Ppe-miR2111b 5129204 5129224 TAATCTGCATCCTGAGGTTTA Ppe-miR2111b* 5129250 5129270 GCCCTCGGGGTGCAGATTACC 3 Ppe-MIR2111c PmiREN017781 MIR2111 Prunus persica Ppe-Pp04 5127086 5127199 - CATATTGGGTAATCATCGGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCAACTTCATTATAATAATTGTTGTATCTAGCCCTTGGGATGCAGATTACCTAATCCTCACTGCCAATTAA .................((((((((((((((((((((.((((((((((...............)))).)))))).))))))))))))))))))))................... 5127106 5127179 TAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCAACTTCATTATAATAATTGTTGTATCTAGCCCTTGGGATGCAGATTACC (((((((((((((((((.((((((((((...............)))).)))))).))))))))))))))))).. Ppe-miR2111c 5127159 5127179 TAATCTGCATCCTGAGGTTTA Ppe-miR2111c* 5127106 5127126 GCCCTTGGGATGCAGATTACC 3 Ppe-MIR2111d PmiREN017782 MIR2111 Prunus persica Ppe-Pp06 25321060 25321168 - GATTTTGGGTTAGGATCGGGTAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCAGCACATATACTTGTTGTATCTGGTCCTTGGGGTGCGGATTACCTCGTCCTCACCGCCAATGCA .......(((.(((((.((((((((((((((((((((.(((((((((((........))))).)))))).)))))))))))))))))))).))))).)))((....)). 25321080 25321148 TAATCTGCATCCTGAGGTTTAGATCAGCACATATACTTGTTGTATCTGGTCCTTGGGGTGCGGATTACC (((((((((((((((((.(((((((((((........))))).)))))).))))))))))))))))).. Ppe-miR2111d 25321128 25321148 TAATCTGCATCCTGAGGTTTA Ppe-miR2111d* 25321080 25321100 GTCCTTGGGGTGCGGATTACC 3 Ppe-MIR2118 PmiREN017783 MIR2118 Prunus persica Ppe-Pp01 30618574 30618690 + AAGAGGTTGAGGAAGTTTTGGGATTGGGTGGGTTTGGTAAGAAAACTTGATCATATATCTCAATGAACTCGTTTCCTACCGATTCCACCCATTCCGATGATTTCCTTGGTCTCCTCC ..(((((((((((((((.(.(((.((((((((.((((((.((((....(.((((........)))).)...)))).)))))).)))))))).))).).))))))))))))))).... 30618594 30618670 GGATTGGGTGGGTTTGGTAAGAAAACTTGATCATATATCTCAATGAACTCGTTTCCTACCGATTCCACCCATTCCGA (((.((((((((.((((((.((((....(.((((........)))).)...)))).)))))).)))))))).))).. Ppe-miR2118 30618649 30618670 CTACCGATTCCACCCATTCCGA Ppe-miR2118* 30618594 30618614 GGATTGGGTGGGTTTGGTAAG 3 Ppe-MIR2275a PmiREN017784 MIR2275 Prunus persica Ppe-Pp03 25091406 25091528 + CTGTTTAAAAGTCGTATGTGAGAATTGGAGGGGACTAAACAAATTACAACCTCTCTACCTCGATGAGAAACTCCTAATTTGTTTAGTTTCCTCCAATATCTCATCTCCGACATCTAAACTAAA ..(((((...((((...(((((((((((((((((((((((((((((.....((((.........))))......))))))))))))))))))))))).))))))...))))...))))).... 25091426 25091508 AGAATTGGAGGGGACTAAACAAATTACAACCTCTCTACCTCGATGAGAAACTCCTAATTTGTTTAGTTTCCTCCAATATCTCA ((((((((((((((((((((((((((.....((((.........))))......))))))))))))))))))))))).))).. Ppe-miR2275a 25091487 25091508 TTTAGTTTCCTCCAATATCTCA Ppe-miR2275a* 25091426 25091446 AGAATTGGAGGGGACTAAACA 3 Ppe-MIR2275b PmiREN017785 MIR2275 Prunus persica Ppe-Pp03 14007754 14007869 + TAAAGGAGAAGCTGTATGTGAGAGTTGGAGGAAATTAATCCTCAGCTGCTATAATTAATTCTGCAACATTGGGGTTTAATTTCCTCCAATATCTCACCTCCAGCTATTCCCCCAAA ....((((.(((((...(((((((((((((((((((((.((((((.(((.............)))...)))))).))))))))))))))).))))))...))))).))))...... 14007774 14007849 AGAGTTGGAGGAAATTAATCCTCAGCTGCTATAATTAATTCTGCAACATTGGGGTTTAATTTCCTCCAATATCTCA ((((((((((((((((((.((((((.(((.............)))...)))))).))))))))))))))).))).. Ppe-miR2275b 14007829 14007849 TTAATTTCCTCCAATATCTCA Ppe-miR2275b* 14007774 14007794 AGAGTTGGAGGAAATTAATCC 3 Ppe-MIR2275c PmiREN017786 MIR2275 Prunus persica Ppe-Pp03 25091549 25091669 + CCATTTAAAAGTCGTAAGTGAGAGTCGGAGGAAACTAAACAAATTAACCTCTCAATCTCAATGAGAAATTCTTAATTTGTTTAATTTCCTCCAATATCTCATTTCCGACATCTAAACTGAA ..........((((.((((((((...((((((((.((((((((((((..(((((.......))))).....)))))))))))).))))))))....)))))))).))))............ 25091569 25091649 AGAGTCGGAGGAAACTAAACAAATTAACCTCTCAATCTCAATGAGAAATTCTTAATTTGTTTAATTTCCTCCAATATCTCA (((...((((((((.((((((((((((..(((((.......))))).....)))))))))))).))))))))....))).. Ppe-miR2275c 25091629 25091649 TTAATTTCCTCCAATATCTCA Ppe-miR2275c* 25091569 25091589 AGAGTCGGAGGAAACTAAACA 3 Ppe-MIR3627 PmiREN017791 MIR3627 Prunus persica Ppe-Pp03 25329220 25329328 - AAAAGTTGAGGGATTTATGTTCGCAGGAGAGATGGCACTGTCTGTGGTGCAACTAGCTACCAGCAGATGGTGTCATCCCTCCTGTGACCAGAAAACCCTATAACTTGTA ..((((((((((.(((.((.(((((((((.((((((((((((((((((((.....)).)))).)))))))))))))).))))))))).)).))).)))).))))))... 25329240 25329308 TCGCAGGAGAGATGGCACTGTCTGTGGTGCAACTAGCTACCAGCAGATGGTGTCATCCCTCCTGTGACC (((((((((.((((((((((((((((((((.....)).)))).)))))))))))))).))))))))).. 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Ppe-miR5225 25326856 25326877 TTCTGTCGTAGGAGAGATGGCG Ppe-miR5225* 25326764 25326784 TCATCTCTCCTCGACTGAAGC 3 Ppe-MIR6260 PmiREN024520 MIR6260 Prunus persica Ppe-Pp01 41542951 41543070 + TTCTCACTTAAACTCCCATTCTCCTCACTCTGTCTGAAAAGTTAATTCAGAGCATGGGGTAACTTTTCCGATGGAGTGAGAGAATGGGAGGTCAAGTATTTT .....((((...(((((((((((.((((((((((.(((((((((.((((.....)))).))))))))).)))))))))))))))))))))...))))..... 41542972 41543051 CTCCCATTCTCCTCACTCTGTCTGAAAAGTTAATTCAGAGCATGGGGTAACTTTTCCGATGGAGTGAGAGAATGGGAGGT (((((((((((.((((((((((.(((((((((.((((.....)))).))))))))).))))))))))))))))))))).. Ppe-miR6260 41543031 41543053 TGGAGTGAGAGAATGGGAGGT Ppe-miR6260* 41542971 41542991 CTCCCATTCTCCTCACTCTGT 2 Ppe-MIR6262 PmiREN024521 MIR6262 Prunus persica Ppe-Pp01 24878863 24879066 - CACAATAATGTCTTTAGAAAGTTAGAATTGTGATAATTTTGTTGAGCATACATAACCTGCCGTTATTTTACTTTATTTCCTAAACATTTCGGACCAAGGTACAAGTATTCATCATGCAAACAAAACAGAATTGCAGCTCAACAAAATAATCACAATTCTAACTTTCTAAAGACATTCTCGTTTGAA ..(((.((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((.......((((.(((..((((((..........)))).))..)))....))))..............(((((...........))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).....))).. 24878881 24879044 TCTTTAGAAAGTTAGAATTGTGATAATTTTGTTGAGCATACATAACCTGCCGTTATTTTACTTTATTTCCTAAACATTTCGGACCAAGGTACAAGTATTCATCATGCAAACAAAACAGAATTGCAGCTCAACAAAATAATCACAATTCTAACTTTCTAAAGACA ((((((((((((((((((((((((.((((((((((((.......((((.(((..((((((..........)))).))..)))....))))..............(((((...........))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))) Ppe-miR6262 24879024 24879046 TCTTTAGAAAGTTAGAATTGT Ppe-miR6262* 24878883 24878903 AATTCTAACTTTCTAAAGACA 2 Ppe-MIR6266 PmiREN017849 MIR6266 Prunus persica Ppe-Pp04 3510188 3510437 - ATTTTGTTAACTTTTCTGTTAAATGCAGGGACAAAATGATCTTTTTGTATCAAAATTGATTAAAATATGAGTAAAATTTTTTAAAATAAAATTAAACTCTCTTCCCCCCCCAAATTTTTTTTTTTGGGTTGGTTTTTTATTTGATTTGATTTTATTGTTATTTTAAAGATATGATTTTTTATTTATTTTTTTATTTTTATCTAAAAATACCATTTTGCCCCTGCATTTAACAGAAAAAGTTAACTAAA .....(((((((((((((((((((((((((.((((((((((..(((......)))..)))(((((((..(((((((((.....((((((((.............((..((((((........))))))..))..)))))))).....)))))))))..)))))))((((.((((........)))).))))(((((((....))))))).))))))).))))))))))))))).)))))))))).... . 3510208 3510417 AAATGCAGGGACAAAATGATCTTTTTGTATCAAAATTGATTAAAATATGAGTAAAATTTTTTAAAATAAAATTAAACTCTCTTCCCCCCCCAAATTTTTTTTTTTGGGTTGGTTTTTTATTTGATTTGATTTTATTGTTATTTTAAAGATATGATTTTTTATTTATTTTTTTATTTTTATCTAAAAATACCATTTTGCCCCTGCATTTAA ((((((((((.((((((((((..(((......)))..)))(((((((..(((((((((.....((((((((.............((..((((((........))))))..))..)))))))).....)))))))))..)))))))((((.((((........)))).))))(((((((....))))))).))))))).)))))))))).. 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Ppe-miR6274 3795380 3795400 ATTTCGACTAATAACACAATG Ppe-miR6274* 3795330 3795350 TGTGTTATTGGCCGAAAATAG 3 Ppe-MIR6280 PmiREN024522 MIR6280 Prunus persica Ppe-Pp07 9285595 9285781 - ATTTTTGGTATTGGCAGTAAGATTTTTGGTGGAAAAAATACTTAACAACGAGATCACTGATTGGTCTTCAACTGATGCAGTAATCCTATTGAACTACTTTGCTATTGCGGTAACTATAATTGTTGTTGCAGTTCCCGAAGGATTACCATTGGCAGTGCCGCTGAG ......(((((((.((((..(((((((.(.(((......(((((((((((((((.((((((..((.....))..)).)))).))).........((((..((....)))))).......))))))))).))))))).)))))))...)))).)))))))...... 9285613 9285759 TTGGCAGTAAGATTTTTGGTGGAAAAAATACTTAACAACGAGATCACTGATTGGTCTTCAACTGATGCAGTAATCCTATTGAACTACTTTGCTATTGCGGTAACTATAATTGTTGTTGCAGTTCCCGAAGGATTACCATTGGCAGTG (((.((((..(((((((.(.(((......(((((((((((((((.((((((..((.....))..)).)))).))).........((((..((....)))))).......))))))))).))))))).)))))))...)))).))))) Ppe-miR6280 9285739 9285761 TTGGCAGTAAGATTTTTGGTG Ppe-miR6280* 9285615 9285635 GAAGGATTACCATTGGCAGTG 2 Ppe-MIR6281 PmiREN024523 MIR6281 Prunus persica Ppe-Pp08 277594 277766 + AAGGAGGTCGAGTGTTAGAGATAGAGAGAGTGAGTGAGAGACTAACAGTCGATATAGAGTGATGGCGGTGGTGTGAGGCGTAGAACTAAGAGAGTGATGGCGGTGGTGCGAGACTGTCAGTCTCTCATTCACTCTCTCTGTCTCTGATGCTCAATCTCTT .(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((..(((...((.((.((..((((............)))).....)).)).))....)))...)))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))) 277615 277747 TAGAGATAGAGAGAGTGAGTGAGAGACTAACAGTCGATATAGAGTGATGGCGGTGGTGTGAGGCGTAGAACTAAGAGAGTGATGGCGGTGGTGCGAGACTGTCAGTCTCTCATTCACTCTCTCTGTCTCTGAT ((((((((((((((((((((((((((((.((((((..(((...((.((.((..((((............)))).....)).)).))....)))...)))))).)))))))))))))))))))))))))))))) 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Ppe-miR6288b 7137476 7137496 TTGTTATTTTTTAATTGATTC Ppe-miR6288b* 7137521 7137541 ATCAATTAGAAAATGATAAGT 3 Ppe-MIR6289 PmiREN024525 MIR6289 Prunus persica Ppe-Pp03 4938136 4938258 - ACTGACTTAGTGGGTCTAACCACTCAAAGGAAGTCATTTGTTAGAAAGAAGTGAAGTTCTTCATTTGAATGGCTTCCTTTGAATGGTTAGGCTCACCACATCAGC .((((....(((((((((((((.((((((((((((((((.........(((((((....))))))))))))))))))))))).)))))))))))))....)))). 4938154 4938236 GGTCTAACCACTCAAAGGAAGTCATTTGTTAGAAAGAAGTGAAGTTCTTCATTTGAATGGCTTCCTTTGAATGGTTAGGCTCA ((((((((((.((((((((((((((((.........(((((((....))))))))))))))))))))))).)))))))))))) Ppe-miR6289 4938216 4938238 GGTCTAACCACTCAAAGGAAG Ppe-miR6289* 4938156 4938176 TCCTTTGAATGGTTAGGCTCA 2 Ppe-MIR6291a PmiREN017853 MIR6291 Prunus persica Ppe-Pp03 15760606 15760766 + TTTTATGGAAAATGCTAGGCTTACCACATTTTTATACCATATTGTGTACGACCTCTCTAATAGAGGTGGGCCCCATTGTATTGTTGGGCTCCACCTCTATTAGAGAGGTGGTACACAATGTGGTATAAAAATGTGGTCATCCTAGCATTACCCATAATTTA ...(((((..(((((((((...(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))...)))))))))..)))))..... 15760626 15760746 TTACCACATTTTTATACCATATTGTGTACGACCTCTCTAATAGAGGTGGGCCCCATTGTATTGTTGGGCTCCACCTCTATTAGAGAGGTGGTACACAATGTGGTATAAAAATGTGGTCATC ..(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((......)).)))).))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).... Ppe-miR6291a 15760626 15760645 TTACCACATTTTTATACCAT Ppe-miR6291a* 15760726 15760746 TGGTATAAAAATGTGGTCATC 3 Ppe-MIR6291b PmiREN024526 MIR6291 Prunus persica Ppe-Pp07 5852736 5852908 + AAATGCTACGCTTACCACATTTTTATACCATACCACCTTTTTATACCATACCACCTCTTTAATAAAGATGATCCTATTTTATTGGTGGGCTCTATCTCTATCAGAAATGTAGTATATAATGTGGTATAAAAATGTGGTAAACCTAACATTA .((((.((.(.(((((((((((((((((((((......((.(((((..(((....(((...(((.((((((.((((((.....)))))).)).)))).))).)))...)))))))).))))))))))))))))))))))).).)).)))). 5852757 5852889 CTTACCACATTTTTATACCATACCACCTTTTTATACCATACCACCTCTTTAATAAAGATGATCCTATTTTATTGGTGGGCTCTATCTCTATCAGAAATGTAGTATATAATGTGGTATAAAAATGTGGTAAACC .(((((((((((((((((((((......((.(((((..(((....(((...(((.((((((.((((((.....)))))).)).)))).))).)))...)))))))).))))))))))))))))))))))).). 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Ppe-miR8126 8375086 8375106 CTATTCAGTATTTTGACTCAG Ppe-miR8126* 8375029 8375049 GAGTCAGATTACTGAATATCA 3 Ppe-MIR8127 PmiREN017862 MIR8127 Prunus persica Ppe-Pp02 22082010 22082161 + CCAGAAGGTGCTGAGGCAACTGTGGACATACCCTTTGAAAAAATGGACATATAGTCTCCAACCCATTTCCTGCTTTAGCAAATCACATGCAGCCTTCAAGTTGTCAATTTTTTCAAAGGGTACATCCACAGTTGCCTTGAAACCTTCTAGCA (.(((((((..(((((((((((((((..((((((((((((((((((((.....)))).((((.......((((...............)))).......))))...))))))))))))))))..)))))))))))))))..))))))).).. 22082030 22082141 TGTGGACATACCCTTTGAAAAAATGGACATATAGTCTCCAACCCATTTCCTGCTTTAGCAAATCACATGCAGCCTTCAAGTTGTCAATTTTTTCAAAGGGTACATCCACAGT ((((((..((((((((((((((((((((.....)))).((((.......((((...............)))).......))))...))))))))))))))))..)))))).. 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