miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Ppa-MIR156a PmiREN017083 MIR156 Physcomitrella patens Ppa-Chr22 4117123 4117241 + GGCGGTGGAGGATGTGGGAGTGACAGAAGAGAGTGAGCACAGCTGAGCATGTACATGAGGAAGTACTTGCCCATGTGTGCTCACTCTCTTCCTGTCGCACCTCTCCTTTGACGCTCGGA ((((..((((((.(.((..((((((((((((((((((((((..((.(((.((((........)))).))).))..))))))))))))))).))))))).)).)))))))..)))).... 4117143 4117221 TGACAGAAGAGAGTGAGCACAGCTGAGCATGTACATGAGGAAGTACTTGCCCATGTGTGCTCACTCTCTTCCTGTCGCA (((((((((((((((((((((..((.(((.((((........)))).))).))..))))))))))))))).)))))).. 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Ppa-miR171b 5847816 5847836 TGAGCCGCGCCAATATCACAT Ppa-miR171b* 5847952 5847972 CATGTGTTGGTGTGGCATCAA 3 Ppa-MIR319a PmiREN017123 MIR319 Physcomitrella patens Ppa-Chr18 5641278 5641480 + TGCGGATACCTTGATTGTGGAGCTCCGTTTCGGTCCAATAGTGGCTGCGACGGAAGGTGGTCCCGCTGCCGAATCACACGTCCGGGTTGCTTATCGGGGCAGGGCCCCGATACGGTATCCGAACGTTTGTCCCGGGAACTGGTCGACCTTCCGCCCGGCGTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCCACTCTTGGCGTCTCTGGCAT ...((((.((..((..((((((((((.(((((((((((.((..((((.(.((((((((.(.((.(.(.(((...((.((((.(((((.((((((((((((...))))))))).)))))))).)))).))...))).).).)).).))))))))).))))..)).)))))))))))))))))))))))..)).))))....... 5641298 5641460 AGCTCCGTTTCGGTCCAATAGTGGCTGCGACGGAAGGTGGTCCCGCTGCCGAATCACACGTCCGGGTTGCTTATCGGGGCAGGGCCCCGATACGGTATCCGAACGTTTGTCCCGGGAACTGGTCGACCTTCCGCCCGGCGTCTCTTGGACTGAAGGGAGCTCC ((((((.(((((((((((.((..((((.(.((((((((.(.((.(.(.(((...((.((((.(((((.((((((((((((...))))))))).)))))))).)))).))...))).).).)).).))))))))).))))..)).))))))))))))))))).. 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Ppa-miR1025 4841598 4841618 TGCCACAACAAAGCTAATAAC Ppa-miR1025* 4841472 4841492 TTTTAGTTTTGTTGTGGGCTG 3 Ppa-MIR1026a PmiREN016975 MIR1026 Physcomitrella patens Ppa-Chr22 2828965 2829120 + CTTGAGACACTCTCTAGGTCTGAGAAAGACTTGAGAGGACACTCCTACAATAGCCTCGGGAACTGCATGACGTTTTTCATTAGATGAGGTGGTTCCCTGAGCATTTGCAGGACAGTTCTTTCAAGCCTTCCTCGGACTTTGGATTGTTTGTTCCAT ...............(((((((((.(((.(((((((((((..((((.(((..((.(((((((((((....(((((......)))))..))))))))).))))..))).))))..))))))))))).))).)))))))))((((........)))). 2828985 2829100 TGAGAAAGACTTGAGAGGACACTCCTACAATAGCCTCGGGAACTGCATGACGTTTTTCATTAGATGAGGTGGTTCCCTGAGCATTTGCAGGACAGTTCTTTCAAGCCTTCCTCGGA ((((.(((.(((((((((((..((((.(((..((.(((((((((((....(((((......)))))..))))))))).))))..))).))))..))))))))))).))).)))).. Ppa-miR1026a 2828985 2829005 TGAGAAAGACTTGAGAGGACA Ppa-miR1026a* 2829080 2829100 TTCTTTCAAGCCTTCCTCGGA 3 Ppa-MIR1026b PmiREN016976 MIR1026 Physcomitrella patens Ppa-Chr19 4620204 4620340 + AATTGAGACTCTCTGAACTCTGAGAAAGACTTGAGAGGACACTCCTGCAACAACTGTGGCAATTCCATGCAGTTATAGCAGCATCTGCAGCGGCGGTTCTCTCTAGTCTTTCTTGGACTTTGGATGGCTTCTTCTGC ...........((((((.(((((((((((((.((((((((.((.(((((....((((...((((......))))...))))....))))).))..)))))))).))))))))))))).))))))............. 4620224 4620320 TGAGAAAGACTTGAGAGGACACTCCTGCAACAACTGTGGCAATTCCATGCAGTTATAGCAGCATCTGCAGCGGCGGTTCTCTCTAGTCTTTCTTGGA (((((((((((.((((((((.((.(((((....((((...((((......))))...))))....))))).))..)))))))).))))))))))).. Ppa-miR1026b 4620224 4620244 TGAGAAAGACTTGAGAGGACA Ppa-miR1026b* 4620300 4620320 TTCTCTCTAGTCTTTCTTGGA 3 Ppa-MIR1028a PmiREN016979 MIR1028 Physcomitrella patens Ppa-Chr21 9417257 9417480 - ACCTTCACATCTGTTCCAGCTCTTAGATCTACAATGTCACATGAACACATACTTGGTAACGAATCTGGCAGTAAGACTTCATTTATATGGGTCCATTCCGCTCCAAGCTTTCACATCTGTGACAGATTTAGCAATATAGTGAAAATCTGACCGTTGGTGATGCAACTGAAGCAAGTTTTCACGTGACATTGTAGATCTACGTGCCGGATTAGTGGTGAAAGCCT ...(((((..(((.(((.((.(.(((((((((((((((((.((((.....(((((.(........(((.(((..((((.(((....)))))))......)))))).((..((((...((.(.(((((((.((......))..))))))).)))...)))).))......).))))).)))).))))))))))))))))).).)).))).)))..)))))..... 9417277 9417460 TCTTAGATCTACAATGTCACATGAACACATACTTGGTAACGAATCTGGCAGTAAGACTTCATTTATATGGGTCCATTCCGCTCCAAGCTTTCACATCTGTGACAGATTTAGCAATATAGTGAAAATCTGACCGTTGGTGATGCAACTGAAGCAAGTTTTCACGTGACATTGTAGATCTACGTGC .(.(((((((((((((((((.((((.....(((((.(........(((.(((..((((.(((....)))))))......)))))).((..((((...((.(.(((((((.((......))..))))))).)))...)))).))......).))))).)))).))))))))))))))))).).)) 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Ppa-miR1033c 3957460 3957480 TGACGGGTCGTGATGGGCACT Ppa-miR1033c* 3957437 3957457 CAATGTCCACTTCATGATAAT 3 Ppa-MIR1033d PmiREN016997 MIR1033 Physcomitrella patens Ppa-Chr13 10349522 10349617 - GCTGGCAGTCGCATTGGGAATGTCCATGACGATCTGTCAACATTTCAGGTTATGTTGACGGGTCGTGATGGGCACTCTCACTGTCTCATGCTGATG ...(((((..(((.(((((.(((((((.(((((((((((((((........))))))))))))))).))))))).))))).)))..).)))).... 10349542 10349597 TGTCCATGACGATCTGTCAACATTTCAGGTTATGTTGACGGGTCGTGATGGGCACT (((((((.(((((((((((((((........))))))))))))))).))))))).. 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Ppa-miR1033e 3570308 3570328 TGACGGGTCGTGATGGGCACT Ppa-miR1033e* 3570273 3570293 TGTCCAGCACAACCTGTCAAC 3 Ppa-MIR1034a PmiREN016999 MIR1034 Physcomitrella patens Ppa-Chr17 6851475 6851596 + CATAACCTCATTCTTGCAAGCACTACGCTGCCAAAGTCATGACTGTCTTCCTTGCAGAAGCGACTGCAATGTCGATATTCATTACTTTGGCAGCGCTGTGCTTGCCGAATTAAGCCTTTGAG .........((((..((((((((..((((((((((((.((((.((((..(.((((((......)))))).)..)))).)))).))))))))))))..)))))))).))))............ 6851495 6851576 CACTACGCTGCCAAAGTCATGACTGTCTTCCTTGCAGAAGCGACTGCAATGTCGATATTCATTACTTTGGCAGCGCTGTGCT (((..((((((((((((.((((.((((..(.((((((......)))))).)..)))).)))).))))))))))))..))).. 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Ppa-miR1073 9265691 9265711 TGGGCGTTAATACATTTCATA Ppa-miR1073* 9265574 9265594 TGAATGATATTAACGTCCACG 3 Ppa-MIR1074 PmiREN017042 MIR1074 Physcomitrella patens Ppa-Chr17 8240348 8240462 + GTTTTGCTGGATTTGTGGTCAGGGTTGTTAGTTGTGTTGATGGGTTAATTTCATAACTAACAACATCAACCCATCAACACAACGAACAACCCTGACCACAAATCCAACAATTTTT .......((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.....................)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))......... 8240368 8240442 AGGGTTGTTAGTTGTGTTGATGGGTTAATTTCATAACTAACAACATCAACCCATCAACACAACGAACAACCCTGA (((((((((.((((((((((((((((.....................)))))))))))))))).))))))))).. 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Ppa-miRN2631 244247 244267 TTTCACATCGAACGAGTGTCT Ppa-miRN2631* 244200 244220 CCACTCGTTCATTGTGAAACT 3 Ppa-MIRN2632 PmiREN017211 MIRN2632 Physcomitrella patens Ppa-Chr08 14855492 14855602 + ATTATTATTCATAATAGTTATTCATTTATTATTTATTAATTAATTAATTAAAAAAATATTTAATAAAAATATTTAATAAAAAATATGGATAAATAATGAATAAAAAGTAAA ....((((((((.....(((((((..((((.((((((((.((....((((((......)))))).....)).)))))))).)))))))))))...))))))))........ 14855512 14855582 TTCATTTATTATTTATTAATTAATTAATTAAAAAAATATTTAATAAAAATATTTAATAAAAAATATGGATA ((((..((((.((((((((.((....((((((......)))))).....)).)))))))).)))))))).. 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Ppa-miRN2633 9897331 9897351 CAGATTTACACATATGGCTGG Ppa-miRN2633* 9897288 9897308 AGCCATATGTGTAAATCTGTG 3 Ppa-MIRN2634 PmiREN017215 MIRN2634 Physcomitrella patens Ppa-Chr06 1961777 1961879 - AATATGCCTTCCGCACGTCTTCGCCGACTAGAATTTTATCTACTAATTGCTCCAATTAGTAGATAAAATTCTAGTCGGCGAAGACGTGCGGACCGGAAAAGCA ......((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))....... 1961797 1961859 TCGCCGACTAGAATTTTATCTACTAATTGCTCCAATTAGTAGATAAAATTCTAGTCGGCGAAG (((((((((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))))))))).. Ppa-miRN2634 1961839 1961859 TCGCCGACTAGAATTTTATCT Ppa-miRN2634* 1961797 1961817 ATAAAATTCTAGTCGGCGAAG 3 Ppa-MIRN2635 PmiREN017216 MIRN2635 Physcomitrella patens Ppa-Chr22 944826 945059 + AGTTTGACCTTACTGGTGGATATGCAGTCATTGGTTGCGGCACCGAAGTTGGGTGGAGGTAGGGTGTTCTCAAAATGGCCTGCGATTGATTCTGGACGCGATAGATCCATGGCCACAACGGCTCTTGTGAGATTGTTTCTGTCTCGATACCGTGATTGTATATCGATTAGTTTGTTTCTATGCGTTTCGGAGACGCGACCAATGATTACGTTTCCACCGCTAAGCACATGAATC ..............((((((.(((.((((((((((((((...(((((..((.(((((((((((.((((.....)))).))))).......((.(((((.((..(((((((((((.....))))...))).))))..)).))))).)).....((((((.....))))))......)))))).)).)))))...)))))))))))))).))).))))))((...))......... 944846 945039 TATGCAGTCATTGGTTGCGGCACCGAAGTTGGGTGGAGGTAGGGTGTTCTCAAAATGGCCTGCGATTGATTCTGGACGCGATAGATCCATGGCCACAACGGCTCTTGTGAGATTGTTTCTGTCTCGATACCGTGATTGTATATCGATTAGTTTGTTTCTATGCGTTTCGGAGACGCGACCAATGATTACGTTTC .(((.((((((((((((((...(((((..((.(((((((((((.((((.....)))).))))).......((.(((((.((..(((((((((((.....))))...))).))))..)).))))).)).....((((((.....))))))......)))))).)).)))))...)))))))))))))).)))... 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