miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Pha-MIR156a PmiREN016181 MIR156 Panicum hallii Pha-Chr01 48458560 48458687 - GCGGCGCGCGCGGGCGGTGATGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCCGGGCGGAACGGCACGGGCGGATGTGCCGTCGCGGCCGCGTGCTCACTGCTCTATCTGTCATCCTCCACTCTCCCCCCGGCCG ..................((((((((((((((((((((((.((((((.(....((((((((......))))))))).)))))).))))))))).)))).))))))))).................... 48458580 48458667 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCCGGGCGGAACGGCACGGGCGGATGTGCCGTCGCGGCCGCGTGCTCACTGCTCTATCTGTCATC ((((((((((((((((((((.((((((.(....((((((((......))))))))).)))))).))))))))).)))).))))))).. 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Pha-miR171d 55210983 55211003 TGATTGAGCCGTGCCAATATC Pha-miR171d* 55211070 55211090 TGTTGGCTCGGCTCACTCAGA 3 Pha-MIR171e PmiREN016233 MIR171 Panicum hallii Pha-Chr09 5581552 5581787 - GATGCTCCCGTCCTTTGATCTGATTGAGCCGTGCCAATATCACAAACTTCCCAAGCCTATAGTTACGCGTGCTACTCCTACTTTCTCAAGGTATGAAAAAATTTGCACAAAATTTGTCATCCTATACGCCTTGAAATTTAAGTTTTGGTGTTGCATCAAGTCCTTTGTACAGCAAGGAGACTAGGAGAGAGAGAGATTGTTGCTGGCATTATCAGGTCAACTTTACAAGTATAGCT ((((....))))..((((((((((...((((.((.((((((.....(((.((..((.((....)).))((((.((.((.((((..(((((((((((..((((((.....)))))).)))).......))))))).....))))...)).)).))))..((((((((((...)))))).)))).)).))).....)).))))))))))...))))))))))................ 5581572 5581767 TGATTGAGCCGTGCCAATATCACAAACTTCCCAAGCCTATAGTTACGCGTGCTACTCCTACTTTCTCAAGGTATGAAAAAATTTGCACAAAATTTGTCATCCTATACGCCTTGAAATTTAAGTTTTGGTGTTGCATCAAGTCCTTTGTACAGCAAGGAGACTAGGAGAGAGAGAGATTGTTGCTGGCATTATCAGG ((((...((((.((.((((((.....(((.((..((.((....)).))((((.((.((.((((..(((((((((((..((((((.....)))))).)))).......))))))).....))))...)).)).))))..((((((((((...)))))).)))).)).))).....)).))))))))))...)))).. 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Pha-miR171f 51128122 51128142 TGAGCCGAACCAATATCACTC Pha-miR171f* 51128058 51128078 GTGATGTTGTTTCGGCTCATG 3 Pha-MIR171g PmiREN016235 MIR171 Panicum hallii Pha-Chr07 37753942 37754050 + GAGGAAGAAGACGACATGGCGTGGTATTGTTCCGGCTCATGTCCTTCAGTCTGTTGGCGGATTCGATGTGAGCCGAACCAATATCACTCATGTATTCTTCATTCAGGGA ..(((.(((((..((((((.(((((((((...(((((((((((..((.(((....))).))...)))))))))))...)))))))))))))))..))))).)))..... 37753962 37754030 GTGGTATTGTTCCGGCTCATGTCCTTCAGTCTGTTGGCGGATTCGATGTGAGCCGAACCAATATCACTC (((((((((...(((((((((((..((.(((....))).))...)))))))))))...))))))))).. 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Pha-miR399c 38071362 38071382 TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG Pha-miR399c* 38071294 38071314 GGGCTTCTCTTTCTTGGCAGG 3 Pha-MIR408 PmiREN016261 MIR408 Panicum hallii Pha-Chr05 48045472 48045704 - GAGGTGGTTTGGATTGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAAAAAAACCCCGTTTCTTCCACTGCGAAAACATGTCTGTTCGCTTGCCTGCGAGATAGGGAAGGGAGTTGTGAGAGGTTCTTCATCAGGCACAGAAAATGGTTGAGAGCTCCGCTGGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCATCATAGCCGCCCAT ..(((((((..(((.((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((......((((((.((((((((.(.((((.((((....))))...))))..).).)).))))).))).)))(((.(((.(((((.((((...........)))).)))))))))))...)))))..))))).)))).))).))))))).)))))).))))..)))..)))))))... 48045492 48045684 CAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAAAAAAACCCCGTTTCTTCCACTGCGAAAACATGTCTGTTCGCTTGCCTGCGAGATAGGGAAGGGAGTTGTGAGAGGTTCTTCATCAGGCACAGAAAATGGTTGAGAGCTCCGCTGGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGC ((((((.(((((((.(((.((((.(((((...(((((......((((((.((((((((.(.((((.((((....))))...))))..).).)).))))).))).)))(((.(((.(((((.((((...........)))).)))))))))))...)))))..))))).)))).))).))))))).)))))).. 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Pha-miR529b 25666966 25666986 AGAAGAGAGAGAGTACAGCCT Pha-miR529b* 25666883 25666903 GCTGTACCCTCTCTCTTCTTC 3 Pha-MIR535 PmiREN016265 MIR535 Panicum hallii Pha-Chr08 26382677 26382802 + AGTTTGGTGCTGACCGGCGGTGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGTGCGGCCGTCACGGAGATGTGGCCCGTGGCGGCGTACTTGCGTGCTCCCTCCCGTTGTCACTGTCCCACACTACCATATACT .....(((....)))(((((((((((((.(((.((((((((.((((((.(((((((((.(......)))))))))))))))).)))))))).))).)))))))))))))................. 26382697 26382782 TGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGTGCGGCCGTCACGGAGATGTGGCCCGTGGCGGCGTACTTGCGTGCTCCCTCCCGTTGTCACT ((((((((.(((.((((((((.((((((.(((((((((.(......)))))))))))))))).)))))))).))).)))))))).. 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Pha-miR1432 53415389 53415409 CCGGTGTCATTTCCCCTGAAC Pha-miR1432* 53415459 53415479 TCAGGAGAGATGACACCGACG 3 Pha-MIR3979 PmiREN016256 MIR3979 Panicum hallii Pha-Chr08 36025681 36025816 + AATTGGCATGGCTCTCTTGGTCCCTCTCTCCCTTGAAGGCTCTCTCTGGTAAATCTGGTTGGCTTCCCGGCACATATCCAGTACCTTCTTGAGAAAGCCTTCGGGGAGGAGGGAGCCCAAGCAAGCCACAGTGCCT ...............(((((((((((.((((((.(((((((.((((.((.....((((.(((((....))).))...))))......)).)))).)))))))))))))))))))..)))))............... 36025701 36025796 TCCCTCTCTCCCTTGAAGGCTCTCTCTGGTAAATCTGGTTGGCTTCCCGGCACATATCCAGTACCTTCTTGAGAAAGCCTTCGGGGAGGAGGGAGC ((((((.((((((.(((((((.((((.((.....((((.(((((....))).))...))))......)).)))).))))))))))))))))))).. Pha-miR3979 36025701 36025721 TCCCTCTCTCCCTTGAAGGCT Pha-miR3979* 36025776 36025796 AGCCTTCGGGGAGGAGGGAGC 3 Pha-MIRN2516 PmiREN016267 MIRN2516 Panicum hallii Pha-Chr09 13918115 13918323 + CTCCATTCCAACTGTGCATTTAAACTTCTCTAACTTTGACCAAGTTTATATAACAATGCACCATCATCTGTAACATCATACTAGTTTCCTTAAATCCACTATGAAATATGTCCTGATAGTGCATTTATTTGGTATTGTAGTTCTGGATATATTTTCCTACAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGACTTACGACAAAACTAAAATGA ...................((((((((((((((((((((((((((((.........((((........)))).........((((............)))).(((((((((((.((.(.((((............)))).))).))))))))))).....))))))))))))))))))))))))))))..................... 13918135 13918303 TAAACTTCTCTAACTTTGACCAAGTTTATATAACAATGCACCATCATCTGTAACATCATACTAGTTTCCTTAAATCCACTATGAAATATGTCCTGATAGTGCATTTATTTGGTATTGTAGTTCTGGATATATTTTCCTACAAACTTGGTCAAAGTTAGAGAAGTTTGAC (((((((((((((((((((((((((((.........((((........)))).........((((............)))).(((((((((((.((.(.((((............)))).))).))))))))))).....))))))))))))))))))))))))))).. 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Pha-miRN2521 18478559 18478579 AGTAGAGCACTTTTGAACAAG Pha-miRN2521* 18478413 18478433 TTGTTCAAAAGTGCTCTAGTC 3