miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Oni-MIR156a PmiREN013704 MIR156 Oryza nivara Oni-2 4701363 4701490 - ACGGAGAAGCTCTCATGAGATTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGTGATGGCCGGCATAAAATCTATCCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCCTCTTTCTCTCAGGGCTCAAC .....(.((((((...((((.((((((((((((((((((((...((((((.((.(((.(((.....))).))).))))).)))))))))))).))).)))))))).......))))..))))))...) 4701383 4701470 TTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGTGATGGCCGGCATAAAATCTATCCCGTCCTCGCCGCGTGCTCACTCCTCTTTCTGTCACCC .((((((((((((((((((((...((((((.((.(((.(((.....))).))).))))).)))))))))))).))).))))))))... Oni-miR156a 4701450 4701470 TTGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156a* 4701383 4701403 TCACTCCTCTTTCTGTCACCC 3 Oni-MIR156b PmiREN013705 MIR156 Oryza nivara Oni-6 26055851 26055980 + GCATATGAAAGGCGAGATTGTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGCGGCGGCTAGCCATCGGCGGGATGCCTGCCCCCGCCGCGTGCTCGCTCCTCTTTCTGTCAGCATCTCTCATCACTCCCTCCCG .............(((((.((((((((((((((((((((((.(((((.((.(((.((.((((.....)))).)))))))))))).))))))))).))).)))))))))))))))................ 26055871 26055960 TTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCGCGGCGGCTAGCCATCGGCGGGATGCCTGCCCCCGCCGCGTGCTCGCTCCTCTTTCTGTCAGCA (((((((((((((((((((((.(((((.((.(((.((.((((.....)))).)))))))))))).))))))))).))).))))))))).. Oni-miR156b 26055871 26055891 TTGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156b* 26055940 26055960 TCGCTCCTCTTTCTGTCAGCA 3 Oni-MIR156c PmiREN013706 MIR156 Oryza nivara Oni-6 26687584 26687677 + GTCAAACCCCTTGAACTAGCTGACAGAAGAGAGAGAGCACGCTGAACATCTAGTGCTCCATCTAGTTTTGAAGCAGTTTCAGATGCATCTGCAC .............((((.(((..(((((.(((..((((((............))))))..)))..))))).)))))))................ 26687604 26687657 TGACAGAAGAGAGAGAGCACGCTGAACATCTAGTGCTCCATCTAGTTTTGAAGC (..(((((.(((..((((((............))))))..)))..))))).).. Oni-miR156c 26687604 26687623 TGACAGAAGAGAGAGAGCAC Oni-miR156c* 26687637 26687657 TGCTCCATCTAGTTTTGAAGC 3 Oni-MIR156d PmiREN013707 MIR156 Oryza nivara Oni-8 19212924 19213149 + TTGGTTTTGGGTGGTGGCAGTTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGCCAGACTGCATCGATCTATCAATCTTCCCTTCGACAGGATAGCTAGATAGAAAGAAAGAGAGGCCGTCGGCGGCCATGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGAAATGATGATGATGATACAGCTGCCGCTGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGCTCTCCCTGCAGCATGCACGCT ..................(((((((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((((..(((.((..((((.(((((...((.....)).................(((((....)))))...)))).).))))..)).)))..))))..((.((....)).)).)))))))))))).)))))))).)))).)))))))))))........(((......))) 19212944 19213129 TTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGCCAGACTGCATCGATCTATCAATCTTCCCTTCGACAGGATAGCTAGATAGAAAGAAAGAGAGGCCGTCGGCGGCCATGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATGAAATGATGATGATGATACAGCTGCCGCTGCGTGCTCACTTCTCTTTCTGTCAGCT (((((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((((..(((.((..((((.(((((...((.....)).................(((((....)))))...)))).).))))..)).)))..))))..((.((....)).)).)))))))))))).)))))))).)))).))))))))).. 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Oni-miR156g 4571703 4571722 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156g* 4571775 4571795 CTCACTTCTCTCTCTGTCAGC 3 Oni-MIR156h PmiREN013711 MIR156 Oryza nivara Oni-1 4572075 4572202 + CTCTATGGGTTTTGGAGGTCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACACGGTGCTTTCTTAGCATGCAAGAGCCATGCTGGGAGCTGTGCGTGCTCACTCTCTATCTGTCAGCCGTTCACCATGCCCAATATG (....(((((..((((((.(((((((((((((((((((((.((((((....(((((((((((....).)))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))).))))....)))))....) 4572095 4572182 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACACGGTGCTTTCTTAGCATGCAAGAGCCATGCTGGGAGCTGTGCGTGCTCACTCTCTATCTGTCAGC ((((((((((((((((((((.((((((....(((((((((((....).)))))))))))))))).))))))))))))).))))))).. Oni-miR156h 4572095 4572114 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156h* 4572162 4572182 GCTCACTCTCTATCTGTCAGC 3 Oni-MIR156i PmiREN013712 MIR156 Oryza nivara Oni-2 23925885 23926012 - CCGGTGCGGGCGCTGGGCGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCCGGGCGGAACGGCACCGGCGGATGTGCCGTCGCGGCCGCGTGCTCACTGCTCTGTCTGTCATCCACTCCTCTCCCACCCCCCT ..................((((((((((((((((((((((.((((((.(....(((((((........)))))))).)))))).))))))))).)))).))))))))).................... 23925905 23925992 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCCGGGCGGAACGGCACCGGCGGATGTGCCGTCGCGGCCGCGTGCTCACTGCTCTGTCTGTCATC ((((((((((((((((((((.((((((.(....(((((((........)))))))).)))))).))))))))).)))).))))))).. Oni-miR156i 23925973 23925992 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156i* 23925905 23925925 CTCACTGCTCTGTCTGTCATC 3 Oni-MIR156j PmiREN013713 MIR156 Oryza nivara Oni-4 17829241 17829368 - GGCGGGCCGGTGGCGCGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCCGGGCGTGACGGCACCGGCGGGCGTGCCGTCGCGGCCGCGTGCTCACTGCTCTTTCTGTCATCCGGTGCCGGCCGTTTTCTCC .......(((((((((..((((((((((((((((((((((.(((((....(((((((((((.....).))))))))))))))).))))))))).))).))))))))))..))))).))))........ 17829261 17829348 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACGGCCGGGCGTGACGGCACCGGCGGGCGTGCCGTCGCGGCCGCGTGCTCACTGCTCTTTCTGTCATC ((((((((((((((((((((.(((((....(((((((((((.....).))))))))))))))).))))))))).))).)))))))).. Oni-miR156j 17829329 17829348 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156j* 17829261 17829281 CTCACTGCTCTTTCTGTCATC 3 Oni-MIR156k PmiREN013714 MIR156 Oryza nivara Oni-9 12076378 12076531 + TGGCGGTGGCCGCGGCTGGCTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGGCAGACTGCATCTGAAATAAACTGGTGACGACGAAGAAGACGACGGACGCAGCTTGCCGTTGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGCTCTCTCTGATCTCTCTCGCC .................(((((((((((((((((((((((.((((((..((.((((.((((.......((.((....))..)).......)))).))))))..)))))).)))))))).))))).))))))))))................... 12076398 12076511 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACAGCGGGCAGACTGCATCTGAAATAAACTGGTGACGACGAAGAAGACGACGGACGCAGCTTGCCGTTGCGTGCTCACTTCTCTCTCTGTCAGC ((((((((((((((((((((.((((((..((.((((.((((.......((.((....))..)).......)))).))))))..)))))).)))))))).))))).))))))).. Oni-miR156k 12076398 12076417 TGACAGAAGAGAGTGAGCAC Oni-miR156k* 12076491 12076511 CTCACTTCTCTCTCTGTCAGC 3 Oni-MIR159a PmiREN013715 MIR159 Oryza nivara Oni-1 1114809 1115014 + TGCGTTTTGGTTATGAAGTGGAGCTCCTTTCGTTCCAATGAAAGGTTTATCTGAAGGGTGATACAGCTGCTTGTTCATGGTTCCCACTATTCTATCTCATAGGAAAAGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCAAGGAGCCGAATCAACTCCTTGCTGACCACTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTGCATCTTGATCCCATATAGTA ........(((((.((.(((((((((((((((.(((((.((..((((......(((((((((.(.(((.((((.(((((....((((...((((((((.........))))))))...))))....))))).)))).))).).))).)).))))...))))..)).))))).))))))))))))))).)).))))).......... 1114829 1114994 GAGCTCCTTTCGTTCCAATGAAAGGTTTATCTGAAGGGTGATACAGCTGCTTGTTCATGGTTCCCACTATTCTATCTCATAGGAAAAGAGATAGGCTTGTGGTTTGCATGACCAAGGAGCCGAATCAACTCCTTGCTGACCACTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTG ((((((((((((.(((((.((..((((......(((((((((.(.(((.((((.(((((....((((...((((((((.........))))))))...))))....))))).)))).))).).))).)).))))...))))..)).))))).)))))))))))).. Oni-miR159a 1114974 1114994 TTTGGATTGAAGGGAGCTCTG Oni-miR159a* 1114829 1114849 GAGCTCCTTTCGTTCCAATGA 3 Oni-MIR159b PmiREN013716 MIR159 Oryza nivara Oni-1 7653386 7653589 + GGGAGAAGAAGAAGAAGACGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGAGGAAGTGGTAGGATGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTGCAGTGCATGTCGTAGGCTTGCACTTGCATGGGTTTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATTGTCTTCCTCTTATGCTTGGATTGAAGGGAGCTCTACACCTCTCTCTCTCTCTCT .(((((((((((((..(..((((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((...((.((.((((.(((((.(.((((.(((((((((.(((...))).))))).)))).)))).).))))).)))).)).))...))))))....))))))))).)).))))))))))))))))))..)..)).))).))).))))) 7653406 7653569 AGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGAGGAAGTGGTAGGATGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTGCAGTGCATGTCGTAGGCTTGCACTTGCATGGGTTTGCATGACCCGGGAGATGAACCCACCATTGTCTTCCTCTTATGCTTGGATTGAAGGGAGCTCT (((((((((((((((((..((.(((((((((((((.((...((.((.((((.(((((.(.((((.(((((((((.(((...))).))))).)))).)))).).))))).)))).)).))...))))))....))))))))).)).))))))))))))))))).. Oni-miR159b 7653550 7653569 CTTGGATTGAAGGGAGCTCT Oni-miR159b* 7653406 7653426 AGCTCCCTTCGATCCAATCCA 3 Oni-MIR160a PmiREN013717 MIR160 Oryza nivara Oni-10 13493262 13493433 + GAGGGGAAAAAAAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAAACTCAGTTGAAACAACTGCCTTCTCCCGGCGAGATTCAGGCATTGTGTTCGTACGTTTGGCTCTACTGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATGACCGTCTCTCTCTGTCTCTA .............((((((((((.(((((((.(((((((((.((((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((.....))))...))))))))).)))).))))))))).)))).)))).))))))))).))))))).)))))........)))))....... 13493282 13493413 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCGCGTAGCTGCCAAACTCAGTTGAAACAACTGCCTTCTCCCGGCGAGATTCAGGCATTGTGTTCGTACGTTTGGCTCTACTGCGGATGGCGTGCGAGGAGCCAAGCATG (((.(((((((.(((((((((.((((((((..(((((((...((((((((((.(((((((((.....))))...))))))))).)))).))))))))).)))).)))).))))))))).))))))).))).. Oni-miR160a 13493282 13493302 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA Oni-miR160a* 13493393 13493413 GCGTGCGAGGAGCCAAGCATG 3 Oni-MIR160b PmiREN013718 MIR160 Oryza nivara Oni-2 30763571 30763694 + TTTTGATCGGCTTGAGAGCGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCATGTAGCCCAATCCATGGTGTGTTTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCGTGCCATGATCTCTCTTTC .................((((((.(((((((.((((((((((((((..(((...(((((.........)))))))))))))))))))))).))))))).))))))................... 30763591 30763674 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCACTCATGTAGCCCAATCCATGGTGTGTTTGGATGCTGTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATG (((.(((((((.((((((((((((((..(((...(((((.........)))))))))))))))))))))).))))))).))).. Oni-miR160b 30763591 30763611 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCA Oni-miR160b* 30763654 30763674 GCGTGCAAGGAGCCAAGCATG 3 Oni-MIR160c PmiREN013719 MIR160 Oryza nivara Oni-2 3297972 3298095 - TTCAGAAGCTGTGTAGTGTGTGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGACCAACCCATGGTGTCTGGTTGCCTACTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATGCATGCCTGCCTGCATATGGT ...............((((((((.(((((((.((((((((((.(..((((..(((((..........))))).))))..))))))))))).))))))).))))))))....(((.......))) 3297992 3298075 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCACACATGTAGACCAACCCATGGTGTCTGGTTGCCTACTGGGTGGCGTGCAAGGAGCCAAGCATG (((.(((((((.((((((((((.(..((((..(((((..........))))).))))..))))))))))).))))))).))).. 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Oni-miR160e 22123338 22123358 TGCCTGGCTCCCTGAATGCCA Oni-miR160e* 22123399 22123419 GCATTGAGGGAGTCATGCAGG 3 Oni-MIR160f PmiREN013722 MIR160 Oryza nivara Oni-7 950168 950303 - TGATGAAAAGGTAGGGGATATGCCTGGCTCCCTGTATGCCGCTCGCATGGCTGCCAACCCAATGAACTCGATCTCGTTGTTGGCCGCTGCGTACGGCGTGCGAGGTGCCAAGCATGGCCCTCTTCCCTTCTCTCTT .((.((.((((.(((((.(((((.((((.((.(((((((((..((((..((.((((((..(((((........))))))))))).))))))..))))))))).)).)))).)))))..)))))..)))).)))).. 950188 950283 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCGCTCGCATGGCTGCCAACCCAATGAACTCGATCTCGTTGTTGGCCGCTGCGTACGGCGTGCGAGGTGCCAAGCATG (((.((((.((.(((((((((..((((..((.((((((..(((((........))))))))))).))))))..))))))))).)).)))).))).. Oni-miR160f 950263 950283 TGCCTGGCTCCCTGTATGCCG Oni-miR160f* 950188 950208 GCGTGCGAGGTGCCAAGCATG 3 Oni-MIR162a PmiREN013723 MIR162 Oryza nivara Oni-2 23501513 23501705 + GGGGGTTGGTGGTGATGCCTGGGCGCAGTGGTTTATCGATCCCTTCCCTGCCTTGTGGCGCTGATCCAGGAGCGGCGAATTTCTTTGAGAGGGTGTTCTTTTTTTTTCTTCCTTTTGGTCCTTGTTGCAGCCAACGACAACGCGGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTTCTCGCCTTTTTGTGTTCA ..........(((((...(((((.((((.((((((((((((..(((((.((.((((.(.((((..(((((((.((.(((.......(((((....))))).....))).))))))))).........))))...).)))).)))))))..)))))))))))).)))).)))))...)))))............ 23501533 23501685 GGGCGCAGTGGTTTATCGATCCCTTCCCTGCCTTGTGGCGCTGATCCAGGAGCGGCGAATTTCTTTGAGAGGGTGTTCTTTTTTTTTCTTCCTTTTGGTCCTTGTTGCAGCCAACGACAACGCGGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAG (((.((((.((((((((((((..(((((.((.((((.(.((((..(((((((.((.(((.......(((((....))))).....))).))))))))).........))))...).)))).)))))))..)))))))))))).)))).))).. Oni-miR162a 23501665 23501685 TCGATAAACCTCTGCATCCAG Oni-miR162a* 23501533 23501553 GGGCGCAGTGGTTTATCGATC 3 Oni-MIR162b PmiREN013724 MIR162 Oryza nivara Oni-4 16944573 16944724 + GATTTGTTTGGGTGATACCTGGGCGCAGTGGTTTATCGATCTCTTCCCTGCCTTGTGCTGCTCCGATCGATGCCCGTGCTGATTCTTGATAATATACAACGCAGGAATTGATCGATAAGCCTCTGCATCCAGATCTCACTTTTTGTTTATGC (((......((((((...(((((.((((.((((((((((((..((((.(((.(((((....((.(((((..((....)))))))...)).....))))).)))))))..)))))))))))).)))).)))))...))))))...)))..... 16944593 16944704 GGGCGCAGTGGTTTATCGATCTCTTCCCTGCCTTGTGCTGCTCCGATCGATGCCCGTGCTGATTCTTGATAATATACAACGCAGGAATTGATCGATAAGCCTCTGCATCCAG (((.((((.((((((((((((..((((.(((.(((((....((.(((((..((....)))))))...)).....))))).)))))))..)))))))))))).)))).))).. Oni-miR162b 16944684 16944704 TCGATAAGCCTCTGCATCCAG Oni-miR162b* 16944593 16944613 GGGCGCAGTGGTTTATCGATC 3 Oni-MIR164a PmiREN013725 MIR164 Oryza nivara Oni-5 13859192 13859326 - TAGACGGTGGCCGTGCACGGTGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACCATCCACTCGCCTGCCGGCCGCCGGCCGCCATTGCCATGGATGGTTCTTCATGTGCCCGTCTTCTCCACCGAGCACTAACTGTCTCGATC .(((((((....((((.(((((((((((..(((((((((....((((((((...((.((.(((((...))))).))..))..))))))))....)))))))))..))))))))))).))))..)))))))..... 13859212 13859306 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCATTACCATCCACTCGCCTGCCGGCCGCCGGCCGCCATTGCCATGGATGGTTCTTCATGTGCCCGTCTTCTCCACC ((((((((..(((((((((....((((((((...((.((.(((((...))))).))..))..))))))))....)))))))))..)))))))).. 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Oni-miR164c 21290785 21290805 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Oni-miR164c* 21290920 21290940 CATGTGCCCTTCTTCTCCACC 3 Oni-MIR166a PmiREN013728 MIR166 Oryza nivara Oni-10 3145150 3145254 - ATGATCCATGGCTGTTGAGAGGAATGACGTCCGGTCTGAAGATCGCCGTCCCCAGGCGGTGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCCATGACTCATGGAACCCACAC ....(((((((..((((.(.(((((((.(((.(((((((((.((((((((....))))))))))))))))).))).))))))).).)))))))))))........ 3145170 3145234 GGAATGACGTCCGGTCTGAAGATCGCCGTCCCCAGGCGGTGGCTTCGGACCAGGCTTCATTCCCC (((((((.(((.(((((((((.((((((((....))))))))))))))))).))).))))))).. 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Oni-miR166b 17710079 17710099 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Oni-miR166b* 17709991 17710011 GGAATGTTGTCTGGTTCAAGG 3 Oni-MIR166c PmiREN013730 MIR166 Oryza nivara Oni-1 12586831 12586967 - TTGGCCATGGTGGCTTGTGGGGAATGTTGGCTGGCTCGAGGCATCCACATCTTAATTCCTCTCCGGCGATCGAGCCGGCTCGGGCGTGTGGAGGCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTCGCAAGCCGATGCATCCATGG ....((((((((((((((((((((((..(.((((.((((.((.(((((((......(((...(((((......)))))...))).))))))).)).)))).)))).)..))))))))))))))))......)))))) 12586851 12586947 GGAATGTTGGCTGGCTCGAGGCATCCACATCTTAATTCCTCTCCGGCGATCGAGCCGGCTCGGGCGTGTGGAGGCGTCGGACCAGGCTTCATTCCTC ((((((..(.((((.((((.((.(((((((......(((...(((((......)))))...))).))))))).)).)))).)))).)..)))))).. 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Oni-miR166g 3439919 3439939 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Oni-miR166g* 3439840 3439860 GGAATGTTGTCTGGTCCGAGA 3 Oni-MIR166h PmiREN013735 MIR166 Oryza nivara Oni-5 16483144 16483274 + GAAGCTTTTTCACTTTGAGGGGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTGCATGGAGAAACCTCTGATCGATCAGGTTTGATCTGTAGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCCTCAAGTAAAGCTCCCATATT (.((((((...((((.((((((((((..((((((.(((((((.((.((((....))))((((((......)))))).........))))))))).))))))..)))))))))))))))))))).)...... 16483164 16483254 GGAATGTTGTCTGGCTCGAGGTGCATGGAGAAACCTCTGATCGATCAGGTTTGATCTGTAGAGACTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCC ((((((..((((((.(((((((.((.((((....))))((((((......)))))).........))))))))).))))))..)))))).. 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Oni-miR166i 28111654 28111674 TCGGACCAGGCTTCATTCCCC Oni-miR166i* 28111801 28111821 GGAATGTTGTCTGGCTCGGGG 3 Oni-MIR166j PmiREN013737 MIR166 Oryza nivara Oni-9 14598158 14598292 + AGGCTGAAGTTAGGTTAAGGGGATTGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCCACATTGTGCAAAATGTTCATTCATGGAGGCACAGGATGCTTGGTGATCTCGGACCAGGCTTCAATCCCTTTAACCAGCATCTGCACAAT ..((.((.(((.((((((((((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((...(((......)))....)))))..)))..))).))))).)))))))))..))))))))))))))))).)).))..... 14598178 14598272 GGATTGTTGTCTGGTTCAAGGTCTCCACATTGTGCAAAATGTTCATTCATGGAGGCACAGGATGCTTGGTGATCTCGGACCAGGCTTCAATCCCT ((((((..(((((((((.(((((.(((((((((((...(((......)))....)))))..)))..))).))))).)))))))))..)))))).. Oni-miR166j 14598252 14598272 TCGGACCAGGCTTCAATCCCT Oni-miR166j* 14598178 14598198 GGATTGTTGTCTGGTTCAAGG 3 Oni-MIR166k PmiREN013738 MIR166 Oryza nivara Oni-3 24426095 24426253 + TGAGAGAGATAGGTGTTTGGAATGCAGTTTGATCCAAGATCTGCCTATATATTTGGTGTGTATATCATATCTTGTGATATGGGGGATATGCAATAAGTGTGTGACAGGGGTAGGTAGATCTCGGATCAGGCTTCATTCCTCACACCAATACTCTCTGTT ...(((((((.(((((..((((((.((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((.(((((((....)))))))...))))))).))))))).........)))))))))))).)))))))))).))))))..))))).)).))))).... 24426115 24426233 AATGCAGTTTGATCCAAGATCTGCCTATATATTTGGTGTGTATATCATATCTTGTGATATGGGGGATATGCAATAAGTGTGTGACAGGGGTAGGTAGATCTCGGATCAGGCTTCATTCC ((((.((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((.(((((((....)))))))...))))))).))))))).........)))))))))))).)))))))))).)))).. 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Oni-miR167e 3630484 3630504 AGATCATGTTGCAGCTTCACT Oni-miR167e* 3630505 3630525 TGATTGGAATTTGGCTCCATC 3 Oni-MIR167f PmiREN013744 MIR167 Oryza nivara Oni-3 32482583 32482751 + GAACTGTCCAAGGGAACGAGTGAAGCTGCCAGCATGATCTAGCTCTGAATGATCAACAAGATGTGCTCCCACACTGCCTTCCTGTGGATCTTGAGCTGTTGCTAGTCTTGTGGTCATGCCTTGCTAGGTCATGCTGCGGCAGCCTCACTTCTTCCCATTGTTGGGCACA ....((((((((((((.((((((.(((((((((((((((((((.....(((((((.((((((..(((((((((.........))))).....))))........))))))))))))).....)))))))))))))..)))))).)))))).)))))....))))))).. 32482603 32482731 TGAAGCTGCCAGCATGATCTAGCTCTGAATGATCAACAAGATGTGCTCCCACACTGCCTTCCTGTGGATCTTGAGCTGTTGCTAGTCTTGTGGTCATGCCTTGCTAGGTCATGCTGCGGCAGCCTCACT (((.(((((((((((((((((((.....(((((((.((((((..(((((((((.........))))).....))))........))))))))))))).....)))))))))))))..)))))).))).. Oni-miR167f 32482603 32482623 TGAAGCTGCCAGCATGATCTA Oni-miR167f* 32482711 32482731 TCATGCTGCGGCAGCCTCACT 3 Oni-MIR167g PmiREN013745 MIR167 Oryza nivara Oni-3 35737138 35737360 - TTCTTGCTGGTGTGAGAGGCTGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTCCATGAGTTGCACTGCTGAATATATTGAATTCAGCCAGGAGCTGCTACTGCAGTTCTGATCTCGATCTGCATTCGTTGTTCTGAGCTATGTATGGATTTGATCGGTTTGAAGGCATCCATGTCTTTAATTTCATCGATCAGATCATGTTGCAGCTTCACTCTCTCACTACCAGCAAAACC ((.((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((.(((((.....(((((((((.......)))))).)))(((((((....)))))))(((((..(((((((((..(((......))).))))..))))).)))))..(((((((((....))))))))).))))).))))))))))))))))))))))).)))))))).)))))))))).. 35737158 35737340 TGAAGCTGCCAGCATGATCTGGTCCATGAGTTGCACTGCTGAATATATTGAATTCAGCCAGGAGCTGCTACTGCAGTTCTGATCTCGATCTGCATTCGTTGTTCTGAGCTATGTATGGATTTGATCGGTTTGAAGGCATCCATGTCTTTAATTTCATCGATCAGATCATGTTGCAGCTTCACT (((((((((.((((((((((((((.(((((.....(((((((((.......)))))).)))(((((((....)))))))(((((..(((((((((..(((......))).))))..))))).)))))..(((((((((....))))))))).))))).))))))))))))))))))))))).. 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Oni-miR169a 5960455 5960475 TAGCCAAGAATGACTTGCCTA Oni-miR169a* 5960318 5960337 GGCCGGTCTTCTTGGCTAGC 3 Oni-MIR169b PmiREN013751 MIR169 Oryza nivara Oni-11 5957108 5957294 - TGAGAGGCTACTCCCTTTGGTAGCCAAGAATGACTTGCCTATGCTTTTGCCCTCTGTTGGCTCATCCATCCATCTATCTATCTACCATGGCAGATTAAGGGTTTTTGAAAGAAATTCTTGTGATAGGATGTGCAATGTGGCTGCATGGGCCGGTCTTCTTGGCTAGCCAGAGTGGCTCTCATCCACC ((((((.((((((....(((((((((((((.((((.((((((((....(((...(((((.(.((((((((.....((((.((......)).))))(((((((((((...))))))))))).))).))))).)))))).))).)))))))).))))))))))))).))))))))))))))))...... 5957128 5957274 TAGCCAAGAATGACTTGCCTATGCTTTTGCCCTCTGTTGGCTCATCCATCCATCTATCTATCTACCATGGCAGATTAAGGGTTTTTGAAAGAAATTCTTGTGATAGGATGTGCAATGTGGCTGCATGGGCCGGTCTTCTTGGCTAGC ((((((((((.((((.((((((((....(((...(((((.(.((((((((.....((((.((......)).))))(((((((((((...))))))))))).))).))))).)))))).))).)))))))).))))))))))))).). Oni-miR169b 5957254 5957274 TAGCCAAGAATGACTTGCCTA Oni-miR169b* 5957128 5957147 GGCCGGTCTTCTTGGCTAGC 3 Oni-MIR169c PmiREN013752 MIR169 Oryza nivara Oni-3 35510452 35510584 + AAGTAAGAGGCCATCTTCGATAGCCAAGGATGATTTGCCTGTAGCCCCATTGTCATCAGCTCTCTCCGTCGAGAGCGACAACCGGGCTCTACTGGCAAGTCTCCTCGGCTACCCGAGTACCTCTTATGCTATC ((((((((((....(((.(.(((((.((((.((((((((.(((((((..(((((....((((((......)))))))))))..)))))..)).)))))))))))).))))).).)))..)))))..)))).). 35510472 35510564 TAGCCAAGGATGATTTGCCTGTAGCCCCATTGTCATCAGCTCTCTCCGTCGAGAGCGACAACCGGGCTCTACTGGCAAGTCTCCTCGGCTACC (((((.((((.((((((((.(((((((..(((((....((((((......)))))))))))..)))))..)).)))))))))))).))))).. Oni-miR169c 35510472 35510493 TAGCCAAGGATGATTTGCCTGT Oni-miR169c* 35510544 35510564 TGGCAAGTCTCCTCGGCTACC 3 Oni-MIR169d PmiREN013753 MIR169 Oryza nivara Oni-4 23762232 23762362 - TGAGGAGGAGAACGGGATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTGGTATTGGGGGAATCTCAGCTTTGCTGAAGCGCCTTGAGTTAGCCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTACACCTAGCTCTCTTCTTCTAG .((((((((((.((((.((.((((((((((((((((((((((......(((.((((....(((((...)))))....)))).))).)))))))))))).)))))))))).))))).).))))))))))... 23762252 23762342 AGCCAAGGATGACTTGCCGGCTCCTGGTATTGGGGGAATCTCAGCTTTGCTGAAGCGCCTTGAGTTAGCCGGCAAGTCTGTCCTTGGCTAC ((((((((((((((((((((((......(((.((((....(((((...)))))....)))).))).)))))))))))).)))))))))).. Oni-miR169d 23762322 23762342 AGCCAAGGATGACTTGCCGGC Oni-miR169d* 23762252 23762272 GGCAAGTCTGTCCTTGGCTAC 3 Oni-MIR169e PmiREN013754 MIR169 Oryza nivara Oni-8 25221243 25221372 + TGATAAGGGTGTAGCTCTGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTTGTGTAGAGGATCATTCAGAAAATGAGCCTTGAACTGGTTCATAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTCTGAGTCGCTCTTATCACTC (((((((((((..((((.((((((((((((.((((.(((((((..((.((...((((.(((((.....))))).))))..)).))..))))))))))))))))))))).)).)))))))))))))))... 25221263 25221352 TAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGTCCTTGTGTAGAGGATCATTCAGAAAATGAGCCTTGAACTGGTTCATAGGCAGTCTCCTTGGCTAGT ((((((((((.((((.(((((((..((.((...((((.(((((.....))))).))))..)).))..))))))))))))))))))))).. Oni-miR169e 25221263 25221283 TAGCCAAGGATGACTTGCCTG Oni-miR169e* 25221332 25221352 TAGGCAGTCTCCTTGGCTAGT 3 Oni-MIR169f PmiREN013755 MIR169 Oryza nivara Oni-9 17581308 17581485 + ATGATAAGAGTCTGTCTAGATAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGGCCTCTTGGAGAGAGAGGTGTAGCTTAATTAGCAGCATGGTTTGAGCATTGCTTGATCGGTTGATCGCTTCGCTTGCTCTGCATGAGATCTTACAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTCTGGGCGGCTCTTATCCGTTC ..((((((((.(((((((((((((((((((.((((.((((((((.(((.((.((((..(((((.(((...((((((((((..((....))..))))......)))))).))).))))).)))).)).)))...))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))..... 17581328 17581465 TAGCCAAGGATGACTTGCCTGTGGCCTCTTGGAGAGAGAGGTGTAGCTTAATTAGCAGCATGGTTTGAGCATTGCTTGATCGGTTGATCGCTTCGCTTGCTCTGCATGAGATCTTACAGGCAGTCTCCTTGGCTAGTC ((((((((((.((((.((((((((.(((.((.((((..(((((.(((...((((((((((..((....))..))))......)))))).))).))))).)))).)).)))...))))))))))))))))))))).).. Oni-miR169f 17581328 17581348 TAGCCAAGGATGACTTGCCTG Oni-miR169f* 17581445 17581465 AGGCAGTCTCCTTGGCTAGTC 3 Oni-MIR169g PmiREN013756 MIR169 Oryza nivara Oni-2 18104480 18104671 - GAGGACAAGAGCTGATTCGGTAGCCAAGGATGACTTGCCTAATGCCTATGTGCATGTGTTTATACGCTGCTCATCTGCATTTTGATTATCCCCTGATCAGTCCTGTCGTCAATTATATGTGTGTGTAGTACTCTGTACTCATACATATATAGGCATGTCTTCCTTGGCTATTCGGAGCGGCTCTTGTCTCTC ((((((((((((((.(((((((((((((((.(((.((((.(((((..(((.(((.((((....))))))).)))..)))))(((((((.....))))))).............((((((((((((.(((((...))))))))))))))))))))).))).)))))))))).))))).))))))))))).))) 18104500 18104651 TAGCCAAGGATGACTTGCCTAATGCCTATGTGCATGTGTTTATACGCTGCTCATCTGCATTTTGATTATCCCCTGATCAGTCCTGTCGTCAATTATATGTGTGTGTAGTACTCTGTACTCATACATATATAGGCATGTCTTCCTTGGCTATT ((((((((((.(((.((((.(((((..(((.(((.((((....))))))).)))..)))))(((((((.....))))))).............((((((((((((.(((((...))))))))))))))))))))).))).)))))))))).. Oni-miR169g 18104632 18104651 TAGCCAAGGATGACTTGCCT Oni-miR169g* 18104500 18104520 GGCATGTCTTCCTTGGCTATT 3 Oni-MIR169h PmiREN013757 MIR169 Oryza nivara Oni-6 26605571 26605720 - ATGAGATAGAGAACGGAATGCAGCCAAGGATGACTTGCCGGTACGTGTATGCATGTTTCAAGGTACTATATGTGCCCCCAACTGTTTTAGATCCATGCTGACATTTTCCGGCAAGTTGTCCTTGGCTACGTCTTGTTCTTTTTCTCTCAC ..((((.(((((((((.(((.((((((((((((((((((((...((((..(((((..((..(((((.....))))).............))..)))))..))))...)))))))))))))))))))).))).))))))))).)))).... 26605591 26605700 CAGCCAAGGATGACTTGCCGGTACGTGTATGCATGTTTCAAGGTACTATATGTGCCCCCAACTGTTTTAGATCCATGCTGACATTTTCCGGCAAGTTGTCCTTGGCTACG .((((((((((((((((((((...((((..(((((..((..(((((.....))))).............))..)))))..))))...))))))))))))))))))))... Oni-miR169h 26605680 26605700 CAGCCAAGGATGACTTGCCGG Oni-miR169h* 26605591 26605611 GGCAAGTTGTCCTTGGCTACG 3 Oni-MIR169i PmiREN013758 MIR169 Oryza nivara Oni-6 3194272 3194423 + AGGTGTATTGCTGGTTGTGTAGCCAAGGATGACTTGCCGGCCTGGTTTGTGTTCATCAGCAATCCAGCATATGCTGTATTGCCGTGTGTGATCGATCGATGCATGGACCGGCAAGTTATTTTCTTTGGCTACATTACAACCTCGTCTTCTCA ............((((((((((((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((((((.((((....)))).)))))..)).)))).))..))).))..)).)))))))))))...)))))))))))...))))))........... 3194292 3194403 AGCCAAGGATGACTTGCCGGCCTGGTTTGTGTTCATCAGCAATCCAGCATATGCTGTATTGCCGTGTGTGATCGATCGATGCATGGACCGGCAAGTTATTTTCTTTGGCTAC ((((((((((((((((((((((..(((((((.(((((((((((.((((....)))).)))))..)).)))).))..))).))..)).)))))))))))...))))))))).. Oni-miR169i 3194292 3194312 AGCCAAGGATGACTTGCCGGC Oni-miR169i* 3194383 3194403 CAAGTTATTTTCTTTGGCTAC 3 Oni-MIR170 PmiREN013759 MIR170 Oryza nivara Oni-4 17289661 17289804 - CTTTTTGCTTGGGTAAAAAGAGGTATTGGCGTGCCTCAATCCGAAGGCATGGCTGATTACAGGCACCTCGACCGATCTAGCGCATGCAGCCATGTTTCTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCTCCTTGCTTCCTTACTTCATG ((((((((....))))))))(((((((((((((.(((((((((((((((((((((....((.((..((.((....)).)).)).))))))))))))).)))))))))).)))))))))))))...................... 17289681 17289784 AGGTATTGGCGTGCCTCAATCCGAAGGCATGGCTGATTACAGGCACCTCGACCGATCTAGCGCATGCAGCCATGTTTCTTGGATTGAGCCGCGTCAATATCTCT (((((((((((((.(((((((((((((((((((((....((.((..((.((....)).)).)).))))))))))))).)))))))))).))))))))))))).. Oni-miR170 17289681 17289701 TTGAGCCGCGTCAATATCTCT Oni-miR170* 17289764 17289784 AGGTATTGGCGTGCCTCAATC 3 Oni-MIR171a PmiREN013760 MIR171 Oryza nivara Oni-10 19680633 19680785 + AAATGAAATTGTAGCTATGATGTTGGCCCGGCTCACTCAGATGGATCATCGGTGCAGAAGAGTGCATGAATCTGATGCAGTCTCAGTGTAGTATGCTCCATGCTGGAACTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGCACCATTTTTATGCAA ..((((((.((..(((..(((((((((.(((((((.(((((((((.(((.(.((((..(((.(((((.......))))).)))...)))).)))).))))..........))))).))))))).)))))))))..)))..)).)))))).... 19680653 19680765 TGTTGGCCCGGCTCACTCAGATGGATCATCGGTGCAGAAGAGTGCATGAATCTGATGCAGTCTCAGTGTAGTATGCTCCATGCTGGAACTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATC (((((((.(((((((.(((((((((.(((.(.((((..(((.(((((.......))))).)))...)))).)))).))))..........))))).))))))).))))))).. Oni-miR171a 19680745 19680765 TGATTGAGCCGTGCCAATATC Oni-miR171a* 19680653 19680673 TGTTGGCCCGGCTCACTCAGA 3 Oni-MIR171b PmiREN013761 MIR171 Oryza nivara Oni-3 29788077 29788221 + CTTGGGCTGGGAGAGTGCGATGTTGGCATGGTTCAATCAAACCGGGCAAACTTATGCACTAGCTAAGCAAGATGCAGGGATACGCAGTATGGTTTTGTTTGGTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCACAAGCTTGCCTGGCTTAAT .((((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((.((((((((((.((((((.((.((...)).)).(((........))))))))).)))))))))).))))))))))))))))))))).)..)))).)))))))))). 29788097 29788201 TGTTGGCATGGTTCAATCAAACCGGGCAAACTTATGCACTAGCTAAGCAAGATGCAGGGATACGCAGTATGGTTTTGTTTGGTCTGATTGAGCCGTGCCAATATC (((((((((((((((((((.((((((((((.((((((.((.((...)).)).(((........))))))))).)))))))))).))))))))))))))))))).. Oni-miR171b 29788181 29788201 TGATTGAGCCGTGCCAATATC Oni-miR171b* 29788097 29788117 TGTTGGCATGGTTCAATCAAA 3 Oni-MIR171c PmiREN013762 MIR171 Oryza nivara Oni-3 1642738 1642874 + GAATGAAATGGTAGCTATGATGTTGGCTCGGCTCACTCAGACGGCATTGGCGTGATGCGAAGCATGCATGCGTGCTTGCTAGCTCACTTGTGTTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTTAGTGCTCTTTCATGTGTA ..((((((.((((.(((.(((((((((.(((((((.(((((.(((((....((((.((..((((.(((....))).)))).))))))..)))))))))).))))))).))))))))).))))))).))))))..... 1642758 1642854 TGTTGGCTCGGCTCACTCAGACGGCATTGGCGTGATGCGAAGCATGCATGCGTGCTTGCTAGCTCACTTGTGTTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATC (((((((.(((((((.(((((.(((((....((((.((..((((.(((....))).)))).))))))..)))))))))).))))))).))))))).. Oni-miR171c 1642834 1642854 TGATTGAGCCGTGCCAATATC Oni-miR171c* 1642758 1642778 TGTTGGCTCGGCTCACTCAGA 3 Oni-MIR171d PmiREN013763 MIR171 Oryza nivara Oni-4 24707982 24708098 - CTCTCTATGTGGGAACGGGATATTGGTGCGGTTCAATCAGAAAGCTTGTGCTCCGAAGGCGAGGGGCTCCACTCTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTCGCCTTTGCAGCTGCT ..........((..(((.(((((((((((((((((((((((.((.....(((((........)))))....)).))))))))))))))))))))))).)))..))............ 24708002 24708078 TATTGGTGCGGTTCAATCAGAAAGCTTGTGCTCCGAAGGCGAGGGGCTCCACTCTTTGATTGAGCCGTGCCAATATC (((((((((((((((((((((.((.....(((((........)))))....)).))))))))))))))))))))).. Oni-miR171d 24708002 24708022 TGATTGAGCCGTGCCAATATC Oni-miR171d* 24708058 24708078 TATTGGTGCGGTTCAATCAGA 3 Oni-MIR171e PmiREN013764 MIR171 Oryza nivara Oni-8 4464423 4464540 + ACGGCCTTGCGACGACGGGATATTGGGGCGGTTCAATCAGAAAGCTTGTGCTCCAGAAGCGAGGAGCTCTACTCTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATCACGTCGCATCCATCACTTTG ..................((((((((.(((((((((((((((.....(.(((((........))))).).....))))))))))))))).))))))))..........((......)) 4464443 4464520 TATTGGGGCGGTTCAATCAGAAAGCTTGTGCTCCAGAAGCGAGGAGCTCTACTCTTTTGATTGAGCCGTGCCAATATC ((((((.(((((((((((((((.....(.(((((........))))).).....))))))))))))))).)))))).. Oni-miR171e 4464500 4464520 TGATTGAGCCGTGCCAATATC Oni-miR171e* 4464443 4464463 TATTGGGGCGGTTCAATCAGA 3 Oni-MIR171f PmiREN013765 MIR171 Oryza nivara Oni-4 21215936 21216032 + AAAGAAGAAGAGGACATGGTTTGGTATTGTTTCGGCTCATGTCGTTCACACAGATGTGAGCCGAACCAATATCACTCATGTATTCTTCATTCAGAGA ...(((((((((.((((((..((((((((.(((((((((((((.........))))))))))))).)))))))).)))))).)))))).)))..... 21215956 21216012 TTGGTATTGTTTCGGCTCATGTCGTTCACACAGATGTGAGCCGAACCAATATCACTC .((((((((.(((((((((((((.........))))))))))))).))))))))... Oni-miR171f 21215992 21216012 TGAGCCGAACCAATATCACTC Oni-miR171f* 21215956 21215976 TTGGTATTGTTTCGGCTCATG 3 Oni-MIR172a PmiREN013766 MIR172 Oryza nivara Oni-2 34383216 34383345 - AACAGTCGGTGCTTGCAGGTGCAGCACCATCAAGATTCACATCGAGTTCATCCCTAAACGAGATCGAGGTTGGCTGACTATATGTGATGAGAATCTTGATGATGCTGCATCAGCAAACGCTCGACTACTC ...((((((((.((((.(((((((((.(((((((((((.((((((((.((.((.....((....)).....)).))))).....))))).))))))))))).))))))))).)))).))).))))).... 34383236 34383325 GCAGCACCATCAAGATTCACATCGAGTTCATCCCTAAACGAGATCGAGGTTGGCTGACTATATGTGATGAGAATCTTGATGATGCTGCAT ((((((.(((((((((((.((((((((.((.((.....((....)).....)).))))).....))))).))))))))))).)))))).. 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Oni-miR172b 20347495 20347515 AGAATCTTGATGATGCTGCAT Oni-miR172b* 20347429 20347449 GTGGCATCATCAAGATTCACA 3 Oni-MIR319a PmiREN013778 MIR319 Oryza nivara Oni-1 7637842 7638058 - GAAGCGATCGATGGATGGAAGAGAGCGTCCTTCAGTCCACTCATGGGCGGTGCTAGGGTCGAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCACATGCCAAGCAAGAAACGCTTGAGATAGCGAAGCTTAGCAGATGAGTGAATGAAGCGGGAGGTAACGTTCCGATCTCGCGCCGTCTTTGCTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTCCTCCTCGATCTCCTCGATC ((...((((((.(((.(((.(.(((((((((((((((((..((.(((((((((..(((((((((((.((.(((..((((((((.((..(((.((((......((((......))))..)))).)))..)).))))))))..))).)).))..))).)))))).))))))))).))..)))))))))))))))))).))))))))))))))....... 7637862 7638038 GAGAGCGTCCTTCAGTCCACTCATGGGCGGTGCTAGGGTCGAATTAGCTGCCGACTCATTCACCCACATGCCAAGCAAGAAACGCTTGAGATAGCGAAGCTTAGCAGATGAGTGAATGAAGCGGGAGGTAACGTTCCGATCTCGCGCCGTCTTTGCTTGGACTGAAGGGTGCTCCCT (.(((((((((((((((((..((.(((((((((..(((((((((((.((.(((..((((((((.((..(((.((((......((((......))))..)))).)))..)).))))))))..))).)).))..))).)))))).))))))))).))..)))))))))))))))))).. Oni-miR319a 7637862 7637883 CTTGGACTGAAGGGTGCTCCCT Oni-miR319a* 7638018 7638038 GAGAGCGTCCTTCAGTCCACT 3 Oni-MIR319b PmiREN013779 MIR319 Oryza nivara Oni-1 25044920 25045131 - TTTGACTACATGTGTAAGAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTCAGATGGCTGTAGGGTTTTATTAGCTGCCGAATCATCCATTCATCTACCAAGAAAGTTGCAGGAGTGTTTCTCTTGGTAGCGGACTGGATGACGCGGGAGCTAAAATTTAGCTCTGCGCCGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTGCTCAAGCACTCGTGCATA ..........((.(((((..(.((((.((((((((((((.((.((((((((.((((((((...((((((.(((..(((((((.((..(((((((((.....(((....)))...)))))))))..)).)))))))..))).)))))).....)))))))))))))))).)).)))))))))))).)))))))))).)).............. 25044940 25045111 GAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTCAGATGGCTGTAGGGTTTTATTAGCTGCCGAATCATCCATTCATCTACCAAGAAAGTTGCAGGAGTGTTTCTCTTGGTAGCGGACTGGATGACGCGGGAGCTAAAATTTAGCTCTGCGCCGTTTGTGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCT (.((((.((((((((((((.((.((((((((.((((((((...((((((.(((..(((((((.((..(((((((((.....(((....)))...)))))))))..)).)))))))..))).)))))).....)))))))))))))))).)).)))))))))))).))))).. Oni-miR319b 25044940 25044960 TTGGACTGAAGGGTGCTCCCT Oni-miR319b* 25045091 25045111 GAGAGCTCTCTTCAGTCCACT 3 Oni-MIR390 PmiREN013780 MIR390 Oryza nivara Oni-3 33710942 33711039 - AGGGTATGGAACAATCCTTGAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCTCGAAATCAAACTAGGCGCTATCTATCCTGAGCTCCATGGTTTGTTCTTACCACACG ..((((.(((((((.((.((.(((((((((.(((((((((((.(........).))))))))))).))))))))).)).)).)))))))))))..... 33710962 33711019 AAGCTCAGGAGGGATAGCGCCTCGAAATCAAACTAGGCGCTATCTATCCTGAGCTCCA .(((((((((.(((((((((((.(........).))))))))))).)))))))))... Oni-miR390 33710999 33711019 AAGCTCAGGAGGGATAGCGCC Oni-miR390* 33710962 33710982 CGCTATCTATCCTGAGCTCCA 3 Oni-MIR393a PmiREN013781 MIR393 Oryza nivara Oni-1 2172825 2172961 - AGCAATGTCTTGGGGAAGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCTTCATCGCTCTCGCTCGCTTCCATGGCGGTCGTCGTCTACAAGCAGCTTGACGGATCATGCGATCCTTTTGGAGGCTTCCTCTAGCCATTAAAAC ...........((((((((.((((((((((((((((.(((((.(((..(((((((.(((((.....))))).)).........)).))).))).))))))))))))))))))))).))))))))............. 2172845 2172941 TCCAAAGGGATCGCATTGATCCTTCATCGCTCTCGCTCGCTTCCATGGCGGTCGTCGTCTACAAGCAGCTTGACGGATCATGCGATCCTTTTGGAGG ((((((((((((((((.(((((.(((..(((((((.(((((.....))))).)).........)).))).))).))))))))))))))))))))).. Oni-miR393a 2172921 2172941 TCCAAAGGGATCGCATTGATC Oni-miR393a* 2172845 2172865 ATCATGCGATCCTTTTGGAGG 3 Oni-MIR393b PmiREN013782 MIR393 Oryza nivara Oni-4 28159609 28159745 - TGAGGAAACTAGTGGAGGACTCCAAAGGGATCGCATTGATCTGGCTAGCTATCTCGATCGATCGCCTCATCGATCGACGACGACGTGCGTGATCGATCAGTGCAATCCCTTTGGAATTTTCCTCTTGCTTCCGCCTC ...((((.(.((.((((((.(((((((((((.(((((((((.(((..((..(((((.(((((((......)))))))))).))...))..).))))))))))).))))))))))).)))))).)).).))))..... 28159629 28159725 TCCAAAGGGATCGCATTGATCTGGCTAGCTATCTCGATCGATCGCCTCATCGATCGACGACGACGTGCGTGATCGATCAGTGCAATCCCTTTGGAAT (((((((((((.(((((((((.(((..((..(((((.(((((((......)))))))))).))...))..).))))))))))).))))))))))).. 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Oni-miR394 26352113 26352132 TTGGCATTCTGTCCACCTCC Oni-miR394* 26352177 26352197 GAGGTGGGCATACTGCCAATG 3 Oni-MIR395a PmiREN013784 MIR395 Oryza nivara Oni-4 24795581 24795829 - CACGTTTGGTATTGTCGTGAGTTCCCTTCAAGCACTTCACGTGGCACTATCTCAATGCCTACTATGTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTCGGTATCACCAAACATTCAACAGATAGTGTTTAAACCACGAGATTGAGATGGGAGCCACTTTTGGTATTATCGAGAGTTCCCTTCAACCACTTTACGTGGCACTGTTTCAAGGCCTATTGTGTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTCGATATCACCAAACATTT ...(((((((..(((((.(((((((((.(((((((((((((.(((.((....((.((((....((((((((((.((((((((((((((((((..((((((............((((......((((........).)))....))))))))))..)))))))))))))).)))).)))))))))))))).)).....))))).....)))))))))))))))))))))).)))))..))))))).... 24795601 24795809 GTTCCCTTCAAGCACTTCACGTGGCACTATCTCAATGCCTACTATGTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTCGGTATCACCAAACATTCAACAGATAGTGTTTAAACCACGAGATTGAGATGGGAGCCACTTTTGGTATTATCGAGAGTTCCCTTCAACCACTTTACGTGGCACTGTTTCAAGGCCTATTGTGTGAAGTGTTTGGGGGAACTC (((((((.(((((((((((((.(((.((....((.((((....((((((((((.((((((((((((((((((..((((((............((((......((((........).)))....))))))))))..)))))))))))))).)))).)))))))))))))).)).....))))).....)))))))))))))))))))).. 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Oni-miR395e 24796155 24796174 TGAAGTGCTTGGGGGAACTC Oni-miR395e* 24796254 24796274 GTTCTCCTCAATCCACTTCAG 3 Oni-MIR395f PmiREN013789 MIR395 Oryza nivara Oni-4 25054365 25054468 + TAGGTTTGGAGACCCCAGGAGTTCCCTTCAAGCACTTCACGACGCACTATTTAGAGAGTTGTTGTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTCGGTGTCGCCAAGCATTCA ...((((((.(((.((.((((((((((.((((((((((((((((.(((........))))))))))))))))))))))))))))).)).))).))))))..... 25054385 25054448 GTTCCCTTCAAGCACTTCACGACGCACTATTTAGAGAGTTGTTGTGAAGTGTTTGGGGGAACTC (((((((.((((((((((((((((.(((........)))))))))))))))))))))))))).. Oni-miR395f 25054428 25054448 GTGAAGTGTTTGGGGGAACTC Oni-miR395f* 25054385 25054405 GTTCCCTTCAAGCACTTCACG 3 Oni-MIR396a PmiREN013790 MIR396 Oryza nivara Oni-2 34851436 34851634 - GAAAGATTGCGGCCATGCTCTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGTGTGCATGCTCCTCATATATTGTTCTAGATCCCATGCATGATGCATATCGATCGATCTGATCTGAATTAGGTCATCGATGCGCATCTGGATCCCCATCTTGTTGATAGTTCAAGAAAGTCCTTGGAAAACATGGTGCCCTCGATCTTA ..(((((((.(((((((...((((..((((((((((((((((.(((......(((((((.((..((.....)).....))...)))))))(((((.(((((((.((((((((....))))))))))))))).)))))(((....)))....))).))))))))))))))))..))))...)))))...)).))))))). 34851456 34851614 TCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGTGTGCATGCTCCTCATATATTGTTCTAGATCCCATGCATGATGCATATCGATCGATCTGATCTGAATTAGGTCATCGATGCGCATCTGGATCCCCATCTTGTTGATAGTTCAAGAAAGTCCTTGGAAA ((((..((((((((((((((((.(((......(((((((.((..((.....)).....))...)))))))(((((.(((((((.((((((((....))))))))))))))).)))))(((....)))....))).))))))))))))))))..)))).. 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Oni-miR396b 32998934 32998954 TTCCACAGCTTTCTTGAACTT Oni-miR396b* 32998832 32998852 GGTCAAGAAAGCTGTGGGAAG 3 Oni-MIR396c PmiREN013792 MIR396 Oryza nivara Oni-4 26932651 26932853 + AAAGATGTGCGGGCATGCTTTCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGGGGGTGTATGTGCTCATGTTGGGATTGTGGTCGGTGGCCTCCAATTCTCTGAAAAGAAAGCTGAATTGTCGAGCTCCCCGTTCTGTCTTTGGTCGTCTCTACCTGTTGATGGTTCAAGAAAGCCCATGGAAACCATGCCGCGTCTTTGTGTG .(((((((...((((((.((((((..((((((((((((((((.(((..(((((((((.....((.((....(((((...((.(((.((.(((((((((.((........))..))))))..)))..))))).)).))))))))))))))))))..))).))))))))))))))))..)))))).)))))))))))))...... 26932671 26932833 TCCACAGGCTTTCTTGAACTGTGAACTCGTGGGGGTGTATGTGCTCATGTTGGGATTGTGGTCGGTGGCCTCCAATTCTCTGAAAAGAAAGCTGAATTGTCGAGCTCCCCGTTCTGTCTTTGGTCGTCTCTACCTGTTGATGGTTCAAGAAAGCCCATGGAAA ((((..((((((((((((((((.(((..(((((((((.....((.((....(((((...((.(((.((.(((((((((.((........))..))))))..)))..))))).)).))))))))))))))))))..))).))))))))))))))))..)))).. Oni-miR396c 26932671 26932691 TCCACAGGCTTTCTTGAACTG Oni-miR396c* 26932813 26932833 GTTCAAGAAAGCCCATGGAAA 3 Oni-MIR396d PmiREN013793 MIR396 Oryza nivara Oni-2 32991382 32991557 + ATCTGGCCCTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACGCATGATGAATAATCCCTTTGGTTAATTGTGATCTGGTCTCTGAGAGATCGTAGCTAGACTCGATCGGTTGCATTGGCATCAGAGAGAGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAATTGCAGAGAGAGACCAAATC ((.((((.(((((((((((.((((((((((((.(((((((((.((((((((.((........)).))))..))))......(((((((..(((.((((((.((.....)))))))))))....)))))))..))))))))).)))))))))))).))))))))))).).))).)). 32991402 32991537 TTCCACAGCTTTCTTGAACTGCACGCATGATGAATAATCCCTTTGGTTAATTGTGATCTGGTCTCTGAGAGATCGTAGCTAGACTCGATCGGTTGCATTGGCATCAGAGAGAGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAA ((((((((((((.(((((((((.((((((((.((........)).))))..))))......(((((((..(((.((((((.((.....)))))))))))....)))))))..))))))))).)))))))))))).. 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Oni-miR396f 27555176 27555196 TCCACAGGCTTTCTTGAACGG Oni-miR396f* 27555252 27555272 GAGGAGGACGCTGGTGGGGGA 3 Oni-MIR396g PmiREN013796 MIR396 Oryza nivara Oni-6 5473737 5473933 - GGCGGCGGCGACGTCGAGGCGTGGAAGGAGTCGAGGTGGAGCTGGAGAGGAGCGCCGGCGCCGGCGCCGTAGCTGGGCGCGTCGGCGTCGTGCGGCGGCGGCGAGATGGAGAGCGCGGACGGGCGGTAGACGGCGGCGGCGGCGGGGGGCGGCATTTCCACAGGCTTTCTTGAACGGTTCTTGCCGCGGTGCATGTG ...................(((..((((((((...(((((((((........(.(((.(((((.((((((.(((..((.((((.(((((((...((....))...)))....)))).)))).)))))..)))))).))))).))).)..))))...))))).))).)))))..)))...............(....) 5473757 5473913 GTGGAAGGAGTCGAGGTGGAGCTGGAGAGGAGCGCCGGCGCCGGCGCCGTAGCTGGGCGCGTCGGCGTCGTGCGGCGGCGGCGAGATGGAGAGCGCGGACGGGCGGTAGACGGCGGCGGCGGCGGGGGGCGGCATTTCCACAGGCTTTCTTGAACGG ((..((((((((...(((((((((........(.(((.(((((.((((((.(((..((.((((.(((((((...((....))...)))....)))).)))).)))))..)))))).))))).))).)..))))...))))).))).)))))..)).. 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Oni-miR397c 26861140 26861160 TTGAGTGCAGCGTTGATGAAC Oni-miR397c* 26861218 26861238 TCATCAGCGCTTCACTCAATC 3 Oni-MIR397d PmiREN013801 MIR397 Oryza nivara Oni-2 2949676 2949809 - GAAGAGAAGGGAAGGCATTATTGAGTGCAGCGTTGATGAACCTGCCGGCCGGCTAAATTAATTAGCAAGAAAGTCTGAAACTGGCTCAAAGGTTCACCAGCACTGCACCCAATCACGCCTTTGCTCTCTCTGAG ..(((((((.((((((...((((.((((((.((((.(((((((...((((((((((.....))))).(((...))).....)))))...))))))).)))).)))))).))))...)))))).)).)))))... 2949696 2949789 TTGAGTGCAGCGTTGATGAACCTGCCGGCCGGCTAAATTAATTAGCAAGAAAGTCTGAAACTGGCTCAAAGGTTCACCAGCACTGCACCCAATC (((.((((((.((((.(((((((...((((((((((.....))))).(((...))).....)))))...))))))).)))).)))))).))).. Oni-miR397d 2949768 2949789 TTGAGTGCAGCGTTGATGAACC Oni-miR397d* 2949696 2949716 TCACCAGCACTGCACCCAATC 3 Oni-MIR398 PmiREN013803 MIR398 Oryza nivara Oni-7 9836575 9836680 - AACGCGAGGGAGTTCCTACAGGGGCGAGCTGGGAACACACGGTGATGAGGCGGTCTGGTCTTTCGTGTGTTCTCAGGTCGCCCCTGCCGGGACTCTCTGGTTGATT ...((.((((((((((..(((((((((.((((((((((((((.(((.((.....)).)))..)))))))))))))).)))))))))..)))))))))).))..... 9836595 9836660 GGGGCGAGCTGGGAACACACGGTGATGAGGCGGTCTGGTCTTTCGTGTGTTCTCAGGTCGCCCCTG (((((((.((((((((((((((.(((.((.....)).)))..)))))))))))))).))))))).. 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Oni-miR399b 7901319 7901339 TGCCAAAGGAGAGCTGCCCTG Oni-miR399b* 7901246 7901266 GTGCAGTTCTCCTCTGGCATG 3 Oni-MIR399c PmiREN013806 MIR399 Oryza nivara Oni-6 20149442 20149572 + TTTTCAGGGTGAGAATCACAGTGCAGTTCTCCTCTGGCATGGATGCCAACGTAGCAGGCGTTAGACTACGTACATTGCTATTGTCATCCCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCCATTCAGCATAAACCCTGC ....((((((..((((..(((.(((((((((((.(((((.(((((.((..(((((((((((......))))...))))))))).))))).))))).))))))))))).)))..)))).......)))))). 20149462 20149552 GTGCAGTTCTCCTCTGGCATGGATGCCAACGTAGCAGGCGTTAGACTACGTACATTGCTATTGTCATCCCTGCCAAAGGAGAATTGCCCTG (.(((((((((((.(((((.(((((.((..(((((((((((......))))...))))))))).))))).))))).))))))))))).).. Oni-miR399c 20149532 20149552 TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG Oni-miR399c* 20149462 20149482 GTGCAGTTCTCCTCTGGCATG 3 Oni-MIR399d PmiREN013807 MIR399 Oryza nivara Oni-8 23112831 23112958 - TGTGCGACCGGCGAATTACAGGGCGGTTTCTCCTTTGGCACGTACGGAGGCAAGGCATGCGGTGAAAAATCTCTAGCTAGCCATGCGTGCCAAAGGAGAATTGCCCTGCGATTCACCAACACAGCCAT ((((.....((.(((((.((((((((((.(((((((((((((((....(((..(((..(.(((.....))).)..))).))).))))))))))))))))))))))))).))))).))..))))..... 23112851 23112938 GGGCGGTTTCTCCTTTGGCACGTACGGAGGCAAGGCATGCGGTGAAAAATCTCTAGCTAGCCATGCGTGCCAAAGGAGAATTGCCCTG ((((((((.(((((((((((((((....(((..(((..(.(((.....))).)..))).))).))))))))))))))))))))))).. Oni-miR399d 23112851 23112871 TGCCAAAGGAGAATTGCCCTG Oni-miR399d* 23112918 23112938 GGGCGGTTTCTCCTTTGGCAC 3 Oni-MIR408 PmiREN013808 MIR408 Oryza nivara Oni-1 13401956 13402138 + TGATTGGAGAGGAGAGGAGACAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCTATCAACAGATGTAGATTATTCCTTGCACAAGAGATGATGATGAGCTGTGAATGAGTTCTGAGAGATGGCTGGTGTTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCTGCACACCTCTCTCT ..........(.((.((((.((((((.(((((((.(((.((((.(((((...((((((...(((((((((.(((....))).))))))...(((((.......)))))..........)))...))))))..))))).)))).))).))))))).)))))).)))).)).)............ 13401976 13402118 CAGGGATGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCTATCAACAGATGTAGATTATTCCTTGCACAAGAGATGATGATGAGCTGTGAATGAGTTCTGAGAGATGGCTGGTGTTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGC ((((((.(((((((.(((.((((.(((((...((((((...(((((((((.(((....))).))))))...(((((.......)))))..........)))...))))))..))))).)))).))).))))))).)))))).. Oni-miR408 13402098 13402118 CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC Oni-miR408* 13401976 13401996 CAGGGATGAGGCAGAGCATGG 3 Oni-MIR528 PmiREN013810 MIR528 Oryza nivara Oni-3 1341691 1341816 + TTTGGCTGTAGCAGCAGCAGTGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCAGGAGATTCAGTTTGAAGCTGGACTTCACTTTTGCCTCTCTCTCCTGTGCTTGCCTCTTCCATTCCTGCTGCTAGGCTGTTCTG ...((((.(((((((((.(((((((((((((.(((.(((((..(((((..(((..(((((.....)))))...)))..)))))))))).))).))))))))))))).)))))))))))))...... 1341711 1341796 TGGAAGGGGCATGCAGAGGAGCAGGAGATTCAGTTTGAAGCTGGACTTCACTTTTGCCTCTCTCTCCTGTGCTTGCCTCTTCCATT (((((((((((.(((.(((((..(((((..(((..(((((.....)))))...)))..)))))))))).))).))))))))))).. Oni-miR528 1341711 1341731 TGGAAGGGGCATGCAGAGGAG Oni-miR528* 1341776 1341796 CCTGTGCTTGCCTCTTCCATT 3 Oni-MIR529 PmiREN013811 MIR529 Oryza nivara Oni-2 15698459 15698595 + TGTACATCGAGGCTAAAGGAAGAAGAGAGAGAGTACAGCCTTAGTTCAGATCACATATGACTATCTTTTGCGAGTCTGATCGATACTCTGATGAAGGCTGTACCCTCTCTCTTCTTCTCTTAGCTTCTTGATGCTTT ........((((((((.((((((((((((((.((((((((((...(((((((..((..((((..(....)..))))..)).))...)))))..)))))))))).)))))))))))))).)))))))).......... 15698479 15698575 AGAAGAGAGAGAGTACAGCCTTAGTTCAGATCACATATGACTATCTTTTGCGAGTCTGATCGATACTCTGATGAAGGCTGTACCCTCTCTCTTCTTC (((((((((((.((((((((((...(((((((..((..((((..(....)..))))..)).))...)))))..)))))))))).))))))))))).. Oni-miR529 15698479 15698499 AGAAGAGAGAGAGTACAGCCT Oni-miR529* 15698555 15698575 GCTGTACCCTCTCTCTTCTTC 3 Oni-MIR530 PmiREN013812 MIR530 Oryza nivara Oni-10 6116460 6116638 + AAAGTGATGTGTGATAGAGCTGCATTTGCACCTGCACCTACAGAGAGGAAGATGGAGCAGCAAGCTAGCAATACGTGCTTGATCGCTATACGCTAGCTTCTTGCACACAATGTTGTTCCTGGTCCCTTCCTGATCCCTAGGTGCAGAGGCAGATGCAACTGTGTCATAGACTTCACATC ...((((..(((((((.((.(((((((((..(((((((((..((.((((((..(((.(((..(((.((((....((((..((..((((.....)))).))..))))....))))))).))).)))))))))..))..)))))))))..))))))))).)).)))))))....))))... 6116480 6116618 TGCATTTGCACCTGCACCTACAGAGAGGAAGATGGAGCAGCAAGCTAGCAATACGTGCTTGATCGCTATACGCTAGCTTCTTGCACACAATGTTGTTCCTGGTCCCTTCCTGATCCCTAGGTGCAGAGGCAGATGCAAC (((((((((..(((((((((..((.((((((..(((.(((..(((.((((....((((..((..((((.....)))).))..))))....))))))).))).)))))))))..))..)))))))))..))))))))).. Oni-miR530 6116480 6116500 TGCATTTGCACCTGCACCTAC Oni-miR530* 6116598 6116618 AGGTGCAGAGGCAGATGCAAC 3 Oni-MIR535 PmiREN013813 MIR535 Oryza nivara Oni-11 14097102 14097227 - GTTTGCTCGCCGGCCGGCGGTGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGTGCGGCGGTCACGGTGAGCCGGCCCGCGGCGGCGTACCTGCGTGCTTTCTCCCGTTGTCACTGCCATACACACATATATGCT ...............(((((((((((((.((((((((((((.((((((.(.(((.(((.(......)))).))).))))))).)))))))))))).)))))))))))))................. 14097122 14097207 TGACAACGAGAGAGAGCACGCCGGTGCGGCGGTCACGGTGAGCCGGCCCGCGGCGGCGTACCTGCGTGCTTTCTCCCGTTGTCACT ((((((((.((((((((((((.((((((.(.(((.(((.(......)))).))).))))))).)))))))))))).)))))))).. Oni-miR535 14097187 14097207 TGACAACGAGAGAGAGCACGC Oni-miR535* 14097122 14097142 GTGCTTTCTCCCGTTGTCACT 3 Oni-MIR820 PmiREN013814 MIR820 Oryza nivara Oni-6 14340520 14340744 - ACCTCTGATTCGTACATGCGTCGGCCTCGTGGATGGACCAGGAGCTCGACGTTCCTTAAGGCCGTTCTTTCCAACCCATACAAGGTTCCGCCGCCTGCATTGTTCCAAGAGTGTCTTGGACGAAAGCAGGAAGTGGAACCTTGTTAAGGTTGGAACGAACTGCCTTAAGGAAGTCGATGCTCTAGGTCCGTCCACGAGGACGACGCAGCTAGGAGTTAGAGGTTT (((((((((((.((..(((((((.(((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((.((((.((((((((...((((((((((((..(((((.((..(((((((...)))))))..)).)))))..))))))))))))...)))))))).)))).)))))))))))))))).))))).))))))))))))))).)))))))..)).))))))))))).. 14340540 14340724 TCGGCCTCGTGGATGGACCAGGAGCTCGACGTTCCTTAAGGCCGTTCTTTCCAACCCATACAAGGTTCCGCCGCCTGCATTGTTCCAAGAGTGTCTTGGACGAAAGCAGGAAGTGGAACCTTGTTAAGGTTGGAACGAACTGCCTTAAGGAAGTCGATGCTCTAGGTCCGTCCACGAGGACGACG (((.(((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((.((((.((((((((...((((((((((((..(((((.((..(((((((...)))))))..)).)))))..))))))))))))...)))))))).)))).)))))))))))))))).))))).))))))))))))))).))).. Oni-miR820 14340703 14340724 TCGGCCTCGTGGATGGACCAGG Oni-miR820* 14340540 14340560 GGTCCGTCCACGAGGACGACG 3 Oni-MIR827 PmiREN013815 MIR827 Oryza nivara Oni-2 23780143 23780301 - TATTGCTAGCCATGAACCTGTTTTGTTGCTGGTCATCTAGCTACCCATGCATGCCTGGAGATTGGAGAATAATCGTGACGATGCAGCAGTCGGCTTCTTGGCTGTTGGGCACGCGTGGTTAGATGACCATCAGCAAACAAGTTCGTGGGACGCATGCAT ...(((...((((((((.(((((.((((.(((((((((((((((....((.((((....(((((.....))))).........(((((((((......))))))))))))).))))))))))))))))).))))))))).))))))))...)))..... 23780163 23780281 TTTTGTTGCTGGTCATCTAGCTACCCATGCATGCCTGGAGATTGGAGAATAATCGTGACGATGCAGCAGTCGGCTTCTTGGCTGTTGGGCACGCGTGGTTAGATGACCATCAGCAAACA (((.((((.(((((((((((((((....((.((((....(((((.....))))).........(((((((((......))))))))))))).))))))))))))))))).))))))).. Oni-miR827 23780163 23780183 TTAGATGACCATCAGCAAACA Oni-miR827* 23780261 23780281 TTTTGTTGCTGGTCATCTAGC 3 Oni-MIR1425 PmiREN013700 MIR1425 Oryza nivara Oni-5 8187806 8187923 + TGCTCCACTGTTGACTGCATTAGGATTCAATCCTTGCTGCTAAATGTATTGCTTATATTCAGCAATATAATGTTCAGCAGCAAGAACTGGATCTTAATATAGTCGATAGTGGAAGAAC ...((((((((((((((.(((((((((((...(((((((((.(((((((((((.......))))))))...))).)))))))))...))))))))))).))))))))))))))..... 8187826 8187903 TAGGATTCAATCCTTGCTGCTAAATGTATTGCTTATATTCAGCAATATAATGTTCAGCAGCAAGAACTGGATCTTAAT (((((((((...(((((((((.(((((((((((.......))))))))...))).)))))))))...))))))))).. Oni-miR1425 8187826 8187846 TAGGATTCAATCCTTGCTGCT Oni-miR1425* 8187883 8187903 CAGCAAGAACTGGATCTTAAT 3 Oni-MIR1427 PmiREN013701 MIR1427 Oryza nivara Oni-8 8349824 8350029 + GTCCCGCAGGCCAGCGCCGCGCCACCGCGCGGTTCCGCAGCAGGGACATGCGCCACCCGTTACAGCCAACTGAAATCTGCACTGATTTGATTACATGCGCGCGTATATATGCAGTGCATGCAGCGAGTGTGCGCTGTTCCTGGATTTGGTCGCGCGTGGCTGTGCTGCGGAACCGTGCGGTGGCGCGGCGCCGGCCTGCGGGACCG ((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((.(((.....(((.....(.(((((......))))).)...(((((((((((....)))).)))))))(((((......)))))...))).....))).))))))).)).))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))).. 8349844 8350009 GCCACCGCGCGGTTCCGCAGCAGGGACATGCGCCACCCGTTACAGCCAACTGAAATCTGCACTGATTTGATTACATGCGCGCGTATATATGCAGTGCATGCAGCGAGTGTGCGCTGTTCCTGGATTTGGTCGCGCGTGGCTGTGCTGCGGAACCGTGCGGTGGCGC ((((((((((((((((((((((.((.(((((((.(((.....(((.....(.(((((......))))).)...(((((((((((....)))).)))))))(((((......)))))...))).....))).))))))).)).)))))))))))))))))))))).. Oni-miR1427 8349989 8350009 TGCGGAACCGTGCGGTGGCGC Oni-miR1427* 8349844 8349864 GCCACCGCGCGGTTCCGCAGC 3 Oni-MIR1428 PmiREN013702 MIR1428 Oryza nivara Oni-11 16759019 16759150 + ATAGGTTAGTGCGCTTGGCGAATTCACAGGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGGGTACGCGATGATTTGCACTGCGTATTGGGGGCTTACCATAAGATAATGCCATGAATTTGTCAAGCGTTCAAACCCACTG ...((((.(.((((((((((((((((..(((..((((((((((((.(..((.((((((((.((.....)).)))))))).))..).))))))))))))..))).)))))))))))))))).).))))..... 16759039 16759130 AATTCACAGGCCCTATCTTGTGGTATGAACTGGGTACGCGATGATTTGCACTGCGTATTGGGGGCTTACCATAAGATAATGCCATGAATTTG ((((((..(((..((((((((((((.(..((.((((((((.((.....)).)))))))).))..).))))))))))))..))).)))))).. Oni-miR1428 16759110 16759130 TAAGATAATGCCATGAATTTG Oni-miR1428* 16759039 16759059 AATTCACAGGCCCTATCTTGT 3 Oni-MIR1432 PmiREN013703 MIR1432 Oryza nivara Oni-7 17823329 17823467 - TGGGGGGTTTGGGCCCTGTGATCAGGAGAGATGACACCGACATCGCTGGAATTCGTTCTTGGTCTTGTGCCATGATGAATTGATGGTCCGTTTGATGCAGGTGTCATCTCCCCTGAACATAGGACTGACTGACCCTGAA ...((((((..((.((((((.(((((.(((((((((((..(((((.(((((((((((..((((.....)))).)))))))......))))..)))))..))))))))))).))))).)))))).))....))))))... 17823349 17823447 ATCAGGAGAGATGACACCGACATCGCTGGAATTCGTTCTTGGTCTTGTGCCATGATGAATTGATGGTCCGTTTGATGCAGGTGTCATCTCCCCTGAACA .(((((.(((((((((((..(((((.(((((((((((..((((.....)))).)))))))......))))..)))))..))))))))))).)))))... Oni-miR1432 17823427 17823447 ATCAGGAGAGATGACACCGAC Oni-miR1432* 17823349 17823369 AGGTGTCATCTCCCCTGAACA 3 Oni-MIR1846 PmiREN013768 MIR1846 Oryza nivara Oni-1 38629331 38629466 + CTCCAGCTGCTGCCTGTCCCTCCCACCGAGCAGCCGGATCTCCCAGTGAGTAGGCCCGGGCCGCCAGATCCGGTGACCCCGGTCTCCTCGCCGGTGTATCCGGCGCCGCAGGGAGGGACGAGAGCCGCCGGCGCTG ...........(((((((((((((..((.((.(((((((..(((.(((((.(((((.(((.((((......)))).))).))))).))))).)).).)))))))))))..))))))))).)).))........... 38629351 38629446 TCCCACCGAGCAGCCGGATCTCCCAGTGAGTAGGCCCGGGCCGCCAGATCCGGTGACCCCGGTCTCCTCGCCGGTGTATCCGGCGCCGCAGGGAGG ((((..((.((.(((((((..(((.(((((.(((((.(((.((((......)))).))).))))).))))).)).).)))))))))))..)))).. Oni-miR1846 38629351 38629372 TCCCACCGAGCAGCCGGATCTC Oni-miR1846* 38629426 38629446 GTATCCGGCGCCGCAGGGAGG 3 Oni-MIR1859 PmiREN013769 MIR1859 Oryza nivara Oni-1 620791 620906 - ATGAGCTTGTGGGAGTTGTAGGAATGGATGCGTAGAGAAAGAAATGAAATCTGAACCAGATTTGTGATTGATTCTTTCCTATGACGTCCATTCCAATGATTCCCAGTCGCTCCTTC ..((((...((((((((((.(((((((((((((((.(((((((...(((((((...)))))))........)))))))))))).)))))))))).))))))))))...)))).... 620811 620886 GGAATGGATGCGTAGAGAAAGAAATGAAATCTGAACCAGATTTGTGATTGATTCTTTCCTATGACGTCCATTCCAA (((((((((((((((.(((((((...(((((((...)))))))........)))))))))))).)))))))))).. Oni-miR1859 620811 620832 TTTCCTATGACGTCCATTCCAA Oni-miR1859* 620866 620886 GGAATGGATGCGTAGAGAAAG 3 Oni-MIR1862 PmiREN013770 MIR1862 Oryza nivara Oni-10 4170077 4170190 + CTTGCTAGGTACTCCCTCTGTCCCAAAATAAACAAAGCTAGTACGGGGATGTGGCACTTCCTAGTCCTGTACTAGGTTTGTTTATTTTGGGACGGAGGGAGTATCATAGTTTGT (..(((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((.((..((.....))..)))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))).))))..). 4170097 4170170 TCCCAAAATAAACAAAGCTAGTACGGGGATGTGGCACTTCCTAGTCCTGTACTAGGTTTGTTTATTTTGGGACG ((((((((((((((((.((((((((((.((..((.....))..)))))))))))).)))))))))))))))).. Oni-miR1862 4170147 4170170 ACTAGGTTTGTTTATTTTGGGACG Oni-miR1862* 4170097 4170117 TCCCAAAATAAACAAAGCTAG 3 Oni-MIR1865 PmiREN013771 MIR1865 Oryza nivara Oni-3 33491302 33491463 + CCTCGCGAACTCGAACTACTGCTAGTGATGATGATTCTTCGATACAGTATTCGGCTAGTTTTGGGCTTCATCATGCGGTGCTCGACATGGTGACGAAGCCTGAACTTGCCAAAGACTGTCGAAGAATCGCAGTCACTAGTTGTAATTTGACTCCGTTGAGTT ..........(((((.(((.(((((((((..(((((((((((..((((.((.(((.(((((.(((((((((((((((.....)).))))))))...)))))))))).))).)).)))))))))))))))..))))))))).))).)))))............ 33491322 33491443 GCTAGTGATGATGATTCTTCGATACAGTATTCGGCTAGTTTTGGGCTTCATCATGCGGTGCTCGACATGGTGACGAAGCCTGAACTTGCCAAAGACTGTCGAAGAATCGCAGTCACTAGTTG (((((((((..(((((((((((..((((.((.(((.(((((.(((((((((((((((.....)).))))))))...)))))))))).))).)).)))))))))))))))..))))))))).. Oni-miR1865 33491422 33491443 GAAGAATCGCAGTCACTAGTTG Oni-miR1865* 33491322 33491342 GCTAGTGATGATGATTCTTCG 3 Oni-MIR1874 PmiREN013772 MIR1874 Oryza nivara Oni-8 7672509 7672641 - TTAGTCCAGTGGTGAAGACATAGGGCTACTACACCATCCATAAGGGTTCGAATCTTCGATGTGCCTAGATAGGGTACGGTTGGATCCCATATGGATGGAGGTGTAACCCGATGCCTTTTACAAATAGATGGTT ..................(((.(((.(((.((.(((((((((.(((.((.((((......((((((.....)))))))))).)).))).)))))))))..))))).))).))).................... 7672529 7672621 TAGGGCTACTACACCATCCATAAGGGTTCGAATCTTCGATGTGCCTAGATAGGGTACGGTTGGATCCCATATGGATGGAGGTGTAACCCGATG (.(((.(((.((.(((((((((.(((.((.((((......((((((.....)))))))))).)).))).)))))))))..))))).))).).. Oni-miR1874 7672529 7672552 TATGGATGGAGGTGTAACCCGATG Oni-miR1874* 7672601 7672621 TAGGGCTACTACACCATCCAT 3 Oni-MIR2275a PmiREN013773 MIR2275 Oryza nivara Oni-7 11858686 11858812 - TTGTTCAGGCACTGGAAGTGAGAATTGAAGGAAAACAAACTGATTGCTGGTTGATGCTTGCAACAGTGTGGCAAACAATGTTCAGCTTGTTTTTCTCCAATATCTCACCTTCAGGTTGATTGCTTGA .................((((((((((.((((((((((.((((.(((.(((....))).)))(((.(((.....))).))))))).)))))))))).)))).))))))................... 11858706 11858792 AGAATTGAAGGAAAACAAACTGATTGCTGGTTGATGCTTGCAACAGTGTGGCAAACAATGTTCAGCTTGTTTTTCTCCAATATCTCA (((((((.((((((((((.((((.(((.(((....))).)))(((.(((.....))).))))))).)))))))))).)))).))).. Oni-miR2275a 11858706 11858727 CTTGTTTTTCTCCAATATCTCA Oni-miR2275a* 11858772 11858792 AGAATTGAAGGAAAACAAACT 3 Oni-MIR2275b PmiREN013774 MIR2275 Oryza nivara Oni-8 3173141 3173267 - TTGTTCAGGCACTGGAAGTGAGAATTGGAGGAAAACAAACTGATTGCTGGTTGTTGTTTGCAACAGTGTGGCAAACAATGTTCAGCTTGTTTTTCTCCAATATCTCACCTTCAGGTTGATTGCTTGA ............((((.(((((((((((((((((((((.......(((((.((((((((((.((...)).)))))))))).)))))))))))))))))))).)))))).)))).............. 3173161 3173247 AGAATTGGAGGAAAACAAACTGATTGCTGGTTGTTGTTTGCAACAGTGTGGCAAACAATGTTCAGCTTGTTTTTCTCCAATATCTCA ((((((((((((((((((.......(((((.((((((((((.((...)).)))))))))).)))))))))))))))))))).))).. Oni-miR2275b 3173227 3173247 AGAATTGGAGGAAAACAAACT Oni-miR2275b* 3173161 3173181 TTGTTTTTCTCCAATATCTCA 3 Oni-MIR2275c PmiREN013775 MIR2275 Oryza nivara Oni-8 3172964 3173067 - TATATGTGCCATTTGAAATGAGGATTAGAGGGAACTGAACCATTTTGATGAATATCAGAAGGTTCAGTTTCCTCTAATATCTCGCCTTGAATGGCCCATCCGGA ...(((.(((((((((..(((((((((((((((((((((((.(((((((....))))))))))))))))))))))))).)))))..))))))))).)))..... 3172984 3173047 AGGATTAGAGGGAACTGAACCATTTTGATGAATATCAGAAGGTTCAGTTTCCTCTAATATCTCG (((((((((((((((((((((.(((((((....))))))))))))))))))))))))).))).. Oni-miR2275c 3172984 3173005 TTCAGTTTCCTCTAATATCTCG Oni-miR2275c* 3173027 3173047 AGGATTAGAGGGAACTGAACC 3 Oni-MIR2863 PmiREN013776 MIR2863 Oryza nivara Oni-2 4011746 4011866 - CGTGGATACTCCTTTACCCACACTAGTTCAACTAAATGAACTAAATTTCACTTTTAGAATCACAAAAAATGAAATGTAGTTCGTTTATTTGGACTAGAGTGGGTCAATTAGTATCTATGGG ((((((((((..((.((((((.(((((((((.(((((((((((.((((((.((((.(.....).)))).)))))).))))))))))).))))))))).)))))).))..)))))))))).. 4011766 4011846 CACTAGTTCAACTAAATGAACTAAATTTCACTTTTAGAATCACAAAAAATGAAATGTAGTTCGTTTATTTGGACTAGAGTG (.(((((((((.(((((((((((.((((((.((((.(.....).)))).)))))).))))))))))).))))))))).).. Oni-miR2863 4011766 4011786 TCGTTTATTTGGACTAGAGTG Oni-miR2863* 4011826 4011846 CACTAGTTCAACTAAATGAAC 3 Oni-MIR2871 PmiREN013777 MIR2871 Oryza nivara Oni-10 6083799 6083946 - TGATGGCTGCCCACCATGGTGACCATAGAAACTAACATAGAAAAAGAGGTAGATATCTCAAGTGACTTTGTTCATTTACGTTGGGATAGACAAGTAACTACCTTTTCTATTTTAGTTTCTATGGTCACTATGGTGGCAGCCATGATAG (.(((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((((...(((((((.((((((((((((..........)))).)))))))).........))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))).)... 6083819 6083926 GACCATAGAAACTAACATAGAAAAAGAGGTAGATATCTCAAGTGACTTTGTTCATTTACGTTGGGATAGACAAGTAACTACCTTTTCTATTTTAGTTTCTATGGTCAC (((((((((((((((.((((((...(((((((.((((((((((((..........)))).)))))))).........))))))))))))).))))))))))))))).. Oni-miR2871 6083819 6083839 TATTTTAGTTTCTATGGTCAC Oni-miR2871* 6083906 6083926 GACCATAGAAACTAACATAGA 3 Oni-MIR3979 PmiREN013802 MIR3979 Oryza nivara Oni-12 4525503 4525634 - AACGGCACGGTTTTCTTGGATCTCTCTCTCCCTTGAAGGCTATCTCATGGAGGTTTGATGTACACCATTGTTGCCTAAGAAACTGAGAAAGCCTTCGGGGGAGGAGAGAATCCAAGCAAGCCACAGTGTCTA ...((((((((((.((((((((((((.((((((((((((((.((((((..((((.(((((.....)))))..))))..)....))))).))))))))))))))))))).))))))).)))))...))))).. 4525523 4525614 TCTCTCTCTCCCTTGAAGGCTATCTCATGGAGGTTTGATGTACACCATTGTTGCCTAAGAAACTGAGAAAGCCTTCGGGGGAGGAGAGAATC ((((((.((((((((((((((.((((((..((((.(((((.....)))))..))))..)....))))).))))))))))))))))))).).. Oni-miR3979 4525594 4525614 TCTCTCTCTCCCTTGAAGGCT Oni-miR3979* 4525523 4525543 CCTTCGGGGGAGGAGAGAATC 3 Oni-MIR5144 PmiREN013809 MIR5144 Oryza nivara Oni-1 23499126 23499342 - ACTCCCACGCTCACCAGCTTCCTCCGGAGCCGCGCAAGAAAGCTCTGACGAAGAGGACATGGTTGCTTGTCATCCAGAACTGAAACCACCTTCCCAAGGAAAAAGGAGGCAATCTTCTCCTTGAATTGCCTGTCTATGTCTGTGTTTCTCCTTATGGCTGTCCTCCATATTATTCTTCTTGTGCTGCTGAAGAGACTCACCGACCTGCGGCGGCGGC ........(((....)))...(((...(((.(((((((((............((((((((((((.....((.....)).....)))))..((((...))))..(((((((((((........).))))))).)))..(((.(((........)))))))))))))..........))))))))).)))...))).....(((.....)))....... 23499146 23499322 CCTCCGGAGCCGCGCAAGAAAGCTCTGACGAAGAGGACATGGTTGCTTGTCATCCAGAACTGAAACCACCTTCCCAAGGAAAAAGGAGGCAATCTTCTCCTTGAATTGCCTGTCTATGTCTGTGTTTCTCCTTATGGCTGTCCTCCATATTATTCTTCTTGTGCTGCTGAAGAGACT .(((...(((.(((((((((............((((((((((((.....((.....)).....)))))..((((...))))..(((((((((((........).))))))).)))..(((.(((........)))))))))))))..........))))))))).)))...)))... Oni-miR5144 23499146 23499166 TCTTGTGCTGCTGAAGAGACT Oni-miR5144* 23499302 23499322 CCTCCGGAGCCGCGCAAGAAA 3 Oni-MIR9777 PmiREN013816 MIR9777 Oryza nivara Oni-2 1578363 1578523 - TTTGTGGTTTTGGTGGATTGTGCCGTGATGATTGCTCGCTTATTTCTGACACCTCTTGTATGAGAAGTTGTTCTTTCCTCTTCCTTGGGGATGAGGAGGAGCACTTCGCTGAGCAGATTGTAGCAAATATATCTGAGCACACGCATCCTCGCTCATTAAAA ((.(((((...((((...(((((((.((((.(((((.((.....((((....(((..((....(((((.((((((.((((.(((....))).))))))))))))))))).)))))))..)))))))...)))))).)))))..))))...)).))).)).. 1578383 1578503 TGCCGTGATGATTGCTCGCTTATTTCTGACACCTCTTGTATGAGAAGTTGTTCTTTCCTCTTCCTTGGGGATGAGGAGGAGCACTTCGCTGAGCAGATTGTAGCAAATATATCTGAGCACA (((((.((((.(((((.((.....((((....(((..((....(((((.((((((.((((.(((....))).))))))))))))))))).)))))))..)))))))...)))))).))).. Oni-miR9777 1578383 1578404 GTAGCAAATATATCTGAGCACA Oni-miR9777* 1578483 1578503 TGCCGTGATGATTGCTCGCTT 3 Oni-MIR11337a PmiREN013693 MIR11337 Oryza nivara Oni-12 11395468 11395616 - CCATAACCTCTAGGATAATTTACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTAACGGATGATTAATGTAGCATCACTGTAGTAAATCATGGATTAATATACCTCGTCAGATTCGTCTCGCAAATTAACCCAGGGGTTATAAAA ...((((((((.((.((((((.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((.((((.........))))))))....))))))))))))))))))))))).)))))))))))).)))))).)).))))))))..... 11395488 11395596 TACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTAACGGATGATTAATGTAGCATCACTGTAGTAAATCATGGATTAATATACCTCGTCAGATTCGTCTCGCAAA (.((((((((((((.(((((((((((((((((((((((.((((.((((.........))))))))....))))))))))))))))))))))).)))))))))))).).. Oni-miR11337a 11395576 11395596 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337a* 11395488 11395508 TCGTCAGATTCGTCTCGCAAA 3 Oni-MIR11337b PmiREN013694 MIR11337 Oryza nivara Oni-2 17619124 17619272 - CCATAACCCCTAGACTATTTTACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATTCATGATTTGCTATAATGATGCTACAATAATCAGCTGCTAATCATGGATTAATACACATAATTAGATTTGTCTCGCAAAATAGCCTAAGAGTTATGGAA (((((((.(.(((.(((((((.((((((((((((((....((.(((((((((((((((.((.....((((.........))))...)).))))))))))))))).))....)))))))))))))).))))))).))).).))))))).. 17619144 17619252 TACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATTCATGATTTGCTATAATGATGCTACAATAATCAGCTGCTAATCATGGATTAATACACATAATTAGATTTGTCTCGCAAA (.((((((((((((((....((.(((((((((((((((.((.....((((.........))))...)).))))))))))))))).))....)))))))))))))).).. Oni-miR11337b 17619232 17619252 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337b* 17619144 17619164 TAATTAGATTTGTCTCGCAAA 3 Oni-MIR11337c PmiREN013695 MIR11337 Oryza nivara Oni-2 11830713 11830861 - CTATAACCCCTAGGCTATTTTACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTTGCTACAGTAATGCTACAGTAATCATCCGCTAATCATGGATTAATATATCTTATTAGATTCGTCTCATAAAATAGCCTAGGGGTTATAGAA ((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((.(((....))).))).......)).))))))))))))))))))))).))))))))))))).)))))))))))))))))))))).. 11830733 11830841 TACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTTGCTACAGTAATGCTACAGTAATCATCCGCTAATCATGGATTAATATATCTTATTAGATTCGTCTCATAAA ((.(((((((((((((.(((((((((((((((((((((.(((((.(((....))).))).......)).))))))))))))))))))))).))))))))))))).)).. Oni-miR11337c 11830821 11830841 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337c* 11830733 11830753 TTATTAGATTCGTCTCATAAA 3 Oni-MIR11337d PmiREN013696 MIR11337 Oryza nivara Oni-2 8325972 8326120 - CCATAACCCCTAGACTATTTTACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTTGCTACAGTGATGCTACAGTAATCAGCCGCTAATTATGGATTAATATACATCATTAGATTCATCTCGCAAAATAGCCTCGAGGTTATGGAA ((((((((.(.((.(((((((.(((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.((.....((((.........))))...)).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))).))))))).)).).)))))))).. 8325992 8326100 TACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTTGCTACAGTGATGCTACAGTAATCAGCCGCTAATTATGGATTAATATACATCATTAGATTCATCTCGCAAA (.(((((.((((((((.((.((((((((((((((((((.((.....((((.........))))...)).)))))))))))))))))).)).)))))))).))))).).. Oni-miR11337d 8326080 8326100 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337d* 8325992 8326012 TCATTAGATTCATCTCGCAAA 3 Oni-MIR11337e PmiREN013697 MIR11337 Oryza nivara Oni-3 32387018 32387166 - CCATAATACCTAGGCTATTTTACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATTTATAGTTAGCTGATGAATACTGTAGCATCACGGTAGCAAATCATAGATTAATATACCTCGTTATATTCATCTCGCAAAATAGCCCAGGGGTTATAGCC ..(((((.(((.(((((((((.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((.(((.......(((((......)))))))).))).))))))))))))))))))))).)))).))))).))))))))).))).))))).... 32387038 32387146 TACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATTTATAGTTAGCTGATGAATACTGTAGCATCACGGTAGCAAATCATAGATTAATATACCTCGTTATATTCATCTCGCAAA (.(((((.((((.(((((((((((((((((((((.(((.(((.......(((((......)))))))).))).))))))))))))))))))))).)))).))))).).. Oni-miR11337e 32387126 32387146 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337e* 32387038 32387058 TCGTTATATTCATCTCGCAAA 3 Oni-MIR11337f PmiREN013698 MIR11337 Oryza nivara Oni-5 17634887 17635035 - CCATAACCCCTTGGCTAATTTACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTAACGGATGATTACTGTAGCATCACTGTAGCAAATCATAGATTAATATACCTCGTTAGATTCGTCTTGCAAATTAGCCCGGGGATTATGGAA ((((((.((((.(((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((.((((.........))))))))....)))))).))))))))))))))))))))))))))))).))))))))).)))).)))))).. 17634907 17635015 TACGAGACGAATCTAACGAGGTATATTAATCCATGATTAACGGATGATTACTGTAGCATCACTGTAGCAAATCATAGATTAATATACCTCGTTAGATTCGTCTTGCAAA (.(((((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((.((((.........))))))))....)))))).))))))))))))))))))))))))))))).).. Oni-miR11337f 17634995 17635015 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337f* 17634907 17634927 TCGTTAGATTCGTCTTGCAAA 3 Oni-MIR11337g PmiREN013699 MIR11337 Oryza nivara Oni-9 2537468 2537605 - CCATAACCCCTAGGCTATTTTACGAGACGAATCTAACGAGGTACATTAATCTATGATTAGCGAATGATTACTGTAGCAAATCATGGATTAATATATCTAGTTAGATTCGTCTCACAAAATAGCCTAGGGTTATGGAAT (((((((((.(((((((((((..((((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((..............)).)))))))))))))).))))).))))))))))))))..))))))))))))))))))))... 2537488 2537585 TACGAGACGAATCTAACGAGGTACATTAATCTATGATTAGCGAATGATTACTGTAGCAAATCATGGATTAATATATCTAGTTAGATTCGTCTCACAAA (..((((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((..............)).)))))))))))))).))))).))))))))))))))..).. Oni-miR11337g 2537565 2537585 TACGAGACGAATCTAACGAGG Oni-miR11337g* 2537488 2537508 TAGTTAGATTCGTCTCACAAA 3 Oni-MIRN221 PmiREN013829 MIRN221 Oryza nivara Oni-6 1150105 1150363 - TCTAACCACTGAGTTAAGTAGGCAATTTATCACCACAAAGGAAGACCCTTTACTTCGATCGATTATAGATCGAATCCTTTTTATAAGCAAATACCGCTTCGTTATTGGTATGTTATTATAGTAAACAGATCAAAGGATATCCTCTACTATTAGAGAATATTCATCTTGACAAGAAATTCTCTATATATTAAGATATCTCTGACAAGGGCTATAGCTCAGTTCGGTAGAGCAACTCGTTTACACGTGCGCC ((((.((((((((((..((((.(.............(((((.....)))))..(((((((.......)))))))..........((((.......)))).((((..(((((.(((.(((((........((((.((((((.(((((....))))).))))))...))))...........)))))...))).)))))..))))...).))))))))))))..))))))(((...(((....))))))... 1150125 1150343 CCACTGAGTTAAGTAGGCAATTTATCACCACAAAGGAAGACCCTTTACTTCGATCGATTATAGATCGAATCCTTTTTATAAGCAAATACCGCTTCGTTATTGGTATGTTATTATAGTAAACAGATCAAAGGATATCCTCTACTATTAGAGAATATTCATCTTGACAAGAAATTCTCTATATATTAAGATATCTCTGACAAGGGCTATAGCTCAGTTCGG ((((((((((..((((.(.............(((((.....)))))..(((((((.......)))))))..........((((.......)))).((((..(((((.(((.(((((........((((.((((((.(((((....))))).))))))...))))...........)))))...))).)))))..))))...).))))))))))))..)) Oni-miRN221 1150125 1150144 AGGGCTATAGCTCAGTTCGG Oni-miRN221* 1150323 1150343 CCACTGAGTTAAGTAGGCAAT 3 Oni-MIRN1147 PmiREN013837 MIRN1147 Oryza nivara Oni-1 35273343 35273598 + GCCGAGTCGGCCGCTGCTCCCTGATGATGATCTTCAGTACACACGGCAAACGTTCACATGGATTCGGTGACGACCAAATAACCTCGGAGCCGATTAGATTAATCCGGCGATACTAGATTAATTTCGGCCGTTTAGCCAAAACTTGGATTTGACGAAACGGTAGCTACTTGATTAAACAAAATTCGGCCGTGATATAGCCGATTAGATCGTTCCCCAGCGGAGTCGCCAAAAATCGTGTTGGCAACTTTTT (((((..(((..((.((((((((..((((((((((.((...((((((....((((....))))(((((..(((..........)))..)))))..(((((((((.((.....)).)))))))))..(((((((.(.((((.......)))).).)))))))......(((......)))......)))))).....)).))..))))))))...))).))))).))......)))..)))))........ .-66. 35273363 35273578 GCTGCTCCCTGATGATGATCTTCAGTACACACGGCAAACGTTCACATGGATTCGGTGACGACCAAATAACCTCGGAGCCGATTAGATTAATCCGGCGATACTAGATTAATTTCGGCCGTTTAGCCAAAACTTGGATTTGACGAAACGGTAGCTACTTGATTAAACAAAATTCGGCCGTGATATAGCCGATTAGATCGTTCCCCAGCGGAGTCGCCA ((.((((((((..((((((((((.((...((((((....((((....))))(((((..(((..........)))..)))))..(((((((((.((.....)).)))))))))..(((((((.(.((((.......)))).).)))))))......(((......)))......)))))).....)).))..))))))))...))).))))).)).. Oni-miRN1147 35273558 35273578 CGTTCCCCAGCGGAGTCGCCA Oni-miRN1147* 35273363 35273383 GCTGCTCCCTGATGATGATCT 3 Oni-MIRN2170 PmiREN013846 MIRN2170 Oryza nivara Oni-12 14919059 14919204 - GTGCAATTTGGTTGGCTCAAAGGCTGATCCACTCCAGAGGAGGTTTCATAGGACAGATCCCCTCGATTCATTGTCACTCGTTCATGGATCATCCCGATGAACATCCTCAGGAGTGGATTGGGCTTCAAGACAGCAAATTATACTTC ....((((((.(((.((..(((.((((((((((((.(((((.(((.(((.(((..(((((...(((...........))).....))))).)))..)))))).))))).)))))))))))).)))..)).)))))))))....... 14919079 14919184 AGGCTGATCCACTCCAGAGGAGGTTTCATAGGACAGATCCCCTCGATTCATTGTCACTCGTTCATGGATCATCCCGATGAACATCCTCAGGAGTGGATTGGGCTTC ((.((((((((((((.(((((.(((.(((.(((..(((((...(((...........))).....))))).)))..)))))).))))).)))))))))))).)).. Oni-miRN2170 14919079 14919099 CTCAGGAGTGGATTGGGCTTC Oni-miRN2170* 14919164 14919184 AGGCTGATCCACTCCAGAGGA 3 Oni-MIRN2196 PmiREN013839 MIRN2196 Oryza nivara Oni-10 6370369 6370501 - GAAGAGAAGCTGAACCCAGAGGAGTGGTACTGAGAACACAGGTGCCAATACAATGTATGGTGAGCTACTGTATAATGGAGTAATTCTGTAACTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGGGTTTCTTCTCATGATTC .....((((..(((((((((((.((((..((((((((((((..((((.(((...)))))))(((.((((.((...)).)))).))).....)))))))))))).)))).)))))))))))))))......... 6370389 6370481 GGAGTGGTACTGAGAACACAGGTGCCAATACAATGTATGGTGAGCTACTGTATAATGGAGTAATTCTGTAACTGTGTTCTCAGGTCACCCCTT ((.((((..((((((((((((..((((.(((...)))))))(((.((((.((...)).)))).))).....)))))))))))).)))).)).. Oni-miRN2196 6370460 6370481 GGAGTGGTACTGAGAACACAGG Oni-miRN2196* 6370389 6370409 TGTGTTCTCAGGTCACCCCTT 3 Oni-MIRN2205 PmiREN013820 MIRN2205 Oryza nivara Oni-5 3888114 3888261 + GTGATGGCTGCCCACCATGGTGACCGTAGAAACTAGCATAGAAAAAAGTAGATATCTCAAGTGACTTTGTTCATTTACGTTGGGATAGTCAAGTAACTACCTTTTCTATTTTAGTTTCTATGGTCACTTTGGTGGCAGCCATGATAGA ((.(((((((((.((((.((((((((((((((((((.((((((((..((((.((((((((((((..........)))).)))))))).........)))).)))))))).)))))))))))))))))).))))))))))))).))... 3888134 3888241 TGACCGTAGAAACTAGCATAGAAAAAAGTAGATATCTCAAGTGACTTTGTTCATTTACGTTGGGATAGTCAAGTAACTACCTTTTCTATTTTAGTTTCTATGGTCACT ((((((((((((((((.((((((((..((((.((((((((((((..........)))).)))))))).........)))).)))))))).)))))))))))))))).. Oni-miRN2205 3888134 3888154 TGACCGTAGAAACTAGCATAG Oni-miRN2205* 3888221 3888241 ATTTTAGTTTCTATGGTCACT 3 Oni-MIRN2208a PmiREN013818 MIRN2208 Oryza nivara Oni-1 10261949 10262104 - AACTAATTACACAGATAGAGGCTAATTTGCGAGATTAATCTATTAAGCCTAATTAATTCATGATTAATTACTGTAGCACTACATTGTTAAATCATGGACTAATTAGTCTTAATAGATTCGTCTCGCAAATTAGCCTCCATCCGTGTAATTAGTTTT ((((((((((((.(((.((((((((((((((((((.(((((((((((.(((((((.(((((((((...((.((((....)))).))...))))))))).))))))).))))))))))).)))))))))))))))))).))).)))))))))))).. 10261969 10262084 GCTAATTTGCGAGATTAATCTATTAAGCCTAATTAATTCATGATTAATTACTGTAGCACTACATTGTTAAATCATGGACTAATTAGTCTTAATAGATTCGTCTCGCAAATTAGCCT (((((((((((((((.(((((((((((.(((((((.(((((((((...((.((((....)))).))...))))))))).))))))).))))))))))).))))))))))))))).. Oni-miRN2208a 10261969 10261989 ATTCGTCTCGCAAATTAGCCT Oni-miRN2208a* 10262064 10262084 GCTAATTTGCGAGATTAATCT 3 Oni-MIRN2208b PmiREN013821 MIRN2208 Oryza nivara Oni-7 4339245 4339377 - ACTCATTCCATAACCTCTGGGCTAATTTACGAGACGAATTGAACGAGGTATATTAATCCGTGATTTAATCATGGATTAATATACCTCGTTAGATTCGTCTCGCAAATTAGCCTATGGGTTATGGAATAGGTTT (((.((((((((((((.(((((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))))))))).)))))))))))).))).. 4339265 4339357 GCTAATTTACGAGACGAATTGAACGAGGTATATTAATCCGTGATTTAATCATGGATTAATATACCTCGTTAGATTCGTCTCGCAAATTAGCCT ((((((((.(((((((((((.(((((((((((((((((((((((...))))))))))))))))))))))).))))))))))).)))))))).. Oni-miRN2208b 4339265 4339285 ATTCGTCTCGCAAATTAGCCT Oni-miRN2208b* 4339337 4339357 GCTAATTTACGAGACGAATTG 3 Oni-MIRN2208c PmiREN013850 MIRN2208 Oryza nivara Oni-10 6094786 6094948 + TGAAACCGGGGGGAGTAGAGGCTAATTGGCAAGACAAATCTACTAATACTAATTAGTCCATGATTTGACAATGTAGTGCTACAGTAAATATGTGATAATTAAAGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTCGCAAATTAGCCTCCATCTGAGTAATTAGTCTA .................((((((((((.((.((((.((((((.(((..((((((((((..((((((.(((...((.((...)).))....))).).)))))..))))))))))..))).)))))).)))).)).))))))))))...((((....)))).... 6094806 6094928 GCTAATTGGCAAGACAAATCTACTAATACTAATTAGTCCATGATTTGACAATGTAGTGCTACAGTAAATATGTGATAATTAAAGATTAATTAGGCTTAATAGATTCGTCTCGCAAATTAGCCT (((((((.((.((((.((((((.(((..((((((((((..((((((.(((...((.((...)).))....))).).)))))..))))))))))..))).)))))).)))).)).))))))).. Oni-miRN2208c 6094908 6094928 ATTCGTCTCGCAAATTAGCCT Oni-miRN2208c* 6094806 6094826 GCTAATTGGCAAGACAAATCT 3 Oni-MIRN2209 PmiREN013819 MIRN2209 Oryza nivara Oni-4 10822135 10822347 - TATATCTTTAATACACACTTCATTTTTTGTTTTCACCAATTTCAAGATGATAGGGTGGGCGGACATTGGAAAAATCTTGTCCGCGATAGCACCACTCTATTTCGCCCTTGCATTGGGGTACTGCTCTTCCAGGCGGTGGTGGTGGCGAATCTTTACGCCCACAACCTGAGAATTGGTGAGTGACGCAAGAGAAAAGCCTACGGTGTGCCCATG ..................(((.((((.(((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((..(((....)))))))))).......))))))))))))(((((......)))))((((((......))))))(((.((((((........)).)))).))))))).))))))))).)))).)))))))....(...((....))...) 10822155 10822327 CATTTTTTGTTTTCACCAATTTCAAGATGATAGGGTGGGCGGACATTGGAAAAATCTTGTCCGCGATAGCACCACTCTATTTCGCCCTTGCATTGGGGTACTGCTCTTCCAGGCGGTGGTGGTGGCGAATCTTTACGCCCACAACCTGAGAATTGGTGAGTGACGCAAGAGAA (.((((.(((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((..(((....)))))))))).......))))))))))))(((((......)))))((((((......))))))(((.((((((........)).)))).))))))).))))))))).)))).))))).. Oni-miRN2209 10822155 10822175 TTGGTGAGTGACGCAAGAGAA Oni-miRN2209* 10822307 10822327 CATTTTTTGTTTTCACCAATT 3 Oni-MIRN2210 PmiREN013824 MIRN2210 Oryza nivara Oni-12 908104 908195 + NNNNNNNNNNNNNNNNGGGCCCCCTCGCCGGCGCGCGCGTGCAGGTGCGCGCGCGGCCGTCGAGTGGCTCCTAGGCGGCGCCTCTTTGCCCC ................(((((..((((.((((.(((((((((....))))))))))))).)))).)))))...................... 908124 908175 GCCCCCTCGCCGGCGCGCGCGTGCAGGTGCGCGCGCGGCCGTCGAGTGGCTC (((..((((.((((.(((((((((....))))))))))))).)))).))).. Oni-miRN2210 908155 908175 CGCGCGGCCGTCGAGTGGCTC Oni-miRN2210* 908124 908144 GCCCCCTCGCCGGCGCGCGCG 3 Oni-MIRN2211a PmiREN013825 MIRN2211 Oryza nivara Oni-1 35337977 35338067 - CCGATAGTAGGGACTTGTGTTTTTGTGAGAAGGACTAAAGTTTAGCCCCACTTTAGTCCCTCCAATCAAACACCACCTTACTCAGACGGAC (((..(((((((....(((((((((.(((..((((((((((........))))))))))))))))..))))))..)))))))....))).. 35337997 35338047 TTTTGTGAGAAGGACTAAAGTTTAGCCCCACTTTAGTCCCTCCAATCAAAC (((((.(((..((((((((((........))))))))))))))))..)).. Oni-miRN2211a 35338027 35338047 TTTTGTGAGAAGGACTAAAGT Oni-miRN2211a* 35337997 35338017 CTTTAGTCCCTCCAATCAAAC 3 Oni-MIRN2211b PmiREN013826 MIRN2211 Oryza nivara Oni-2 16533524 16533637 - TTGGGAAGGAGGGACTAAACTTTTAGTCCCTCTCACAAAAGCATATATAAATCCCTCCCATAGGAACTAAAATTTTTGTGAGAAGGACTAAAGTTTAGTCCCTCTTCCCAAACA ((((((((.((((((((((((((.(((((.(((((((((((..........(((........))).......))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))... 16533544 16533617 TTTTAGTCCCTCTCACAAAAGCATATATAAATCCCTCCCATAGGAACTAAAATTTTTGTGAGAAGGACTAAAGT (((.(((((.(((((((((((..........(((........))).......))))))))))).)))))))).. Oni-miRN2211b 16533544 16533564 TTTTGTGAGAAGGACTAAAGT Oni-miRN2211b* 16533597 16533617 TTTTAGTCCCTCTCACAAAAG 3 Oni-MIRN2212 PmiREN013828 MIRN2212 Oryza nivara Oni-3 31933319 31933443 - AAGGGGGATTGATAAAATGCTACTACCTCCATCCCCAAATATAAGGGACTTTGCCTATGTAATTACATAGGCAAAATCCTTATATTTGAGGATGGAGGTAGTATCAGCTTAGGATCCCTAAACTG ...(((((((..(((..((.((((((((((((((.((((((((((((..(((((((((((....))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))).))..))).)))))))...... 31933339 31933423 TACTACCTCCATCCCCAAATATAAGGGACTTTGCCTATGTAATTACATAGGCAAAATCCTTATATTTGAGGATGGAGGTAGTATC ((((((((((((((.((((((((((((..(((((((((((....))))))))))).)))))))))))).)))))))))))))).. Oni-miRN2212 31933339 31933359 TTTGAGGATGGAGGTAGTATC Oni-miRN2212* 31933403 31933423 TACTACCTCCATCCCCAAATA 3 Oni-MIRN2213 PmiREN013830 MIRN2213 Oryza nivara Oni-7 10824153 10824269 - CAAAGAACAGGAAGACATGGCATGGTATTGACTTGGCTCATCTCAGCAACAGCAAACTGCATGCAGCGCTGGAGGTGAGCCGAGCCAATATCACTTCATGTCCTCTTTTGTTCTGTG ...(((((((((.(((((((..((((((((.(((((((((((((.....((((...(((....))).))))))))))))))))).))))))))..))))))).)))..))))))... 10824173 10824249 CATGGTATTGACTTGGCTCATCTCAGCAACAGCAAACTGCATGCAGCGCTGGAGGTGAGCCGAGCCAATATCACTTC ..((((((((.(((((((((((((.....((((...(((....))).))))))))))))))))).)))))))).... Oni-miRN2213 10824228 10824249 CATGGTATTGACTTGGCTCATC Oni-miRN2213* 10824173 10824193 GAGCCGAGCCAATATCACTTC 3 Oni-MIRN2214 PmiREN013831 MIRN2214 Oryza nivara Oni-8 23082087 23082211 - GGAAAGTTGGGAGATTGGGGGAAGTTGGGTGTGAACTAAACATGGCCTTTGCTGAAGTGCTGCATCTGTGGATTGGGGCCCTGTTTAGTTCACATCAATCTTCCTCCAAATTCCCAACTTTTT .((((((((((((.((((((((((...(((((((((((((((.((((((..((..((........))..))...)))))).)))))))))))))))...)))))))))).)))))))))))). . 23082107 23082191 GAAGTTGGGTGTGAACTAAACATGGCCTTTGCTGAAGTGCTGCATCTGTGGATTGGGGCCCTGTTTAGTTCACATCAATCTTCCT ((((...(((((((((((((((.((((((..((..((........))..))...)))))).)))))))))))))))...)))).. Oni-miRN2214 23082171 23082191 GAAGTTGGGTGTGAACTAAAC Oni-miRN2214* 23082107 23082127 TTAGTTCACATCAATCTTCCT 3 Oni-MIRN2215a PmiREN013832 MIRN2215 Oryza nivara Oni-10 2327287 2327420 - CGTCAATTCTCGATCGTTTTCCGTCCGTCTTGATCGCTATTGACCCAGCCTATGAGGGGTAGAAACGTCATATCGCGTGCGTGACTGGGTCAATAGCGATCAAGGCGGACGGAAAACGATCGAGGATTGACGAA ((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..(((((.(........).)))))((((....)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).. 2327307 2327400 CCGTCCGTCTTGATCGCTATTGACCCAGCCTATGAGGGGTAGAAACGTCATATCGCGTGCGTGACTGGGTCAATAGCGATCAAGGCGGACGGAA ((((((((((((((((((((((((((((..(((((.(........).)))))((((....)))))))))))))))))))))))))))))))).. 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Oni-miRN2216b 15033847 15033867 AACCAACCTAATACCGGATGT Oni-miRN2216b* 15033762 15033782 ATCCGGTACTAGGTTGGTTTT 3 Oni-MIRN2216c PmiREN013842 MIRN2216 Oryza nivara Oni-5 20338092 20338218 + TACTCCCTTTGTCCTATAAAAACCAACCTAATACCGGATGTGACATATTCTAGCTGTTCAAATTTATCGTACTAAAATATATCATATCTGGTACTAAATTCGTTTTTTATGAGATGAAAAGAGTAGA (((((..((((((.(((((((((.((..((.((((((((((((.(((((.(((..................))).))))).)))))))))))).))..)).).)))))))).))))))..))))).. 20338112 20338198 AACCAACCTAATACCGGATGTGACATATTCTAGCTGTTCAAATTTATCGTACTAAAATATATCATATCTGGTACTAAATTCGTTTTT (((.((..((.((((((((((((.(((((.(((..................))).))))).)))))))))))).))..)).).)).. 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