miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Mtr-MIR156a PmiREN011302 MIR156 Medicago truncatula Mtr-chr1 4043005 4043130 - TCAATCGAGAGTAAGGGAGGTGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTACTTTCGTGTATGATGTTTCATTCTCGAAGCTATGTGTGCTCACTCTCTATCTGTCACCCCATCACCATCTTTTTCTTT ...............((.(((((((((((((((((((((((((((((...((((.(.((((....)))).).)))))))))))))))))))))))).))))))))))).................. 4043025 4043110 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACATGGTACTTTCGTGTATGATGTTTCATTCTCGAAGCTATGTGTGCTCACTCTCTATCTGTCACC (((((((((((((((((((((((((((...((((.(.((((....)))).).)))))))))))))))))))))))).))))))).. 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Mtr-miR169g 45202893 45202914 TAAGCCAAGGATGACTTGCCTG Mtr-miR169g* 45202815 45202835 GCGGGTTATCCTAGGCTTTTT 3 Mtr-MIR169h PmiREN011389 MIR169 Medicago truncatula Mtr-chr4 52961714 52961799 - GATTTGAGCCAAAGATGACTTGCCGGCATGCTGCCTGAAAAGCAAGAAGGGTGTTGTTTTGCTGGCAGTTGTCATTGGTTCATGTT (((.((((((((.(((((((.(((((((.((.((((............))))...))..)))))))))))))).)))))))).))) 52961718 52961797 TGAGCCAAAGATGACTTGCCGGCATGCTGCCTGAAAAGCAAGAAGGGTGTTGTTTTGCTGGCAGTTGTCATTGGTTCATG ((((((((.(((((((.(((((((.((.((((............))))...))..)))))))))))))).)))))))).) 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Mtr-miR2592by 14330430 14330451 AAAAACATGAATGTCGGGCGAA Mtr-miR2592by* 14330586 14330606 CGCCCATCATTCATGTTTTTC 3 Mtr-MIR2592bz PmiREN011485 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-chr7 30360793 30361009 + AACGACAAGTCCTCAACATTCGCCCAACATTCATGTTTTTCCTTTGAAAAGATTAAATTCTTGTTAGGCTGGTTTAGATGAAGGTATTGAAGTGTAAAGGAATGAACCTCATTTCGTTGGCACTTGAATACCATCATCTAAAGCAAGCATAACAAAAATTTATTCTTTTCATAGGAAAAACATGAATGTCGGGCGAAATGCTTGAGTCCTGTTGTTT (((((((.(..((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((.((((((.((((.(((((((((.((((((.((((((...(((((((...)))))))....)))))).)))))).))))))))).).))).)))))).)))))).)))))))).))))))))))))))))).))))).)))).)))))..)))))))). 30360813 30360989 CGCCCAACATTCATGTTTTTCCTTTGAAAAGATTAAATTCTTGTTAGGCTGGTTTAGATGAAGGTATTGAAGTGTAAAGGAATGAACCTCATTTCGTTGGCACTTGAATACCATCATCTAAAGCAAGCATAACAAAAATTTATTCTTTTCATAGGAAAAACATGAATGTCGGGCGAA (((((.(((((((((((((((((.((((((((.((((((.((((((.((((.(((((((((.((((((.((((((...(((((((...)))))))....)))))).)))))).))))))))).).))).)))))).)))))).)))))))).))))))))))))))))).))))).. Mtr-miR2592bz 30360968 30360989 AAAAACATGAATGTCGGGCGAA Mtr-miR2592bz* 30360813 30360833 CGCCCAACATTCATGTTTTTC 3 Mtr-MIR2592ca PmiREN011486 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-scaffold0861 2229 2445 - AAAACAAGACTCAAGCATTTCGCCCGGCATTCATGTTTTTCCTTTGAAAAGAATAAATTTTTGTTAGGCTTTCTTTAGATGATGGTATTCAAGTGCCAACGAAATGAGGTTCATTCCTTGATACTTCAATACCTTCATCTGAACCATCCTAACAAGAATTTAATATTTTCAAACGAAAAACATGAATGTCGGGCGAATGCTGAGGAATTTTCGTTTG .........((((.(((((.(((((((((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....(((((((((.((((((.(((((.(((.(((.(((...)))))).))).))))).)))))).)))))))))....)))))))))))))))...)))))))).))))))))))))))))))))))))))))))............. 2249 2425 CGCCCGGCATTCATGTTTTTCCTTTGAAAAGAATAAATTTTTGTTAGGCTTTCTTTAGATGATGGTATTCAAGTGCCAACGAAATGAGGTTCATTCCTTGATACTTCAATACCTTCATCTGAACCATCCTAACAAGAATTTAATATTTTCAAACGAAAAACATGAATGTCGGGCGAA (((((((((((((((((((((.((((((((...(((((((((((((((.....(((((((((.((((((.(((((.(((.(((.(((...)))))).))).))))).)))))).)))))))))....)))))))))))))))...)))))))).))))))))))))))))))))).. Mtr-miR2592ca 2249 2270 AAAAACATGAATGTCGGGCGAA Mtr-miR2592ca* 2405 2425 CGCCCGGCATTCATGTTTTTC 3 Mtr-MIR2592cb PmiREN011487 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-chr6 801596 801789 + CAAGAATTTTTCTTTTCAAAGGAAAACATGAATGCCGGGCGAAATGCTTGAGTCCTGTCGTTTTGCCAGTTTGAATTTACCCCATTCAAAGGTAAGACAATTGTTGTAGTTGGAAGGTACAAACTTGTTAAATGGCAGGACACCGGCATTCGCCCGAGAGTGTTTTTGTTCCATTCTAAATGTTAATTTTTTGT ((((((.((..(.(((..(((((..(((.((((((((((((((.((((.(.((((((((((((.((.((((((....((((...(((((......(((....)))....))))).)))))))))).)).)))))))))))).).))))))))))))...)))))).)))))).))..))).)..)).)))))). 801616 801769 GGAAAACATGAATGCCGGGCGAAATGCTTGAGTCCTGTCGTTTTGCCAGTTTGAATTTACCCCATTCAAAGGTAAGACAATTGTTGTAGTTGGAAGGTACAAACTTGTTAAATGGCAGGACACCGGCATTCGCCCGAGAGTGTTTTTGTTCCAT (((..(((.((((((((((((((.((((.(.((((((((((((.((.((((((....((((...(((((......(((....)))....))))).)))))))))).)).)))))))))))).).))))))))))))...)))))).)))))).. Mtr-miR2592cb 801616 801636 GGAAAACATGAATGCCGGGCG Mtr-miR2592cb* 801749 801769 CCGAGAGTGTTTTTGTTCCAT 3 Mtr-MIR2592cc PmiREN011488 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-scaffold0192 17633 17843 - GTTAGGACTCAAGCATTTCGCTCGGCATTCATGTTTTTCCTTTGGAAAAATTAAATTCTTGTTAGGCTGGTTTAGATGAAGGTATTAAGTGTCAAGGAATGAACCTCATTTCGTTGGCACTTGAATACCATCATCTAAAGCAAGCCTAACAAAAATTTATTCTTTTCAAAGGAAAACATGAATGCCGGGCGAAATGCTTAAGTCATGTTGT .....((((.(((((((((((((((((((((((((((.((((((((((...((((((.(((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((...))))))).)))))))))).))))).))))))))).).)))))))))).))))))...))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))....... 17653 17823 CTCGGCATTCATGTTTTTCCTTTGGAAAAATTAAATTCTTGTTAGGCTGGTTTAGATGAAGGTATTAAGTGTCAAGGAATGAACCTCATTTCGTTGGCACTTGAATACCATCATCTAAAGCAAGCCTAACAAAAATTTATTCTTTTCAAAGGAAAACATGAATGCCGGGCG (((((((((((((((((.((((((((((...((((((.(((((((((((.(((((((((.((((((((((((((((((((((...))))))).)))))))))).))))).))))))))).).)))))))))).))))))...))))))))))))))))))))))))))).. Mtr-miR2592cc 17653 17673 GGAAAACATGAATGCCGGGCG Mtr-miR2592cc* 17803 17823 CTCGGCATTCATGTTTTTCCT 3 Mtr-MIR2592cd PmiREN011489 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-chr1 27035037 27035247 + AACATGACTCAAGCATTTCACCCGGCATTCATGTTTTCCTTTGAAAAGAATAAATTTTTGTTAGGCTTGCATTAGATGATAGTATTCAAGTGCCAACGAAATGAGGTCCATTCCTTGACACTTAATACCTTTATTTAAACCAGCCTAAAAAGAATTTAATTTGTTCAAAGGAAAAACATGAATGTCGAGCGAAATGTTTGAGTCCTGGCTG .....((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((.(((((((.(..((((((((..(((((.(((((.(((.(((.((.....))))).))).))))))))))..))))))))..)))))))).))))))))).))).)))))))).))))))))))))))).).))))))))))))))....... 27035057 27035227 CCCGGCATTCATGTTTTCCTTTGAAAAGAATAAATTTTTGTTAGGCTTGCATTAGATGATAGTATTCAAGTGCCAACGAAATGAGGTCCATTCCTTGACACTTAATACCTTTATTTAAACCAGCCTAAAAAGAATTTAATTTGTTCAAAGGAAAAACATGAATGTCGAGCG (.(((((((((((((((((((((((.(((.(((((((((.(((((((.(..((((((((..(((((.(((((.(((.(((.((.....))))).))).))))))))))..))))))))..)))))))).))))))))).))).)))))))).))))))))))))))).).. Mtr-miR2592cd 27035207 27035227 GAAAAACATGAATGTCGAGCG Mtr-miR2592cd* 27035057 27035077 CCCGGCATTCATGTTTTCCTT 3 Mtr-MIR2592ce PmiREN011490 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-chr1 42571495 42571705 + AATATGACTCAAACATTTCGTCCGGCATTCATGTTTTCCTTTGAAAAGAATAAATTTTTGTTAGGCTTGCTTTAGATGATGGTATTCAAGTGCCAACGAAATGAGGTTCATTCCTTGACACTTAATACCTTCATCTAAACCAGCCTAACAAGAATTTAATCTTTTCAAATGAAAAACATGAATGTCGAGCGAAATGTTTGAGTCTTGGCCG .....((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((.(.(((((((((.((((((.(((((.(((.(((.(((...)))))).))).))))))))))).)))))))))).))))))))))))))))).)))))))))).).))))))))))))))).))))))))))))))))....... 42571515 42571685 TCCGGCATTCATGTTTTCCTTTGAAAAGAATAAATTTTTGTTAGGCTTGCTTTAGATGATGGTATTCAAGTGCCAACGAAATGAGGTTCATTCCTTGACACTTAATACCTTCATCTAAACCAGCCTAACAAGAATTTAATCTTTTCAAATGAAAAACATGAATGTCGAGCG (.((((((((((((((((.((((((((((.(((((((((((((((((.(.(((((((((.((((((.(((((.(((.(((.(((...)))))).))).))))))))))).)))))))))).))))))))))))))))).)))))))))).).))))))))))))))).).. Mtr-miR2592ce 42571665 42571685 GAAAAACATGAATGTCGAGCG Mtr-miR2592ce* 42571515 42571535 TCCGGCATTCATGTTTTCCTT 3 Mtr-MIR2592cf PmiREN011491 MIR2592 Medicago truncatula Mtr-chr4 46816221 46816475 - CAAACTTGCCAAACGGCCAAGACTCAAGCATTTCGCTCGGCATTCATGTTTTTTTCTTTGAAAAGGTTAAATTTTTGTTAGGCCGGTTTAGATGAAGGTATTAGGTGTCAAAGAATGAACCTCATTTCGTTGGCACTTGAATACCATCATCTAAAGCAAGCCTAACAAAAATTTATTCTTTTCAAAGGAAAACATGATTGCCGGGTGAAATGCTTGAGTCTTGTTGTTTCGCAAGTTTGAATTTACCTCA (((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((((((.((((((((((((((((.(.(((((((((.(((((((((((((((.((((((...))))))..)))))))))).))))).))))))))).)..)))))))))))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))........... .-14 46816241 46816455 CGGCCAAGACTCAAGCATTTCGCTCGGCATTCATGTTTTTTTCTTTGAAAAGGTTAAATTTTTGTTAGGCCGGTTTAGATGAAGGTATTAGGTGTCAAAGAATGAACCTCATTTCGTTGGCACTTGAATACCATCATCTAAAGCAAGCCTAACAAAAATTTATTCTTTTCAAAGGAAAACATGATTGCCGGGTGAAATGCTTGAGTCTTGTTGTT ((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((((((.((((((((((((((((.(.(((((((((.(((((((((((((((.((((((...))))))..)))))))))).))))).))))))))).)..)))))))))))))))).))))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).. 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Mtr-miR2593f 13496466 13496486 TTAAATGAATGAACCTAGAAT Mtr-miR2593f* 13496522 13496542 TTTAAATTCATTCATTTAATG 3 Mtr-MIR2593g PmiREN011580 MIR2593 Medicago truncatula Mtr-chr2 26234035 26234151 - TTATAAGCAAAAGTTTACATTTTAGATTCATTCATTTAATGATGCACATGGTCTTTATTATAGACCACATACATCATTAAATGAATGAACCTAGAATATAGTTTTTTGCTTATATTA .((((((((((((.(((.(((((((.((((((((((((((((((....((((((.......))))))....)))))))))))))))))).))))))).))).))))))))))))... 26234055 26234131 TTTAGATTCATTCATTTAATGATGCACATGGTCTTTATTATAGACCACATACATCATTAAATGAATGAACCTAGAAT (((((.((((((((((((((((((....((((((.......))))))....)))))))))))))))))).))))).. 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Mtr-miR5554d 8575705 8575726 TGAGCATCTTGAACAATGGTAT Mtr-miR5554d* 8575641 8575661 CCAGCGTTCAAGATGCTGATC 3 Mtr-MIR5554e PmiREN011746 MIR5554 Medicago truncatula Mtr-chr1 49925855 49925980 - GGCAGGAATCCAGCATGCGATGTGCATCTTGAACAATGGTATTCAAGTGTCAAGAAATGCACCTCATTCTTTTGAAACTTGAATACCATCGTTGCAGATGCTCATCGGATGTTGGAGCCCTGCTGT ((((((..((((((((.(((((.((((((..(((.(((((((((((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))))))).)))..)))))).))))).))))))))..)))))).. 49925875 49925960 TGTGCATCTTGAACAATGGTATTCAAGTGTCAAGAAATGCACCTCATTCTTTTGAAACTTGAATACCATCGTTGCAGATGCTCATC ((.((((((..(((.(((((((((((((.((((((((((.....)))).)))))).))))))))))))).)))..)))))).)).. 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Mtr-miR5554f 41498648 41498669 TGTGCATCTTGAACAATGGTAT Mtr-miR5554f* 41498584 41498604 CCATCATTCAAGATGCTCATC 3 Mtr-MIR5554g PmiREN011748 MIR5554 Medicago truncatula Mtr-chr3 19452620 19452745 - GGCAGGAATCCAGCATGTGATGTGCATCTTGAACAATGGTATTCAAGTGTCAAGGAATGCACCTCATTCTTTTGACACTTTAATACCATCATTCAAGATGCTCATTGGATTATGCAGTCCTGCTGT (((((((...((..((.(((((.((((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).)))))))))).))))))))..)))))))))).))))).))..))...))))))).. 19452640 19452725 TGTGCATCTTGAACAATGGTATTCAAGTGTCAAGGAATGCACCTCATTCTTTTGACACTTTAATACCATCATTCAAGATGCTCATT ((.((((((((((..((((((((.(((((((((((((((.....))))).)))))))))).))))))))..)))))))))).)).. 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Mtr-miR5745b 33723491 33723511 TTTAATTTATATACATCGTCA Mtr-miR5745b* 33723579 33723599 ACGGTGTATATAAATTAAACT 3 Mtr-MIR5747 PmiREN011771 MIR5747 Medicago truncatula Mtr-chr2 21495164 21495296 - AATTGTCATAAACAATTACCAAAAGAATACTCATACATAACATTTTTCACACGTCGACATAACATGATGTTGTGTCGACATGTGAGAAATGTTATGTATGTGTATTCTTTTGGTAATTGTTTTTAACAATTTT .........(((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))........... 21495184 21495276 AAAAGAATACTCATACATAACATTTTTCACACGTCGACATAACATGATGTTGTGTCGACATGTGAGAAATGTTATGTATGTGTATTCTTTTGG ((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((((((((...)))))))))))).)))))))))))))))))))).)))))))))).. 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Mtr-miR5754 29090393 29090414 TATTGCACTCATCTTCCATGGC Mtr-miR5754* 29090341 29090361 CATGGAGAAGAGTGCAATAAA 3 Mtr-MIR5755 PmiREN011777 MIR5755 Medicago truncatula Mtr-chr4 29412089 29412304 - TTTGGACCTGAATCGTGTGTCTTTAACGCGGGAAAGACACATGTCTTTCAGTCAAATCTATCCATTGAATGAATCACATTAAGCCATGCGTTCATCTATTAAATTATGGGTCGAATACGCGGCTTAATTCAATACATTCGATTGATCTGATGGACGAACTTGACTGAAAGCGGCGTGTCTTTTCTGCGCCAAAGACACTCAATTCAGATCCCTTCA ...(((.((((((.(.((((((((..((((((((((((((.((.((((((((((((((.(((.((((((((......((((((((.((.((((((((((......)))))).)))).)).))))))))......)))))))).)))..)))........)))))))))))))..))))))))))))))..)))))))).).)))))).)))..... 29412109 29412284 CTTTAACGCGGGAAAGACACATGTCTTTCAGTCAAATCTATCCATTGAATGAATCACATTAAGCCATGCGTTCATCTATTAAATTATGGGTCGAATACGCGGCTTAATTCAATACATTCGATTGATCTGATGGACGAACTTGACTGAAAGCGGCGTGTCTTTTCTGCGCCAAAGAC ((((..((((((((((((((.((.((((((((((((((.(((.((((((((......((((((((.((.((((((((((......)))))).)))).)).))))))))......)))))))).)))..)))........)))))))))))))..))))))))))))))..)))).. 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Mtr-miRN1930 40840124 40840144 TCTTATAAATAGGACCGGAAA Mtr-miRN1930* 40840222 40840242 TCCGGTCCTATTTAGAAGAGA 3 Mtr-MIRN1931 PmiREN011857 MIRN1931 Medicago truncatula Mtr-chr7 25724396 25724659 - TCCTGCACATACCTGGTTTATGGGATTGAAGGGCATCACTACATTTGAACAGTTGACTGACGCTTTCATGCAGCAATACAAGTACAACACATATCTGGCGCCTAGTCGCAAAGAGTTGTAGTCCTTAACCCAGAAGGACAATGAATCATTCAAAGAGTATGCTCAGCGCTTCATCCAGAAGGCCGCCCAAATTCGTCCACCCTTGGATGAGAGGGAATTATCAGAGATGTTCTATGAGACCTTGAGCC (.........)...((((((.((..(((.((((((((.((..(((((....((((..(((.....)))..))))....))))).....(((..(((.(((......)))..)))..))).((((((.......))))))..((((...))))..(((....))).((.((((.....))))))..(((...((((((((....)))))))).))).......)).)))))))).)))..)).)))))) 25724416 25724639 TGGGATTGAAGGGCATCACTACATTTGAACAGTTGACTGACGCTTTCATGCAGCAATACAAGTACAACACATATCTGGCGCCTAGTCGCAAAGAGTTGTAGTCCTTAACCCAGAAGGACAATGAATCATTCAAAGAGTATGCTCAGCGCTTCATCCAGAAGGCCGCCCAAATTCGTCCACCCTTGGATGAGAGGGAATTATCAGAGATGTTCTATGAGACCTTG .((..(((.((((((((.((..(((((....((((..(((.....)))..))))....))))).....(((..(((.(((......)))..)))..))).((((((.......))))))..((((...))))..(((....))).((.((((.....))))))..(((...((((((((....)))))))).))).......)).)))))))).)))..))... 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Mtr-miRN1932 24298668 24298688 ATAATTTTGATCGTCTTTTTA Mtr-miRN1932* 24298627 24298647 GAAAGAGATCAACGGTTTCAC 3 Mtr-MIRN1933 PmiREN011859 MIRN1933 Medicago truncatula Mtr-chr4 14329302 14329522 + TCAATCTTCTTCGGGGTAAAATAGTGAGTAACCGACTTGGGGAAGTGATCGACCCTTGGGATAAGTTTAAATATGCTTTTTTAAACCCCAGAAACTTTTTACCGTGGGTAAAAAGAATCTTCTTGAGGTAAAAAAAAACCAGATTTAAATTTAGCCCAAGGGTTGATGATGTATTTTTCCCAAGAAGGTTGCTCACTATTTTACCCCATGAAGATTTTTCA ..(((((((...(((((((((((((((((((((..(((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((.((.((((((..((((.((((.(((((((((...)))))))))....)))).).)))...)))))).)).))))))))))).))))))))))))).)).....)))))))))..)))))))))))))))))))))..)))))))..... 14329322 14329502 ATAGTGAGTAACCGACTTGGGGAAGTGATCGACCCTTGGGATAAGTTTAAATATGCTTTTTTAAACCCCAGAAACTTTTTACCGTGGGTAAAAAGAATCTTCTTGAGGTAAAAAAAAACCAGATTTAAATTTAGCCCAAGGGTTGATGATGTATTTTTCCCAAGAAGGTTGCTCACTATTT (((((((((((((..(((((((((((.(((((((((((((.(((((((((((.((.((((((..((((.((((.(((((((((...)))))))))....)))).).)))...)))))).)).))))))))))).))))))))))))).)).....)))))))))..))))))))))))).. 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Mtr-miRN1941 4358783 4358803 GACCCAAGGACTTCAAGAGCT Mtr-miRN1941* 4358859 4358879 CACTTGATCATTGGGAATTCT 3 Mtr-MIRN1942a PmiREN011871 MIRN1942 Medicago truncatula Mtr-chr4 4925697 4925849 + TGCATATCTCTTTGTTGTGATGATTATTCTACTACCTGGACCAAACCAGCCGCGGCTTCCACACAAAGCCTTTTGTTTAAAGGCTTTGTGTGGAAGCCACGACCGGTTTGGTCCGGGTAGTAGAATAATCATCACAACAAGAAATATTCATCT ((.((((.((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((.(.((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))).)).).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))).))... 4925717 4925829 TGATTATTCTACTACCTGGACCAAACCAGCCGCGGCTTCCACACAAAGCCTTTTGTTTAAAGGCTTTGTGTGGAAGCCACGACCGGTTTGGTCCGGGTAGTAGAATAATCATC (((((((((((((((((((((((((((.(.((.((((((((((((((((((((.....)))))))))))))))))))).)).).))))))))))))))))))))))))))).. 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