miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Cru-MIR156a PmiREN002738 MIR156 Capsella rubella Cru-scaffold_4 2142098 2142223 - GAGAGGAACACAAAAGAAACTGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGCAATTTGCAATATCATTTGCATTTGCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTATCTGTCAGATTCTAGTGCTGATCTCTTTT ..............((((.(((((((((((((((((((((.(((((((((..(((((......))))).))))))...))).))))))))).)))).)))))))).))))................ 2142118 2142203 TGACAGAAGAGAGTGAGCACACAAAGGCAATTTGCAATATCATTTGCATTTGCTTCTCTTGCGTGCTCACTGCTCTATCTGTCAGA ((((((((((((((((((((.(((((((((..(((((......))))).))))))...))).))))))))).)))).))))))).. 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Cru-miR319c 15441427 15441447 TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT Cru-miR319c* 15441278 15441298 AGAGCTTTCTTCGGTCCACTC 3 Cru-MIR390a PmiREN002787 MIR390 Capsella rubella Cru-scaffold_4 11117963 11118088 + GAAGTAGAGAAGAATCTGTAAAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGATGATCACTATTCACATAATCAATATGATGATTATATTTGGCGCTATCCATCCTGAGTTTCATTGGCTCTTCTTACTACAAA ...((((((((((.((.((.((((((((((.(((((((((((..(((((((.(((.............))).)))))))...))))))))))).)))))))))).)).)).))))))..))))... 11117983 11118068 AAGCTCAGGAGGGATAGCGCCATGATGATCACTATTCACATAATCAATATGATGATTATATTTGGCGCTATCCATCCTGAGTTTCA ((((((((((.(((((((((((..(((((((.(((.............))).)))))))...))))))))))).)))))))))).. 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Cru-miR397b 11141418 11141439 TCATTGAGTGCAGCGTTGATAT Cru-miR397b* 11141490 11141510 TCATTGTTGCGTTCAATTATG 3 Cru-MIR398a PmiREN002808 MIR398 Capsella rubella Cru-scaffold_5 996451 996567 + CAGGAGGTGAAATCTCAAAGGCGTGTCATGAGAACACACATCCTTTGGTTTCTGCCATTGATTGAAACCATTGAGTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCTTTGAATCTCCCCTGTTCCAT ((((.((.((....(((((((.(((.(.((((((((((.((.(..(((((((...........)))))))..).)).)))))))))).).))).))))))).)).))))))...... 996471 996547 GCGTGTCATGAGAACACACATCCTTTGGTTTCTGCCATTGATTGAAACCATTGAGTTTGTGTTCTCAGGTCACCCCT (.(((.(.((((((((((.((.(..(((((((...........)))))))..).)).)))))))))).).))).).. 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Cru-miR399a 826722 826742 TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG Cru-miR399a* 826643 826663 GGGCACTTCTCTATTGGCAGG 3 Cru-MIR399b PmiREN002812 MIR399 Capsella rubella Cru-scaffold_1 9989761 9989903 + AAAGGTGAAAATGCATTACAGGGCAAGATCTCTATTGGCAGGAAACCATTACTTTGATCTTTGCATGTCTTTTATGCATTGCTTTGTACGTAGTGAGTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGTAATTCTTCTTCGCCAATAT ...((((((...(.(((((.(((((.(((((((.((((((((.(((((((((...((.(..((((((.....))))))..).)).....)))))).))).)))))))).)))))))))))).))))).)...))))))..... 9989781 9989883 GGGCAAGATCTCTATTGGCAGGAAACCATTACTTTGATCTTTGCATGTCTTTTATGCATTGCTTTGTACGTAGTGAGTTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGG (((((.(((((((.((((((((.(((((((((...((.(..((((((.....))))))..).)).....)))))).))).)))))))).)))))))))))).. 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Cru-miR399c 9995022 9995042 TGCCAAAGGAGATTTGCCCGG Cru-miR399c* 9994945 9994965 GGGTAAGATCTCTATTGGCAG 3 Cru-MIR399d PmiREN002814 MIR399 Capsella rubella Cru-scaffold_4 9363165 9363304 + TAAGGTGTAAATGCATTACAGGGCAAGATCACCCTTGGCAGATATCTATTACACTCCCATTCTTGCATAATGCATAAATGTCTGTGGTGATGAGCTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGGTAATTCTCTTGCACCAACGT ...(((((((..(.(((((.(((((.((((.((.((((((((..((.(((((((...((((..((((...))))..))))...)).)))))))....)))))))).)).))))))))).))))).)..)))))))..... 9363185 9363284 GGGCAAGATCACCCTTGGCAGATATCTATTACACTCCCATTCTTGCATAATGCATAAATGTCTGTGGTGATGAGCTCTCTGCCAAAGGAGATTTGCCCGG (((((.((((.((.((((((((..((.(((((((...((((..((((...))))..))))...)).)))))))....)))))))).)).))))))))).. 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Cru-miR399e 11253905 11253925 TGCCAAAGGAGAGTTGCCCTG Cru-miR399e* 11253818 11253838 GGGCATCTTTCTATTGGCAGG 3 Cru-MIR403 PmiREN002816 MIR403 Capsella rubella Cru-scaffold_4 14757166 14757292 + ATTGGAAGAGTCGTATTACATGTTTTGTGCGTGAATCTAATTCGAAAGGCTTTTTACGGAGGAGACTTATATCATTTGCTGTTGGATTAGATTCACGCACAAACTCGTAATCTGCCTTTTCGAGTTT ....((((((.((.(((((..((((.(((((((((((((((((((..(((........(((....))).........))).)))))))))))))))))))))))..))))).)).))))))...... 14757186 14757272 TGTTTTGTGCGTGAATCTAATTCGAAAGGCTTTTTACGGAGGAGACTTATATCATTTGCTGTTGGATTAGATTCACGCACAAACTCG .((((.(((((((((((((((((((..(((........(((....))).........))).)))))))))))))))))))))))... 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Cru-miR2111 342378 342397 TCCTCGGGATACAGATTACC Cru-miR2111* 342313 342333 TAATCTGCATCCTGAGGTTTA 3 Cru-MIR11068 PmiREN002737 MIR11068 Capsella rubella Cru-scaffold_6 16376295 16376444 - GCAAATATTGATGACTTAGAGCATCATCAATGCAAGGTTCTTGCACTTAAGATTTACACATGAGAGGATCTTATATAAGTTACTCTCATGTGTAAATCTTAAGTGCAAGAACCTTGCATTGATGATGACCTTACTCAATTCTAACTGCAT (((........(((...((..(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((....)))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))..))...)))........))).. 16376315 16376424 GCATCATCAATGCAAGGTTCTTGCACTTAAGATTTACACATGAGAGGATCTTATATAAGTTACTCTCATGTGTAAATCTTAAGTGCAAGAACCTTGCATTGATGATGACC .(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((....)))...)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))... Cru-miR11068 16376401 16376424 GCATCATCAATGCAAGGTTCTTGC Cru-miR11068* 16376315 16376335 AACCTTGCATTGATGATGACC 3 Cru-MIRN382 PmiREN002820 MIRN382 Capsella rubella Cru-scaffold_1 14701161 14701354 + CAGGGGTCTACGTAAGGTTGCTTGTATTGGTGCGTGGCATCCTGCCAGAGTGTCCTACACTGTTGCTAGGGCTGGTCAGAATGGTTACCATCACCGTACTGAGCTCAACAAGAAGATTTACAGGTTGGGCAAAGTTGGTACTGAGGCACATTCAGCCATGACTGAATATGACAGGTCTGTAGATATCTCTGTTC ((((((((((((...(.(((.((((((((((.((((((.((((((.(.(((((...))))).).)).)))).......((((((((..((..((((.(((..(((((((..(........)..)))))))..)))))))..)).))).))))).))))))))).)))))))))).).)))))))..)))))... 14701181 14701334 CTTGTATTGGTGCGTGGCATCCTGCCAGAGTGTCCTACACTGTTGCTAGGGCTGGTCAGAATGGTTACCATCACCGTACTGAGCTCAACAAGAAGATTTACAGGTTGGGCAAAGTTGGTACTGAGGCACATTCAGCCATGACTGAATATGACAG .((((((((((.((((((.((((((.(.(((((...))))).).)).)))).......((((((((..((..((((.(((..(((((((..(........)..)))))))..)))))))..)).))).))))).))))))))).)))))))... 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Cru-miRN387 6934677 6934696 TTTTGAATTCTCAGTAATAT Cru-miRN387* 6934642 6934662 TATTATTGAGACTTTAAGATG 3 Cru-MIRN388 PmiREN002827 MIRN388 Capsella rubella Cru-scaffold_8 5434641 5434804 + ATACATTGTTTTCCCAGAATCCGATGGACCTGCATGCGACTCTGCAAAAATGGAAGATAAGGTAAGTTTATGCTCGTCATTACCTTCTCATTTTGCAGAAAATTTAGTAGTGAATAATTTTTTTTGGTATGTATGTGCTTGGTATTCTTGAGTCATTTGAAGGG ...((.....(((..(((((((((.(.((.(((((((.(.(((((((((..(((((.(((((..(((....)))..)).))).)))))..)))))))))..(((((....))))).........).))))))).)).))))).))))).))).....))..... 5434661 5434784 CCGATGGACCTGCATGCGACTCTGCAAAAATGGAAGATAAGGTAAGTTTATGCTCGTCATTACCTTCTCATTTTGCAGAAAATTTAGTAGTGAATAATTTTTTTTGGTATGTATGTGCTTGGTA ((((.(.((.(((((((.(.(((((((((..(((((.(((((..(((....)))..)).))).)))))..)))))))))..(((((....))))).........).))))))).)).))))).. Cru-miRN388 5434763 5434784 TTTGGTATGTATGTGCTTGGTA Cru-miRN388* 5434661 5434681 CCGATGGACCTGCATGCGACT 3 Cru-MIRN389 PmiREN002828 MIRN389 Capsella rubella Cru-scaffold_8 2128731 2128979 + GTACTATCTGTATCTGATGATGATGATGTGTGTCTGGTTTCAACATTAGGATCTGGAGTTGTGACATGGAGAAGGGTCGAATGTTCGATACTTCATCACCCTTTATATACTAAGATATACATCAATGGGGCATTGTATCATATAAAGGGTGATGAGGTATCAAACATTCAATCATTCTCCAGGTCACTGAACCAGTTCATAATGTTGAAACCTGACACACATAATCATCATCAAATACGAATAATACC (((.(((.(((((.((((((((((.(((((((((.(((((((((((((.((.((((....(((((.(((((((.(((.(((((((.((((((((((((((((((((((.....((((.....(((((...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).))).))))))).)))))....)))).)).))))))))))))).))))))))).)))))))))).))))).))).))). 2128751 2128959 TGATGATGTGTGTCTGGTTTCAACATTAGGATCTGGAGTTGTGACATGGAGAAGGGTCGAATGTTCGATACTTCATCACCCTTTATATACTAAGATATACATCAATGGGGCATTGTATCATATAAAGGGTGATGAGGTATCAAACATTCAATCATTCTCCAGGTCACTGAACCAGTTCATAATGTTGAAACCTGACACACATAATCATC ((((.(((((((((.(((((((((((((.((.((((....(((((.(((((((.(((.(((((((.((((((((((((((((((((((.....((((.....(((((...))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).))).))))))).)))))....)))).)).))))))))))))).))))))))).)))).. 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Cru-miRN417d 6238379 6238400 TCGACGTTAACAATATCCCTGC Cru-miRN417d* 6238258 6238278 GAGATAATGTTAACGTCGAGG 3 Cru-MIRN417e PmiREN002876 MIRN417 Capsella rubella Cru-scaffold_4 4018676 4018850 + ATTATTTGTCGATTTCAACCTCGACGTTAACAATATCCCTGCACATCTTGAAGATTTGGACAATCAAGCTTAAGCTTTTGGACTTGGGTTTTACAAAAGCTTAAGCTTAATTGTCCAAATCTTCAAGATGGACAGGGATAATGTTAACGTCGAGGTTGAAATCGAAAAAAATTGA .((((((.((((((((((((((((((((((((.((((((((..(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.............))))))))))))))).)))))))))))))))))))))..)))))))).)))))))))))))))))))))))).)))...))) 4018696 4018830 TCGACGTTAACAATATCCCTGCACATCTTGAAGATTTGGACAATCAAGCTTAAGCTTTTGGACTTGGGTTTTACAAAAGCTTAAGCTTAATTGTCCAAATCTTCAAGATGGACAGGGATAATGTTAACGTCGAGG ((((((((((((.((((((((..(((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.............))))))))))))))).)))))))))))))))))))))..)))))))).)))))))))))).. Cru-miRN417e 4018696 4018717 TCGACGTTAACAATATCCCTGC Cru-miRN417e* 4018810 4018830 GGGATAATGTTAACGTCGAGG 3 Cru-MIRN417f PmiREN002885 MIRN417 Capsella rubella Cru-scaffold_7 11379904 11380042 - AATTTTGGTCGATTTCAACCTCGACGTTAACAATATCCCTGCCCATCTTGAAGATTTGGACAATCAAGTTTAAGTTTCTGTAAAAACCAAGATGGGCAGGGATACTGTTAACGTCGAGGTTGAAATCAACCAAAATTAA (((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((......))))))))))..........))))))))))))))))).)))))))))))))))))))))).))))))))).. 11379924 11380022 TCGACGTTAACAATATCCCTGCCCATCTTGAAGATTTGGACAATCAAGTTTAAGTTTCTGTAAAAACCAAGATGGGCAGGGATACTGTTAACGTCGAGG ((((((((((((.(((((((((((((((((.((((((((((......))))))))))..........))))))))))))))))).)))))))))))).. 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Cru-miRN417g 389137 389158 TCGACGTTAACAATATCCCTGC Cru-miRN417g* 389006 389026 GGGATACTGTTAATGTCGAGG 3 Cru-MIRN418 PmiREN002866 MIRN418 Capsella rubella Cru-scaffold_1 8679936 8680068 - TCTTGGATGAGGTTATTGAGGATATTCACCAACTCTTTGCTGATGATGACGCCAAATATAAACATAAATCAAAACCAACTAGTAGTTAACAGCAAAGAGTTGGTGAATGTCCTCAATAATCTCGTACAGTAAT ......((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.((...............................)).)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))........ 8679956 8680048 GATATTCACCAACTCTTTGCTGATGATGACGCCAAATATAAACATAAATCAAAACCAACTAGTAGTTAACAGCAAAGAGTTGGTGAATGTCCT ((((((((((((((((((((((.((((.((...............................)).)))).)))))))))))))))))))))).. 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Cru-miRN422 5947223 5947244 TCACACCATCAATGCATATCTC Cru-miRN422* 5947137 5947157 ATTTGCATCGATGGAGTATTG 3 Cru-MIRN423a PmiREN002877 MIRN423 Capsella rubella Cru-scaffold_4 5786622 5786786 + GTACTCTAGGACTAAAGGCAACATTATTGGGGGTATCTTACAGGGCTAAGATATCCCGGTTTTTGCAAAGAAATATCTTAGATAAGATCTTTTTTTGCAAAAACCAGGATATAAGAGACCCTCTAAGATAGCTCTAATAATGTTGGTCTAATGATTAACTATGAA ...........(......((((((((((((((.(((((((.((((((...((((((.((((((((((((((((.(((((....))))).)))))))))))))))).))))))...)).)))).))))))).))))))))))))))(((....))).......).. 5786642 5786766 ACATTATTGGGGGTATCTTACAGGGCTAAGATATCCCGGTTTTTGCAAAGAAATATCTTAGATAAGATCTTTTTTTGCAAAAACCAGGATATAAGAGACCCTCTAAGATAGCTCTAATAATGTTG ((((((((((((.(((((((.((((((...((((((.((((((((((((((((.(((((....))))).)))))))))))))))).))))))...)).)))).))))))).)))))))))))).. Cru-miRN423a 5786642 5786662 ACATTATTGGGGGTATCTTAC Cru-miRN423a* 5786746 5786766 AAGATAGCTCTAATAATGTTG 3 Cru-MIRN423b PmiREN002879 MIRN423 Capsella rubella Cru-scaffold_4 14036405 14036569 + TTATTGTTGTTGTTAGGGCAACATTATTGGGGGTATCTTACAGAGCTAAGATACCCCGGTTTTTGTAAAGAAAAATCTTATATAAGATACTTTCTATGCAAAAACCGGGATATCTTAGCCCTCTAAGATACCCCCAATAATGTTGGTCTTAATGTAACGGTGGTG .(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((.(((((((((((((.(((((.(((((....)))))..))))).))))))))))))).))))))))).)).))))))))))))))))))))).))))))))..)))))))))) 14036425 14036549 ACATTATTGGGGGTATCTTACAGAGCTAAGATACCCCGGTTTTTGTAAAGAAAAATCTTATATAAGATACTTTCTATGCAAAAACCGGGATATCTTAGCCCTCTAAGATACCCCCAATAATGTTG ((((((((((((((((((((.((.(((((((((.(((((((((((((.(((((.(((((....)))))..))))).))))))))))))).))))))))).)).)))))))))))))))))))).. Cru-miRN423b 14036425 14036445 ACATTATTGGGGGTATCTTAC Cru-miRN423b* 14036529 14036549 AAGATACCCCCAATAATGTTG 3 Cru-MIRN424 PmiREN002878 MIRN424 Capsella rubella Cru-scaffold_4 1301166 1301306 + AAGGAAGATAAGAAAGTAGTTTCCAAGAGTAACAAAGCAAAATCCGTGACAAACTGAAAGAGGAGTTCTTAAAGAATTTGGCTTTGTTCCTGGCTGGATTTTGTTTGTTACTGATGGAAATTACTTTCAATTCTTATTGTA ((..((((...((((((((((((((..(((((((((.((((((((((.(..(((..((((..(((((((...)))))))..)))))))..).)).)))))))))))))))))..))))))))))))))...)))).))... 1301186 1301286 TTCCAAGAGTAACAAAGCAAAATCCGTGACAAACTGAAAGAGGAGTTCTTAAAGAATTTGGCTTTGTTCCTGGCTGGATTTTGTTTGTTACTGATGGAAAT (((((..(((((((((.((((((((((.(..(((..((((..(((((((...)))))))..)))))))..).)).)))))))))))))))))..))))).. Cru-miRN424 1301266 1301286 TTGTTTGTTACTGATGGAAAT Cru-miRN424* 1301186 1301206 TTCCAAGAGTAACAAAGCAAA 3 Cru-MIRN425 PmiREN002881 MIRN425 Capsella rubella Cru-scaffold_5 9940890 9941008 - TTTAGAGACTTTAGCCAAACGGATAGCAGACACCAGGGATGAGTTGACAAAACGGCAAGTAATCCTTGTAACAACTCACCCCTTGTGTCTGCTATTCGATTGGCTATCGACTCAAAAAA (((.(((.(..(((((((.((((((((((((((.((((.(((((((........(((((.....)))))..))))))).)))).)))))))))))))).)))))))..).))).))).. 9940910 9940988 GGATAGCAGACACCAGGGATGAGTTGACAAAACGGCAAGTAATCCTTGTAACAACTCACCCCTTGTGTCTGCTATTCGA (((((((((((((.((((.(((((((........(((((.....)))))..))))))).)))).))))))))))))).. 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Cru-miRN427 6031438 6031458 TTTGGTCAAATTGAGTAGTGC Cru-miRN427* 6031481 6031501 ACTTCTCAGTTTTACCAAAAT 3 Cru-MIRN428a PmiREN002884 MIRN428 Capsella rubella Cru-scaffold_6 10773869 10774130 + TTGGTGACAACTTGTCTGGTGGGAAGGTTGTTAAAGGGTGAGGACCTGGGTTCGAGGAACGCCAGGCGCACCAATAACCTACCTGGTGGGCCAGGAGGCTGCGAGCAAGTGGGCTGCGCAGTTTGGGCCCACATGAGAGAGGTTAGGGTCGATGCGCTGCAGCGCTGTAAAGATGCCATGTGGCGGGGTGTGCCACATGGCAGAGTGTTCCCACGGGGCAAGGTGTTACATGAACCAAGATGGAATTCAA ...((((((.(((((((.(((((((.(.........((((..(.(((((((((...)))).)))))).))))..((((((..((.(((((((...(((((((((((......))).)))))))).)))))))...))..))))))........((((....))))........((((((((((((.....))))))))))))...).))))))).))))))).)))))).(((((((...)))..)))). 10773889 10774110 ACAACTTGTCTGGTGGGAAGGTTGTTAAAGGGTGAGGACCTGGGTTCGAGGAACGCCAGGCGCACCAATAACCTACCTGGTGGGCCAGGAGGCTGCGAGCAAGTGGGCTGCGCAGTTTGGGCCCACATGAGAGAGGTTAGGGTCGATGCGCTGCAGCGCTGTAAAGATGCCATGTGGCGGGGTGTGCCACATGGCAGAGTGTTCCCACGGGGCAAGGTGTTA (((.(((((((.(((((((.(.........((((..(.(((((((((...)))).)))))).))))..((((((..((.(((((((...(((((((((((......))).)))))))).)))))))...))..))))))........((((....))))........((((((((((((.....))))))))))))...).))))))).))))))).))).. 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