miRNA_locus_ID miRNA_locus_accession miRNA_family Organism Chromosome Start End Strand Stem_loop_with_extended_20bp_seq Stem_loop_with_extended_20bp_structure Stem_loop_start Stem_loop_end Stem_loop_seq Stem_loop_seq_structure mature_miRNA mature_start mature_end mature_seq star_miRNA star_start star_end star_seq Confidence_level Bna-MIR156a PmiREN001827 MIR156 Brassica napus Bna-NC_027758.2 10343069 10343196 + GAGAAGACGATGAGAAAATGTTGACAGAAGAAAGAGAGCACAAGCCGGGATTAGCAAAAAGAGAGTTTTGCCCTTGTCGGGAGTGTGCTCTCTTTACTTCTGCCACCATCATCGCGTGTGAGCGTAAG .......((((((.....((.((.((((((((((((((((((..((((.(...((((((......))))))...).))))...)))))))))))).)))))).)).)))))))).............. 10343089 10343176 TTGACAGAAGAAAGAGAGCACAAGCCGGGATTAGCAAAAAGAGAGTTTTGCCCTTGTCGGGAGTGTGCTCTCTTTACTTCTGCCACCA .((.((((((((((((((((((..((((.(...((((((......))))))...).))))...)))))))))))).)))))).))... 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Bna-miR159b 18158876 18158896 TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA Bna-miR159b* 18159033 18159053 GAGCTCCTTCAAGTTCAAACG 3 Bna-MIR159c PmiREN001862 MIR159 Brassica napus Bna-NC_027763.2 17837114 17837331 + TACCCGAGAACAAAGAAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTTATCCTTACATATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTTACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTCTTTCACTTTATCT ............((((.((((((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((..(((((((.((.((.((((.(..(((((((((...((((((.........))))))..)))).)))))..).)))).)).)).)))))))..))))))......))))...)))))).))))))))).)))))))))))).)))).............. 17837134 17837311 GGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTTAGCAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTTATCCTTACATATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTTACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA (((((((((.(((((((((.((((((..((((((((((..(((((((.((.((.((((.(..(((((((((...((((((.........))))))..)))).)))))..).)))).)).)).)))))))..))))))......))))...)))))).))))))))).))))))))).. Bna-miR159c 17837291 17837311 TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA Bna-miR159c* 17837134 17837154 GGGCTCCTTATAGTTCAAACG 3 Bna-MIR159d PmiREN001863 MIR159 Brassica napus Bna-NC_027763.2 24261730 24261952 - AAAAAAGAAGATTGAAAGTAGAGCTCCTTTAAGTTCAAACGAGAGTTTAGTAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAATCCTTATAGAGAGAAAAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTGCATATCTTAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACAACTTCTTTCTCTTCATTT .................(((((((((((((.((((((((.((((((..((((((((((...((((((.(((((.((((.(..(((((((((..(((((((..............))))))).)))).)))))..).)))).))))).))))))...)))))))......)))...)))))).)))))))).)))))))))))))................... 24261750 24261932 GAGCTCCTTTAAGTTCAAACGAGAGTTTAGTAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGGATCCCATAAGCCCTAATCCTTATAGAGAGAAAAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTGCATATCTTAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA ((((((((((.((((((((.((((((..((((((((((...((((((.(((((.((((.(..(((((((((..(((((((..............))))))).)))).)))))..).)))).))))).))))))...)))))))......)))...)))))).)))))))).)))))))))).. Bna-miR159d 24261750 24261770 TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA Bna-miR159d* 24261912 24261932 GAGCTCCTTTAAGTTCAAACG 3 Bna-MIR159e PmiREN001864 MIR159 Brassica napus Bna-NC_027772.2 30639373 30639590 + TTCCCGAGAACAAAGAAGTAGGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTCAGAAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATTTATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACATCTTCTTTCACTTTACGC ............((((.((((((((((((.(((((((((.((((((...(((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..(((((((.........))))))).)))).)))))..).)))).)).)).))))))...)))))))))..........)))))).))))))))).)))))))))))).)))).............. 30639393 30639570 GGGCTCCTTATAGTTCAAACGAGAGTTCAGAAGGGTAAAGAAAAGCTGCTAAGCTATGAATCCCATAAGCCCTAATCCTTATTTATAAAAAGGATTTGGTTATATGGCTTACATATCTCAGGAGCTTTAACTTGCCCTTTAATTGCTTTTACTCTTCTTTGGATTGAAGGGAGCTCTA (((((((((.(((((((((.((((((...(((((((((...((((((.((.((.((((.(..(((((((((..(((((((.........))))))).)))).)))))..).)))).)).)).))))))...)))))))))..........)))))).))))))))).))))))))).. 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Bna-miR162b 3372413 3372433 TCGATAAACCTCTGCATCCAG Bna-miR162b* 3372498 3372518 GGAGGCAGCGGTTCATCGATC 3 Bna-MIR162c PmiREN001885 MIR162 Brassica napus Bna-NC_027758.2 3297679 3297824 - TTAAAAGAGTGAAAGTCGCTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGGATTTTTTTTTGGTTGTTTGTTGTTGTTGGAAAGAGATTAAAAGCATGAACAGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGGTTGCCTCTTCACTAGTC .......((((((((((((((((.((((.((((.((((((((.(((.(((....((((((((.(..............).))))))))......))).))).)))))))).)))).)))).))))))))....)).)))))).... 3297699 3297804 GGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGGATTTTTTTTTGGTTGTTTGTTGTTGTTGGAAAGAGATTAAAAGCATGAACAGATCGATAAACCTCTGCATCCAG (((.((((.((((.((((((((.(((.(((....((((((((.(..............).))))))))......))).))).)))))))).)))).)))).))).. 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Bna-miR162d 33022219 33022239 TCGATAAACCTCTGCATCCAG Bna-miR162d* 33022145 33022165 GGAGGCAGCGGTTCATCGATC 3 Bna-MIR162e PmiREN001887 MIR162 Brassica napus Bna-NC_027764.2 23160278 23160412 + TGATGAAAGTTGAAGTCGCTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCAATTCCTGTGAAAAATGATGTTGGAAACAATTTACATGGCAAGCATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGCTTCTCCTTCCTGATTTG ......(((..((((.(((((((.((((.((((.(((((((.((((.(((.....((((.((((....)))).).))).....))).)))).))))))).)))).)))).)))))))))))..)))......... 23160298 23160392 GGAGGCAGCGGTTCATCGATCAATTCCTGTGAAAAATGATGTTGGAAACAATTTACATGGCAAGCATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAG (((.((((.((((.(((((((.((((.(((.....((((.((((....)))).).))).....))).)))).))))))).)))).)))).))).. Bna-miR162e 23160372 23160392 TCGATAAACCTCTGCATCCAG Bna-miR162e* 23160298 23160318 GGAGGCAGCGGTTCATCGATC 3 Bna-MIR162f PmiREN001888 MIR162 Brassica napus Bna-NC_027764.2 23200636 23200770 + TGATGAAAGTTGAAGTCGCTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCAATTCCTGTGAAAAATGATGTTGGAAACAATTTACATGGGAAGCATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTGCTTCTCCTTCCTGATTTG .............((.(((((((.((((.((((.(((((((.((((.(((.....((((.((((....)))).).))).....))).)))).))))))).)))).)))).)))))))))((........)).... 23200656 23200750 GGAGGCAGCGGTTCATCGATCAATTCCTGTGAAAAATGATGTTGGAAACAATTTACATGGGAAGCATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAG (((.((((.((((.(((((((.((((.(((.....((((.((((....)))).).))).....))).)))).))))))).)))).)))).))).. Bna-miR162f 23200730 23200750 TCGATAAACCTCTGCATCCAG Bna-miR162f* 23200656 23200676 GGAGGCAGCGGTTCATCGATC 3 Bna-MIR162g PmiREN001889 MIR162 Brassica napus Bna-NC_027768.2 1505282 1505428 - TTAAAAGAGTGAAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGGATTTTTTTTTTGGTTGTTTGTTGTTGTTGGAAAGAGATTAAAAGCATGAACGGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGGTTGCCTCTTCTATCAAT ..................(((((.((((.((((.((((((((.(((.(((.....((((((((.(..............).))))))))......))).))).)))))))).)))).)))).))))).................... 1505302 1505408 GGAGGCAGCGGTTCATCGATCTCTTCCTGTGGATTTTTTTTTTGGTTGTTTGTTGTTGTTGGAAAGAGATTAAAAGCATGAACGGATCGATAAACCTCTGCATCCAG (((.((((.((((.((((((((.(((.(((.....((((((((.(..............).))))))))......))).))).)))))))).)))).)))).))).. 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Bna-miR164h 32713 32733 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCA Bna-miR164h* 32600 32620 CATGTGCCCATCTTCCCCATC 3 Bna-MIR164i PmiREN001899 MIR164 Brassica napus Bna-NC_027757.2 31444506 31444622 - GCAGGTGAGAAACTCCATGTTGGAGAAGCAGAGCACGTGCAAACCAAAAAACATGAAATCTGTTTCATATGCTTTGCACGTGCTCCCCTCCTCCAACATGAGCTCCTCACCATTGGC ((.((((((...(((.(((((((((.((..(((((((((((((.((..(((((.......)))))....)).)))))))))))))..)).))))))))))))...))))))....)) 31444526 31444602 TGGAGAAGCAGAGCACGTGCAAACCAAAAAACATGAAATCTGTTTCATATGCTTTGCACGTGCTCCCCTCCTCCAAC (((((.((..(((((((((((((.((..(((((.......)))))....)).)))))))))))))..)).))))).. 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Bna-miR164j 4446 4466 TGGAGAAGCAGAGCACGTGCA Bna-miR164j* 4390 4410 CACGTGCTCCCCTCCTCCAAC 3 Bna-MIR164k PmiREN001901 MIR164 Brassica napus Bna-NC_027758.2 16310725 16310848 - AATGGGTGACTTACACTTGCTGGAGAAGCAGGGCACGTGCGAACAAATGAGATCGATCAGTATATATGTTGATCATATTTTCGCACGTGTTCTACTACTCCAACACGTGTGCCTCCCCCTCTCC ...(((.((..(((((.((.(((((.((.((((((((((((((..((((.((((((.((.......)))))))).)))))))))))))))))).)).))))).)).)))))..)).)))..... 16310745 16310828 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCGAACAAATGAGATCGATCAGTATATATGTTGATCATATTTTCGCACGTGTTCTACTACTCCAAC (((((.((.((((((((((((((..((((.((((((.((.......)))))))).)))))))))))))))))).)).))))).. Bna-miR164k 16310809 16310828 TGGAGAAGCAGGGCACGTGC Bna-miR164k* 16310745 16310765 CACGTGTTCTACTACTCCAAC 3 Bna-MIR164l PmiREN001902 MIR164 Brassica napus Bna-NC_027758.2 13828824 13828945 - AATGGATGAGTAACACTTGCTGGAGAAGCAGGGCACGTGCGAACAAATGAGATCGATCGGTCTATGTTGATCATATTTTCGCACGTGTTCTACTACTCCAACACGTGTGTCTCCCCCCCTCC ...((..(((..((((.((.(((((.((.((((((((((((((..((((.(((((((........))))))).)))))))))))))))))).)).))))).)).))))..)))..))..... 13828844 13828925 TGGAGAAGCAGGGCACGTGCGAACAAATGAGATCGATCGGTCTATGTTGATCATATTTTCGCACGTGTTCTACTACTCCAAC (((((.((.((((((((((((((..((((.(((((((........))))))).)))))))))))))))))).)).))))).. 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Bna-miR164o 54250 54269 TGGAGAAGCAGGGCACGTGC Bna-miR164o* 54311 54331 CACGTGTTCTACTACTCCAAC 3 Bna-MIR165a PmiREN001906 MIR165 Brassica napus Bna-NC_027757.2 33247352 33247506 - TTAAGCTATTTCAGTTGAGGGGAATGTTGTCTGGACCGAGGATATTATATACACACATACATATATATGTTGATACAAGTGATCAATCATATATAATATGTATATAGAGTATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCCCTAACATGTTATTGCCTTGA ((((((.((..((((((.((((.(((..((((((.(((((((((((.((((...(((((..(((((((((((((.......))))).)))))))).))))).)))).))))))))))).))))))..))).)))).)))).))..)).).))))) 33247372 33247486 GGAATGTTGTCTGGACCGAGGATATTATATACACACATACATATATATGTTGATACAAGTGATCAATCATATATAATATGTATATAGAGTATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCC ((.(((..((((((.(((((((((((.((((...(((((..(((((((((((((.......))))).)))))))).))))).)))).))))))))))).))))))..))).)).. 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Bna-miR165b 31953214 31953234 TCGGACCAGGCTTCATCCCCC Bna-miR165b* 31953318 31953338 GGAATGTTGTTTGGATCGAGG 3 Bna-MIR165c PmiREN001908 MIR165 Brassica napus Bna-NC_027765.2 754352 754516 - AAAGGCTATTTCCGTTGAGGGGAATGTTGTTTGGATCGAGGATATCATCATATGCATAATGCATACATATAATATCATATATAGATTATGATACGATGCTAGCAAGTGTGCATATATGTAATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCCTCAACACGTTATTGCCTTCA .............(((((((((.(((..((((((.((((((((..(((.(((((((((.(((.(((((....(((((((.......)))))))..))).)))))..))))))))))))..)))))))).))))))..))).))))))))).......((....)) 754372 754496 GGAATGTTGTTTGGATCGAGGATATCATCATATGCATAATGCATACATATAATATCATATATAGATTATGATACGATGCTAGCAAGTGTGCATATATGTAATTCTCGGACCAGGCTTCATCCCCC ((.(((..((((((.((((((((..(((.(((((((((.(((.(((((....(((((((.......)))))))..))).)))))..))))))))))))..)))))))).))))))..))).)).. 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Bna-miRN283 49034698 49034719 ATACGTGTTGAGTCTTGAGTGG Bna-miRN283* 49034628 49034648 ACACTTGTTTTAATACGTGTT 3 Bna-MIRN284 PmiREN002171 MIRN284 Brassica napus Bna-NC_027766.2 2474812 2474985 - TAAAACTCATCAAAATCATTAGATATTAGAGGTTAGGGTCGGTGTCCTGCAGAGCTGTGAACCTGTGGTCCACGAAACAGGTTGTCACATTGATCCTGTTCGAGCAGTTCTCTAGACTCTTTTTGCATTAACTTCTCTTGGCTTCGGTCTCTGATGGCAGTTCCCTAATACCTA ...............((((((((.(((.((((((((((..(((....((((((((((.((((.(((......((((.((((..((((...)))))))))))).)))))))..))).)))....))))...)))..))))))))))))).))))))))................. 2474832 2474965 AGATATTAGAGGTTAGGGTCGGTGTCCTGCAGAGCTGTGAACCTGTGGTCCACGAAACAGGTTGTCACATTGATCCTGTTCGAGCAGTTCTCTAGACTCTTTTTGCATTAACTTCTCTTGGCTTCGGTCTCTGA (((.(((.((((((((((..(((....((((((((((.((((.(((......((((.((((..((((...)))))))))))).)))))))..))).)))....))))...)))..))))))))))))).))).. 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Bna-miRN295 5783790 5783810 ACCTTGTTTTGGTCGGACGAG Bna-miRN295* 5783652 5783672 TCGTTGGCCAATACATGAACC 3 Bna-MIRN296a PmiREN002712 MIRN296 Brassica napus Bna-NC_027761.2 5551923 5552081 + GAAACCTAGTTCATGCATTCCAGTTTGTTATCTGTGTGTCACCAATTCTGTAGGTATGCTACTAGCAGTTTTGATTTATACCGAGTTTGAAGCCAAAAAAGAAAAAAAAAAGAGTGTACAAGAGATAGGTAAACATGGCTGGCGTGGTCGTGGTTTTTT ....................((((((.((((((.((((.((((((..((((.((((...)))).))))..)))........(...((((....))))...)............)))))))..))))))..)))).))...................... 5551943 5552061 CAGTTTGTTATCTGTGTGTCACCAATTCTGTAGGTATGCTACTAGCAGTTTTGATTTATACCGAGTTTGAAGCCAAAAAAGAAAAAAAAAAGAGTGTACAAGAGATAGGTAAACATGGC ((((((.((((((.((((.((((((..((((.((((...)))).))))..)))........(...((((....))))...)............)))))))..))))))..)))).)).. 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Bna-miRN297a 43412886 43412905 TAGAGAGAGAGAGTCGGCGG Bna-miRN297a* 43412728 43412748 CCCACTGTGTTTTCCTGGTAA 3 Bna-MIRN297b PmiREN002715 MIRN297 Brassica napus Bna-NC_027774.2 41505747 41505887 + TTCTAAAGATATCGGAACGTGTCGGTACGGTGGACAAACGAAGCTAGTGTTGTGATGTATGATTTAGAAAATTTTGTTCAAATCAAATTTGTACTAGAGAATTTGTATTCCGGACTGGCGGTTTATATATTAATTAAAAAA ....................((((((.(((...(((((.....((((((....(((...((((((.(((.......))))))))).)))..))))))....)))))...))).))))))...................... 41505767 41505867 GTCGGTACGGTGGACAAACGAAGCTAGTGTTGTGATGTATGATTTAGAAAATTTTGTTCAAATCAAATTTGTACTAGAGAATTTGTATTCCGGACTGGCGG ((((((.(((...(((((.....((((((....(((...((((((.(((.......))))))))).)))..))))))....)))))...))).)))))).. 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